Сам Петр I похоронен у южной стены собора. Он умер 27 января 1725 года рано утром. В течение 40 дней проходило прощание с покойным. Под звон колоколов церквей Петербурга и пушечную стрельбу со стен крепости и Адмиралтейства гроб с телом Петра I перенесли по льду Невы из старого Зимнего дворца (он стоял на месте Эрмитажного театра) в Петропавловский собор. По сторонам процессии стояли 1250 гренадеров с факелами, тысячи солдат принимали участие в похоронах. Гроб с телом Петра I был установлен в специально для этого построенной деревянной часовне посередине недостроенного собора.
Когда собор был окончательно достроен, гроб с телом Петра I предали земле. В соборе похоронены все русские императоры (последним — Александр III) и многие великие князья — представители дома Романовых.
30 могил отмечены белыми мраморными надгробиями. Два надгробия — Александра II и его жены — сделаны из камней-монолитов; на могиле Александра II установлен монолит из серо-зеленой алтайской яшмы весом около 5,5 тонны, на могиле его жены — из розового уральского орлеца весом 6,5 тонны. Более 10 лет мастера Петергофской гранильной фабрики вручную шлифовали и обрабатывали очень хрупкий полудрагоценный камень. Установкой в 1906 году этих надгробий правительство Николая II стремилось поднять престиж дома Романовых: Александр II прославлялся как «освободитель крестьян».
Долгие годы собор был своеобразным музеем славы русского оружия: здесь хранились трофейные знамена, ключи от городов и крепостей, взятых русскими войсками во время войн со Швецией и Турцией в XVIII веке. В начале XX века эти трофеи были переданы в различные музеи России (в основном в Эрмитаж).
Сейчас в соборе находятся 42 копии трофейных шведских и турецких знамен.
С 1924 года собор стал музеем и сохраняется как уникальное произведение русской архитектуры и искусства XVIII века.
Великокняжеская усыпальница
Рядом с собором в 1908 году по проекту архитектора Д. Гримма и при участии архитекторов А. Томишко и Л. Бенуа было построено здание усыпальницы для великих князей. В ней сочетается архитектура русских купольных церквей XVII―XVIII веков, черты классического стиля и барокко.
Сейчас в здании Великокняжеской усыпальницы размещена выставка Музея истории Ленинграда, посвященная истории строительства Петропавловской крепости.
Места заключения в крепости
Сохранилось несколько казематов бастиона Зотова, дающих представление о казематах как местах заключения.
Казематы (помещения внутри крепостной стены) напоминали погреб. Кирпичные стены, часто неоштукатуренные, сводчатые потолки. Земляной пол покрыт досками. Были и каменные полы. Стекла окон закрашивались белой краской, окна заделывались толстыми решетками. Вход в каземат закрывался деревянной дверью, обитой железом.
По воспоминаниям декабриста А. М. Муравьева, у него в каземате были нары, на которых лежало какое-то лоснившееся от грязи тряпье. В одном углу находилась печка. В стену была вделана цепь с шейным кольцом. Муравьева в цепи не заковывали, но некоторые декабристы носили ножные и ручные кандалы весом до 23 фунтов (около 9,2 килограмма).
Кровать в камере декабриста В. П. Зубкова состояла из нескольких досок, соединенных железными полосами. «Соломенный тюфяк и подушка лежали на двух узких досках с большим пустым промежутком, причем одна доска была значительно толще другой. Простыня была, разумеется, из грубого холста и очень грязна. Стула не было, а стол надо было прислонять к стене, чтобы он не упал… В углу… стояла деревянная кадушка, издающая отвратительный запах».
Казематы были невелики по размерам. У декабриста В. П. Зубкова — 6 шагов в длину, 5 шагов в ширину; у декабриста А. П. Беляева — 4 шага в длину.
В период заключения декабристов казематов не хватало. В гарнизонных казармах крепости были построены клетушки из бревен, и таким образом общие солдатские казармы превратились в камеры одиночного заключения.
Все казематы были сырые, холодные, мрачные.
Декабрист Н. В. Басаргин, находившийся в одном из казематов Кронверкской куртины, рассказывал, что со стен текло, а темнота и теснота не позволяли ему делать какие-либо движения. Когда у него началось кровохарканье, его перевели в другой конец куртины, «в каземат более просторный, но зато столь темный, что, пришедши туда, — вспоминал он, — я долго не мог различить предметы, в нем находящиеся, пока глаза мои не освоились с мраком».
В некоторых казематах даже днем горели ночники. Декабрист М. С. Лунин писал, что он не мог спать «от тяжелого воздуха в каземате, от насекомых и от удушливой копоти ночника».
В каземате декабриста А. С. Гангеблова «низкий свод… был обвешан паутиной и населен множеством тараканов, стоножек, мокриц и других… гадов…».
Ничто не изменилось в устройстве казематов и условиях содержания узников ни в 40-е годы XIX века, когда в них были заключены петрашевцы, ни в 60-е годы, когда их сменила студенческая молодежь.