Рентгену еще довелось стать свидетелем начала фашистского расового безумия. Он резко осудил его. В мае 1921 года он писал своей старой знакомой в Вюрцбург: "То, что Вы пишете об антисемитских инцидентах в Вюрцбурге, действительно прискорбно; здесь не лучше; так, например, едва ли можно прочесть квартирное объявление для студентов университета, на котором бы не было помечено: "Евреи исключаются", и мне известен случай, когда некая дама сказала студенту, который осматривал у нее комнату и назвал свое по-еврейски звучащее имя: "Я евреев не принимаю". То, что порядочный человек может быть так грубо оскорблен неполноценной личностью, - печальная примета времени".
В 1920 году 75-летний ученый был освобожден от своих административных обязанностей профессора и директора института. Вилли Вин, который после ухода Рентгена был профессором в Вюрцбурге, теперь вновь стал его преемником.
Руководство Фиэико-метрономическим собранием оставалось за Рентгеном, и он все так же регулярно приходил в институт, где мог располагать двумя комнатами для собственных исследований. В 1920 году он опубликовал свою последнюю работу - обширную рукопись по физике кристаллов, которая обобщала исследования, начатые им совместно с Иоффе. По мнению Иоффе, этот монографический труд является образцом того, что Рентген понимал под "изложением фактов".
После окончания войны знаменитый ученый остался в полном одиночестве Приемная дочь, племянница его жены, больше не жила у него. Спутница его жизни, за которой он самоотверженно ухаживал во время ее многолетней мучительной болезни, умерла в 1919 году. Рентген тяжело перенес эту утрату. Осенью 1921 года он писал другу: "Кончается месяц октябрь и приближается день, в который я потерял свою любимую. Я все больше ощущаю, как она была мне необходима, даже в труднейшее время ее болезни; в механизме моего существования не хватает незаменимой части"
Десятого февраля 1923 года Рентген, обессиленный истощением, умер от рака. Его прах был погребен в Гисене. "Моя жизнь кажется мне такой бесцельной!" - писал за несколько месяцев до своей кончины близкому сотруднику исследователь, прежде умевший так радоваться бытию, всегда обращенный лицом к природе и жизни.
Следуя указанию в завещании, распорядители сожгли все, что было найдено из оставшейся от него переписки и неопубликованных рукописей. При этом, к сожалению, были сожжены написанные совместно с Иоффе и неопубликованные работы, и множество лабораторных тетрадей русского физика.
Среди простых и безыскусных, часто по-человечески захватывающих писем Рентгена письма к Людвигу Цендеру представляют особую ценность для более глубокого понимания характера исследователя и истории его открытий.
Вальтер Фридрих так нарисовал портрет своего учителя: "Тот, кому было позволено вступить с Рентгеном в личные отношения, испытывал чувство, говорящее ему, что перед ним действительно великий человек. Сама его внешность была чрезвычайно импонирующей. При необычно высоком росте у него была в высшей степени изящная голова ученого и серьезный, почти строгий взгляд. Очень редко и лишь на короткие мгновения на его губах появлялась легкая улыбка. Этот человек был так же велик внутренне, как и внешне. Честность и благородная скромность были самыми примечательными чертами его характера. Строгое выражение его лица скрывало жизнь чувств, которую он при своей замкнутости приоткрывал, безусловно, только истинным друзьям и самым близким людям".
Открытие Рентгена разом распахнуло перед физической наукой двери в новый мир и одновременно поставило перед теорией совершенно новые задачи. Наряду со своим воздействием на технику и медицину оно имело глубочайшие теоретические последствия. Если и не каждое из последующих достижений было непосредственно связано с ним, то все же лишь немногие великие открытия продолжительное время оставались в стороне от рентгеновских лучей. Создание учения об атомной оболочке и исследование решетчатой структуры кристаллов были бы без них невозможны. Обнаружение радиоактивности было непосредственно стимулировано первым сообщением Рентгена о его открытии.
Рентген не был физиком, склонным к философствованию. Он не углублялся в теоретико-познавательные проблемы, как Эйнштейн, и не был глубоким мыслителем-диалектиком, как Нильс Бор. Но его открытие оказало и мировоззренческое воздействие: оно довершило закат начертанного Декартом и Ньютоном механистического представления о природе. Механистическая картина природы еще раньше - в отдельных случаях - подвергалась сомнению. Теперь ее недостаточность выявилась со всей очевидностью.
Открытие Рентгена пробудило физиков от механистически-догматической дремоты. Год Рентгена, 1896 год, положил начало тому глубокому кризису физики, преодоление которого было процессом становления физической науки XX столетия.