Военно-полевые суды были введены указом от 19 августа 1906 г. По всей видимости, премьеру тяжело было решиться на введение столь строгой репрессивной меры, он искал поддержки в обществе. На основании постановлений ряда монархических организаций он составил доклад для царя 20 августа 1906 г., а 22 августа этот доклад был заслушан и в заседании Совета министров. Монархисты требовали от правительства решительных действий против террористов: «…необходимо, чтобы смертная казнь была карою всех уличённых убийств, чтобы конфискация применялась ко всем недвижимым имуществам, в пределах которых обнаружены склады или заготовления смертоносных орудий и снарядов, или из которых сделаны были выстрелы или выброшены бомбы…». Смертная казнь рассматривалась ими как «чрезвычайная мера обороны», как ответ власти на «жесточайший террор» «подпольную войну», объявленную ей, «Закону и обществу со стороны обширной, хорошо организованной шайки революционеров и ведущуюся с беспримерной жестокостью под покровом безнаказанности…» [5, л. 2–4]. Позже, в ноябре 1906 г., П. А. Столыпин говорил британскому послу, что «был вынужден использовать строгие меры» против революционеров «в глазах многих, может, не обязательные, но было важно показать людям, которые имеют подрывные цели, что правительство готово и способно противостоять им». Программа русского премьера: «подавление революционных беспорядков, с одной стороны, и осуществление реформ, с другой», показалась британскому послу вполне разумной, он полагал, что П. А. Столыпин достиг в её осуществлении определённого успеха [36, р. 1].
24 августа в газетах был опубликован текст правительственного сообщения о введении военно-полевых судов. В начале сообщения перечислялись наиболее громкие террористические акты последнего времени, которые должны были, по мысли революционеров, произвести впечатление на общество, создать панику во власти и в конечном итоге «не допустить творческой работы Правительства». Военно-полевые суды объявлялись ответом на революционный террор, вынужденной, оборонительной мерой государства: «…злодейства должны пресекаться без колебаний, <…> если государство не даст им действительного отпора, то теряется самый смысл государственности…» [17]. При подготовке правительственного сообщения Совет министров собрал сведения о количестве терактов в России за последнее время. Так, с 1 января по 27 апреля и с 9 июля по 20 августа 1906 г. по данным Департамента полиции террористами было совершено 621 нападение на должностные и частные лица и 562 нападения на казенные и частные учреждения и квартиры. При этом пострадало 936 человек, из них было убито 400 человек, большинство из которых (312 человек) — это чиновники. Причём П. А. Столыпин отдавал себе отчёт, что предоставленные Департаментом полиции материалы не вполне верны, в них не хватает данных из провинции империи. Он написал от руки на предоставленной ему информации: «Этот расчет мог бы быть отражающим действительность только в том случае, если бы было возможно затребовать сведения от местных начальников» [16, л. 11–12]. Правительство собрало сведения и о количестве террактов, произошедших за время работы I Государственной думы. В период с 27 апреля по 9 июля 1906 г. террористами было совершено 317 нападений на должностных и частных лиц и 282 нападения на казенные и частные учреждения и квартиры, во время которых пострадало 427 человек, из них было убито 194 человека (90 человек — частные лица) [16, л. 14]. Эти сведения показали П. А. Столыпину, что Дума не приостановила волну террора в стране.
Приняв решение о введении военно-полевых судов, П. А. Столыпин перестал колебаться. Когда генерал Ф. В. Дубасов просил царя помиловать террористов, покушавшихся на его жизнь в декабре 1906 г., Николай II обратился за советом к премьеру, который не рекомендовал императору идти на этот шаг, обосновывая свою позицию так: «Тяжёлый, суровый долг возложен на меня вами же, государь. Долг этот, ответственность перед вашим величеством, перед Россиею и историею диктует мне ответ мой: к горю и сраму нашему лишь казнь немногих предотвратит моря крови…» [12, с. 105]. Николай II, склонявшийся вначале к тому, чтобы выполнить просьбу Ф. В. Дубасова, прислушался к совету и отказал бывшему московскому генерал-губернатору, повторив слова своего премьер-министра: «Полевой суд действует помимо Вас и помимо меня, пусть он действует по всей строгости закона. С озверевшими людьми другого способа борьбы нет и быть не может, <…> к горю и сраму нашему, лишь казнь немногих предотвратит моря крови…» [13, с. 442].