В Мюнхене у Рентгена была городская квартира. Но с 1904 года он большую часть года жил в своем деревенском доме в Вейльгейме, в 60 километрах южнее города. Оттуда он ежедневно ездил в свой институт по железной дороге.
В созданном им физическом коллоквиуме он сам принимал участие лишь изредка. Специальные заседания и собрания Общества немецких естествоиспытателей и врачей после своего великого открытия он не посещал вообще. Этим объясняется то, что знаменитый физик лично не был известен своим молодым коллегам вне Мюнхена. Так, например, Макс Борн, который с 1907 года принимал деятельное участие в научной жизни, не встречался с Рентгеном.
При всей своей скромности Рентген держался очень уверенно и с присущим ему чувством собственного достоинства. Ему неведом был страх перед вышестоящими, он всегда говорил то, что думал.
В письме вюрцбургского ассистента Рентгена Макса Вина рассказывается о том, как свободно - к ужасу многих сановников - чувствовал себя ученый во время доклада о своем открытии при берлинском дворе. Когда тщеславный немецкий монарх позднее в Мюнхене осматривал со своими спутниками вновь открытый отдел немецкого музея шедевров естествознания и техники и при этом сам давал "объяснения", желая блеснуть своими техническими и военно-историческими знаниями, Рентген перебил, как сообщает Иоффе, Вильгельма II замечанием: "Это знает каждый мальчик; не можете ли вы сообщить что-либо посодержательнее!"
Совместно с Иоффе, который в 1905 году защитил у него диссертацию с редкой оценкой "summa cum laude" ("с наивысшей похвалой"), Рентген исследовал физику кристаллов. Он продолжил исследования кристаллов, которыми занимался уже в свои гисенские годы. Сотрудничество с Иоффе он ценил очень высоко. "В русском д-ре Иоффе я имею очень способного приват-ассистента. Я работаю с ним уже два года и совместно произвел огромное количество материала, публиковать который мне боязно", - писал он в 1905 году Цендеру.
Из-за русской буржуазно-демократической революции 1905 года и общественных последствий ее поражения совместная работа Рентгена и Иоффе была временно прекращена. Иоффе не мог совместить со своими марксистскими убеждениями свое пребывание за границей в такое время, когда большая часть русской интеллигенции начала отходить от революции, не мог покинуть свою родину ради того, чтобы без помех посвятить себя личной исследовательской работе. Он остался в Петербурге. Лишь дважды в год он приезжал в Мюнхен, чтобы советоваться с Рентгеном.
Рентген понимал поведение своего сотрудника. "Бывший до сих пор моим приват-ассистентом д-р Иоффе, - сообщал он в декабре 1906 года из Давоса Цендеру, - не возвратился на летний семестр в Мюнхен по политическим причинам, хотя наша работа, которая ведется уже очень длительное время, не закончена. Для этого он сейчас приехал в Мюнхен из России на несколько недель, и, чтобы продолжать работу, я взял его с собой. Мы хотим ежедневно несколько часов советоваться и писать, так что примерно в конце следующей недели он опять возвратится домой".
Умерший в 1960 году на восьмом десятке лет крупный советский ученый А.Ф. Иоффе, известный своими исследованиями в области физики кристаллов и полупроводников, в книге воспоминаний "Встречи с физиками" подробно описывает свои отношения с Рентгеном. Его воспоминания относятся к источникам сведений о Рентгене.
В политическом отношении Рентген был врагом клерикализма и реакционных партий. Он не принадлежал и к защитникам монархии. Иоффе называет его сторонником буржуазного либерализма. Это определение верно. В политических вопросах Рентген был так же недальновиден и легковерен, как и большинство естествоиспытателей его времени. Письма свидетельствуют о том, что летом 1914 года Рентген не поддался военной истерии и осуждал ура-патриотизм своих коллег. Но под давлением царивших в обществе настроений он тоже поставил свою подпись под националистическим воззванием немецких ученых и художников "К миру культуры", в котором старательно маскировалась разбойничья военная политика немецких милитаристов и оправдывалось противоречащее международному праву вторжение немецких войск в нейтральную Бельгию.
Как и Планк и Эмиль Фишер, Рентген позднее сожалел о своей подписи. В одном из писем 1920 года говорится: "Недавно я получил из Брюсселя статью одного бельгийского ученого, читать которую мне было поистине неприятно; в ней опять обсуждается известное "Воззвание 93 интеллигентов", которое я, как и многие из поставивших свою подпись, глупейшим образом подписал, следуя советам и под резким давлением берлинцев, не удосужившись прежде его прочесть".