Церковную иерархию возглавлял патриарх, являвшийся главой всей церкви. Титул патриарха был установлен в 451 году Халкидонским церковным собором. После разделения христианской церкви на западную католическую и восточную православную тот титул закрепился за иерархами восточной церкви. Первый патриарх в России был избран собором русских церковных иерархов в 1589 году. Следующие за патриархом ступени занимали митрополиты, архиепископы и епископы, которые подчинялись патриарху в церковном и административно-судебном отношениях. Наиболее важные вопросы церковной жизни решались на церковных соборах. Главным иерархическим звеном были епархии, иерархи которых следили на местах за исполнением догматических и культовых норм веры, рукополагали приходских священников, осуществляли контроль за доходами епархиальных церквей.
На церковном соборе 1667 года, подводившим итог патриаршеству низложенного Никона, попытавшегося поставить главу церкви выше государя московского и вызвавшего раскол в православии, было принципиально признано главенство светской власти над церковной и отрицалось право патриархов вмешиваться в светские дела на высочайшем уровне.
В 1696 году власти обязали белое духовенство не производить никаких «лишних» расходов из своей казны без именного указа государя. Начиная с 1697 года царские указы запрещали возводить новые церковные постройки, строить монастыри, выдавать жалованье архиереям, у которых имелись вотчины, были отменены финансовые привилегии церкви. С. Платонов писал:
«Можно с уверенностью сказать, что Петр от своей матери и от консервативного патриарха Никона, умершего в 1690 году, не раз встречал осуждение за свои привычки и знакомство с еретиками. При патриархе Адриане (1690–1700), слабом и неумелом человеке, Петр встретил не более сочувствия своим новшествам. При первых решительных нововведениях Петра все протестующие против них, видя в них ересь, искали нравственной опоры в авторитете церкви и негодовали на Адриана, который малодушно молчал, по их мнению, тогда, когда следовало бы стать за правоверье. Адриан действительно не мешал Петру и молчал, но он не сочувствовал реформам, и его молчание, в сущности, было пассивной формой оппозиции. Незначительный сам по себе, патриарх становился неудобен для Петра, как центр и объединяющее начало всех протестов, как естественный представитель не только церковного, но и общественного консерватизма. Патриарх же, крепкий волей и духом, мог бы явиться могучим противником Петра, если бы стал на сторону консервативного московского мировоззрения, осуждавшего на неподвижность всю общественную жизнь».
В 1700 году был упразднен Патриарший приказ, дела мирян передавались в другие приказы. Временно вместо умершего в декабре 1700 года патриарха Адриана учреждалась новая должность «екзарха святейшего патриаршего престола, блюстителя администратова», на которую был назначен митрополит Муромский и Рязанский Стефан Яворский, власть которого была сильно ограничена. Важнейшие вопросы церковного управления он должен был решать совместно с другими иерархами, вызывавшимися для этого в Москву «на священный собор». Указом от 24 января 1701 года Патриарший приказ был восстановлен. Во главе него Петр поставил светское лицо – бывшего астраханского воеводу А. Мусина-Пушкина. Патриаршему приказу передавалось управление недвижимым имуществом патриаршего и архиерейского домов и монастырей. Церковные служащие были обложены подушной податью.
Более двадцати лет русская церковь управлялась без патриарха. «Местоблюстителя патриаршего престола» в 1721 году сменила учрежденная для управления церковными делами Духовная коллегия. В январе 1721 года Петр подписал Духовный регламент – указ об упразднении патриаршества и подчинении церкви государству. Этим регламентом Петр окончательно решил проблему взаимоотношений церкви и монархии в системе Российского государства. В нем теоретически обосновалась мысль о недопустимости иного духовного влияния, кроме власти самого государства, воплощенного в лице государя-самодержца. В соответствии с Духовным регламентом была создана Духовная коллегия, вскоре переименовался в Синод. Президентом коллегии – Синода был назначен Стефан Яворский, вице-президентом – Феофан Прокопович. Штат коллегии кроме президента и вице-президента состоял также из советников и асессоров, служил обер-прокурор. Восточные патриархи прислали свое согласие на учреждение Синода.