Без него собрали «Всебелорусский Собор». Но белорусы всегда были самыми верными и искренними братьями русского народа. Национализм и сепаратизм здесь не имели никаких корней. Усердствовала только горстка отщепенцев, откровенных прислужников оккупантов. Именно поэтому в Белоруссии так мощно развилось партизанское движение (и многие священники были связаны с ним, даже в некоторых партизанских отрядах имелись свои батюшки). А курс на автокефалию местное духовенство саботировало. Даже на искусственно подобранном «Всебелорусском Соборе», под давлением немцев, подобное решение провести не смогли. Участники заявляли, что без митрополита оно будет не действительно. Состряпали формулу, что автокефалия вступит в силу только после того, как ее признают Восточные Патриархи. В результате оккупанты вернули к управлению церковью владыку Пантелеймона, он получил приказ подготовить и послать обращения об автокефалии к предстоятелям Восточных Церквей. А он спустил на тормозах, тянул время, так и не послал…
В Прибалтике Православную Церковь возглавлял экзарх Московской Патриархии, митрополит Сергий (Воскресенский). Он не эвакуировался, остался с паствой, и ему пришлось вести очень сложную и опасную борьбу. У него и до войны было множество врагов. Его возненавидели националисты, распускали слухи, что он «большевистский агент». Он оставался и «под прицелом» НКВД – потому что принимал священников и монахов, пострадавших в заключении, помогал им, определял на службу. И принимал не только из РПЦ, но и «катакомбников». А когда немцы заняли Латвию, бывший предстоятель Латвийской церкви Августин Петерсон поднял шум, требуя изгнать «красного митрополита», восстановить прежнюю структуру под эгидой Константинополя (и под своим руководством). Но владыка Сергий был незаурядной личностью. Он встречался и беседовал с германскими генералами группы армий «Север», с самим рейхсминистром по делам оккупированных территорий Розенбергом и сумел расположить их к себе. Немцы приняли его сторону в духовной политике, а проходимцем Петерсоном пренебрегли. Тот злился, порвал отношения с экзархом, провозгласил создание собственной «церкви», но к нему присоединились лишь несколько приходов.
В Эстонии митрополит Александр (Паулус) тоже моментально забыл, как каялся и возвращался в РПЦ. Возродил свою «апостольскую» церковь, зарегистрировал ее у германских властей. Митрополит Сергий в ответ уволил его от управления епархией и запретил в служении. Но у Александра авторитет был побольше, чем у Петерсона, в Эстонии церковь разделилась. Православные эстонцы перешли к Александру, а русские остались у Сергия. Но он сумел добиться, чтобы его юрисдикцию распространили на всю территорию, занятую группой армий «Север». Восстанавливал церковные структуры в Псковской, Новгородской областях. Привлек для этого священников «катакомбной церкви» во главе с великим святым подвижником схиепископом Макарием (Васильевым).
Своей репутацией владыка Сергий не дорожил. Его фотографии появлялись в нацистских газетах, он делал антикоммунистические заявления. Местоблюститель Патриаршего престола Сергий (Страгородский), находившийся за линией фронта, даже издал определение с требованием объяснений от митрополита. Впрочем, «отлагая решение по сему делу до выяснения всех подробностей». Но лица, близкие к экзарху, свидетельствовали, что он был убежденным русским патриотом и ненавидел оккупантов. Их политика скрытно саботировалась. Не прерывалась и духовная связь с Московской Патриархией, на архиерейских службах по-прежнему поминали митрополита Сергия (Страгородского).
Хотя германские власти были этим очень недовольны. Даже когда местоблюстителя Престола избрали Патриархом, и на владыку Сергия нажимали, что духовенство не должно признавать этот сан, он нашел выход. Указал, что в таком случае он сам и его епископы окажутся «подвешенными в воздухе», неканоническими. Будут выглядеть откровенными германскими марионетками. Предложил вместо этого делать в пропаганде упор на то, что и советская власть вынуждена искать опору в Церкви, а это означает идейный крах большевизма.
Однако и гитлеровцы умели собирать и анализировать факты. Митрополита стали подозревать в нелояльности. Он чувствовал, что над ним сгущаются тучи, в октябре 1943 года составил завещание, определив кандидатуры преемников и требуя при первой возможности «представить на усмотрение Патриархии доклад о делах и всей жизни экзархата». 29 апреля 1944 года он был убит на дороге в Литве. Большинство источников сходится на том, что его устранили немцы. Могли убить и местные националисты, для них владыка тоже был врагом [140, с. 196–198].