В 1872 году тюрьма Трубецкого бастиона стала действующей политической тюрьмой России. За период ее существования (до 1917 г.) через нее прошло около 1500 человек. Это были революционеры, находившиеся под следствием. В отдельных случаях здесь отбывали сроки политические заключенные, осужденные на каторгу. Приговоренные к смертной казни оставались в тюрьме до отправления на казнь.
Арестанта везли в тюрьму в специальной закрытой карете. Рядом с ним сидел жандармский офицер, а на передней скамейке — два жандармских унтер-офицера. Карета останавливалась сначала у подъезда Комендантского дома. Жандармский офицер в канцелярии получал пропуск, после чего карета следовала к тюрьме Трубецкого бастиона.
Первое помещение, в которое попадал арестант, — кордегардия — караульное помещение. В ней находилась наружная охрана тюрьмы. Когда проводили нового арестанта через кордегардию, солдатам давалась команда повернуться лицом к стене. Им не полагалось видеть узника. Караул в крепости несли разные полки Петербургского гарнизона.
Из кордегардии арестант поступал в приемную. «Это была довольно длинная и высокая комната, довольно неприглядного вида… — рассказывал бывший узник тюрьмы П. С. Поливанов. — В переднем углу вдоль стен тянулась глаголем длинная деревянная скамейка, перед которой стоял деревянный стол. В противоположном углу, слева, была узкая деревянная дверь, окрашенная в какую-то темную краску. Она, как оказалось, вела во внутренность тюрьмы».
При приеме арестанта присутствовал смотритель тюрьмы. В приемной арестанта подвергали тщательному и унизительному обыску.
Поливанов вспоминал: «Я снял шляпу и положил ее на стол. Стоявший рядом жандарм подхватил ее, лишь только она коснулась стола, и передал другому, тот третьему, и не успел я глазом моргнуть, как моя шляпа очутилась вне камеры. Быстрота и отчетливость этого процесса поразили меня… Видно было, что люди набили себе руку и стали артистами своего ремесла и что в этом ремесле выработались свои точно определенные приемы. Быстро, при содействии полдюжины рук, освободился я от разных частей своего костюма и еще быстрее исчезли они из моих глаз. Наконец я остался в чем мать родила…
— Садись, — буркнул кто-то, и пара дюжих рук легла сзади на мои плечи.
Я опустился на подставленный мне стул, и один из унтеров стал перебирать гребенкой мои волосы, другой шарить под мышками, третий искал, не спрятано ли чего у меня между ножными пальцами, четвертый полез ко мне в рот…
Я даже не мог себе представить, чтобы служебное рвение могло простираться так далеко…»
После обыска арестанту выдавали тюремную одежду. Для арестанта, находящегося под следствием, полагались белье, халат и туфли. Арестанту, приговоренному к каторге, выдавали белье из грубого холста, брюки и куртку из шинельного сукна. На спине куртки накрашивался желтый бубновый туз — знак каторжанина. Обувь каторжника — коты (башмаки на деревянной подошве).
После переодевания смотритель читал арестанту правила поведения. В тюрьме запрещалось разговаривать, петь, свистеть, перестукиваться, чертить на стенах, делать пометки в книгах. За нарушение правил могли лишить переписки с родными, прогулок, заключить в карцер, надеть смирительную рубашку.
Из приемной арестант попадал в тюремный коридор. В нем с одной стороны расположены окна, выходящие в тюремный дворик. Переплеты рам железные, а стекла были матовыми. По другой стороне коридора шли двери камер. По словам бывшей узницы этой тюрьмы В. Н. Фигнер, двери напоминали ряд гробов, поставленных стоймя, за которыми томятся узники.
Каждая дверь сделана из двух рядов сосновых досок и закрывается на массивный замок. В центре ее — форточка, через которую подавали заключенному пищу. Над ней — смотровая щель, через нее надзиратели наблюдали за узником. Узники называли ее «Иудой-предателем».
В тюрьме было 69 (сначала 71) камер одиночного заключения, одинаковых по планировке, по размерам. Сводчатый потолок, асфальтовый пол. Окно расположено высоко. Оно выходит на крепостную стену. Солнечные лучи редко заглядывали в камеры, особенно в камеры первого этажа. Рамы окна двойные, железные, с мелкой расстекловкой. Окно пропускало мало света — в камере был полумрак.
Сейчас в бывшей тюрьме Трубецкого бастиона воссоздано оборудование камер трех различных периодов. В камерах № 1, 2 и 3 воспроизведена обстановка первого периода ее истории (1872―1879 гг.).
В то время асфальтовый пол покрасили желтой краской. На кирпичную кладку стен камеры была наложена войлочная обивка, затем металлическая сетка, потом второй слой войлочной обивки, парусина и, наконец, обои. Эта звукоизоляция была сделана для того, чтобы заключенные не могли перестукиваться.
В камере имелись деревянный стол и табурет, железная кровать с настилом из досок, матрацем и постельным бельем. У стены, возле двери, в одном углу стояла параша, в другом — умывальник. Камера освещалась керосиновой лампой, горевшей всю ночь.