А на церковные структуры оккупанты начали распространять ту заготовку, которую заранее создали в Польше под началом подневольного митрополита Дионисия (Валединского) – Украинскую церковь. Но и в западных областях Украины, присоединившихся к СССР в 1939 году, большинство священников были «автокефальниками», перешедшими в РПЦ. Теперь они перекидывались обратно. На остальной территории Украины духовенства было мало, его выкосили кампании гонений и террора, теперь и сюда присылали «автокефальников», начинали служить на украинском языке.
Германская администрация, делая ставку на националистов, считала этих священников своей опорой. Украинские архиереи созвали «собор», отреклись от Московской Патриархии и избрали собственным «патриархом» митрополита Варшавского Дионисия. Для утверждении автокефалии снова обратились в Константинополь (при поддержке немцев). Но… опоздали. Пока возились, немцев разгромили под Сталинградом. Турецкое правительство спешно стало менять ориентиры, вилять хвостом перед англичанами и американцами. А Вселенскому Патриарху было никак не с руки портить отношения с турками, подыгрывая Германии и ее ставленникам. Обращение Украинской Церкви спустилось на тормозах.
Но в 1943 году положение украинского духовенства вообще резко обострилось. Советские войска наступали. Гитлеровцы применяли тактику «выжженной земли» – в том числе грабили и рушили храмы. А вдобавок они поссорились с националистами. Впрочем, не со всеми. ОУН еще до войны разделилась на мельниковцев и бандеровцев. Первые послушно следовали указаниям немцев, на их базе началось формирование дивизии СС «Галичина». А Бандера претендовал на самостоятельность, пытался провозгласить «Украинскую народную республику», за что попал в концлагерь Заксенхаузен. Но его содержали на привилегированных условиях, в особом блоке, он поддерживал связи со своими структурами на воле. В марте 1943 года они получили приказ о создании Украинской повстанческой армии (УПА) и войне на два фронта, против немцев и «москалей». В это время большинство бандеровцев служило в полицаях. Они стали уходить в лес целыми батальонами, с оружием.
Правда, война «на два фронта» оказалась фикцией. С немцами у них были только отдельные столкновения – когда бандеровцы захватывали села для собственного базирования, отбивали обозы с продовольствием. Зато пошла жесточайшая война с советскими партизанами (причем командиры УПА нередко договаривались с гитлеровцами, проводили совместные операции). Но бандеровцы устроили и зачистку украинских земель от поляков, истребляя их целыми деревнями и хуторами, не щадя ни женщин, ни детей. В ходе «Волынской резни» было уничтожено 60–80 тыс. человек.
И ко всему прочему, оба крыла ОУН, как мельниковцев, так и бандеровцев, окормляли униаты. Поэтому для них даже автокефальная Украинская церковь оказывалась неподходящей. Во время «Волынской резни» бандеровцы развернули целенаправленный террор против православных священников. Митрополита Волынского и Житомирского Алексия (Громадского) подстерегли недалеко от Почаевской Лавры. Зверски убили вместе с секретарем, протоиереем Федором и переводчиком. Похитили и повесили епископа Михаила (Тарнавского). А всего было истреблено около 400 священников, неизвестное число монахов и прихожан. «Расчищали место» для униатов (примерно так же, как расчищали его в 1915 году в Галиции, где австрийцы перебили почти всех православных священнослужителей).
В Белоруссии обстановка несколько отличалась. Здесь церковными структурами руководил митрополит Пантелеймон (Рожновский), поставленный Московской Патриархией. Местные националисты загорелись брать пример с украинских, провозгласить свою Церковь автокефальной. Нацисты их, разумеется, поддержали. На владыку Пантелеймона насели, чтобы он осуществил «белорусизацию» Церкви, отрекся от Москвы, перестал поминать на службах митрополита Сергия (Страгородского), выгнал русских священников, ввел на белорусском языке хотя бы проповеди (перевода церковных служб на этот язык еще не существовало). Митрополит всячески увиливал, искал формальные отговорки. Тогда германский Генеральный комиссариат Белоруссии отстранил его от должности, сослал в Ляденский монастырь.