Листовка разъясняла подлинную суть реформы 19 февраля 1861 года и «воли», которую она предоставляла бывшим крепостным крестьянам. Прокламация призывала крестьян готовиться к восстанию. Реформу, подготовленную и проведенную крепостниками, Чернышевский назвал «мерзостью», «новым крепостным правом».
К аресту Чернышевского различные круги русского общества отнеслись по-разному. В кругах реакционеров наступило ликование. Один из анонимных авторов писал в III отделение: «Спасибо вам, что засадили Чернышевского — спасибо от многих. Только не выпускайте лисицу — пошлите его в Солигалич, Яренск, что-нибудь в этом роде — это опасный господин, много юношей сгубил он своим ядовитым влиянием».
Но среди демократической интеллигенции, особенно молодежи, арест Чернышевского вызвал негодование. Его имя не сходило с уст. От лица этой интеллигенции писала Чернышевскому в тюрьму неизвестная женщина: «Благословение Вам, честнейший, благороднейший Николай Гаврилович, — благословение от женщины, за всех мужчин и женщин — от женщины, матери семейства, от женщины, никогда Вас не видавшей, но хорошо Вас знающей, потому что Вас знают и сочувствуют Вам, благоговеют перед Вами все люди мыслящие и честные. Где бы Вы ни были, Вас всюду сопровождать будет глубокое и задушевное сочувствие лучших людей, потому что Ваши убеждения — их убеждения, их правила, их судьба».
Никаких юридических доказательств того, что Чернышевский являлся автором прокламации «Барским крестьянам…», в руках следствия не было. Царское правительство использовало подлог и лжесвидетельство.
Чернышевский был признан виновным в «противозаконных сношениях с изгнанником Герценом», в «сочинении возмутительного воззвания к барским крестьянам» и «приготовлении к возмущению», признан «особо вредным агитатором». Его приговорили к 14 годам каторжных работ. Этот срок был сокращен наполовину. В действительности же Чернышевский пробыл в Сибири 20 лет.
Прежде чем отправить на каторгу, над Чернышевским совершили обряд гражданской казни. 19 мая 1864 года он был привезен на Мытнинскую площадь (сейчас на этом месте находится сад имени Чернышевского), там был сооружен помост, на котором возвышался столб с цепями. Публика стала стекаться с самого утра. По подсчетам полицейских агентов, собралось около 3 тысяч человек.
Чернышевского поставили к столбу, продев его руки в кольца, прикрепленные к цепям. На груди его висела дощечка с надписью: «Государственный преступник»… Началось чтение приговора. Из толпы к эшафоту полетел букет ярко-красных цветов… После чтения приговора палач сломал над головой Чернышевского шпагу. Вслед карете, увозившей его, неслись крики: «Прощай, наш товарищ! Прощай, наш учитель!»
В. И. Ленин высоко ценил деятельность Чернышевского. «Чернышевский, — писал В. И. Ленин в статье „„Крестьянская реформа“ и пролетарски-крестьянская революция“, — был социалистом-утопистом, который мечтал о переходе к социализму через старую, полуфеодальную, крестьянскую общину, который не видел и не мог в 60-х годах прошлого века видеть, что только развитие капитализма и пролетариата способно создать материальные условия и общественную силу для осуществления социализма. Но Чернышевский был не только социалистом-утопистом. Он был также революционным демократом, он умел влиять на все политические события его эпохи в революционном духе, проводя — через препоны и рогатки цензуры — идею крестьянской революции, идею борьбы масс за свержение всех старых властей».
В 1863 году в Секретном доме находился один из соратников Чернышевского — сотрудник журнала «Современник» Н. В. Шелгунов, известный писатель-публицист.
60―70-е годы в истории России были отмечены широким распространением революционных народнических идей. Народники не отвергали факта появления капитализма в России, но считали его для России явлением случайным и отрицали неизбежность капиталистического пути развития. Народники в крестьянской общине видели ячейку будущего социалистического общества. Основной революционной силой в России они считали крестьянство, а крестьянскую революцию — переворотом, ведущим к социализму.
В Петропавловской крепости в 1851―1854 годах находился один из идеологов народничества М. А. Бакунин, известный своими анархистскими, бунтарскими взглядами.
В 1871 году в крепость был заключен другой идеолог народничества — П. Н. Ткачев, яркий, талантливый публицист, подчеркивавший в своих работах особую роль интеллигенции в революционном движении.
В 1874―1878 годах в тюрьме Трубецкого бастиона содержалась большая группа народников, участников «хождения в народ»: Д. М. Рогачев, С. Ф. Ковалик, Н. А. Чарушин, П. А. Кропоткин и другие. Они вели пропаганду и среди рабочих Петербурга, считая их наиболее восприимчивыми к социалистическим идеям, и готовили рабочих для пропагандистской работы в крестьянской среде.
В конце 1876 года в Петербурге возникла народническая организация «Земля и воля». В крепости находились землевольцы М. А. Натансон, А. Ф. Михайлов, В. Ф. Трощанский и другие.