Что же делала Софья в то время, когда на пытках и казнях лилась кровь её приверженцев? После выдачи Шакловитого, на которой настояли стрельцы, – единственной надежды царевны – судьба её была решена. Пётр написал к старшему брату от Троицы о том, что «милостию божиею вручён нам, двум особам, скипетр правления, также и братьям нашим, окрестным государям, о государствовании нашем известно: а о третьей особе, чтоб быть с нами в равенственном правлении, отнюдь не вспоминалось. А как сестра наша царевна Софья Алексеевна государством нашим учала владеть своею волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное, и народу тягости, и наше терпение, о том тебе, государь, известно. А ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищи, не удоволяся милостию нашею, преступя обещание своё, умышляли с иными ворами о убийстве над нашим и матери нашей здоровьем, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам богом вручённое нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быти не изволяем; на то б и твоя, государя моего брата, воля склонилася, потому что учала она в дела вступать и в титла писаться собою без нашего изволения; к тому же ещё и царским венцом, для конечной нашей обиды, хотела венчаться. Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас! Тебе же, государю брату, объявляю и прошу: позволь, государь, мне отеческим своим изволением, для лучшие пользы нашей и для народного успокоения, не обсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а неприличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре. А как, государь братец, случимся вместе, и тогда поставим всё на мере; а я тебя, государя брата, яко отца, почитать готов».
Когда все казни были совершены. Царь Пётр сообщил об этом Царевне и велел просить её покинуть дворец и удалиться в монастырь, который она приказала построить в версте (a un werst) или в итальянской полумиле [от города]. (Она приказала скоро привезти из Киева 800 монахинь, чтобы поместить их в этом монастыре, ибо она считала их более преданными её интересам, нежели её брату Петру, чьими подданными они стали только в 1666 г., когда княжество и город Киев были уступлены поляками московитам. Это благочестивые сёстры лишь по имени). Но, постоянно отказываясь сделать это, будучи не в силах на всю жизнь остаться в монастыре, откуда она с ловкостью вышла вопреки обычаю, она предпочла подумать о бегстве в Польшу. Когда Пётр узнал об этом, то приказал стрельцу командиру волей-неволей привести её в этот монастырь, перекрыть все пути и следить, чтобы никто не проник туда, что тот и исполнил. Два дня спустя царь Пётр вернулся в Москву, куда он въехал верхом. При этом не было ничего примечательного, кроме 18 000 стрельцов вооружённой стражи при нём. Четверть часа спустя появились в карете его мать и жена, и все вместе направились во дворец. Царь Иван вышел встретить своего брата на крыльцо. Они обнялись. Царь Пётр просил Ивана быть ему другом, и тот, кто отвечал ему от имени брата, заверил Петра в его дружбе. Каждый удалился в свои покои, и после этого об Иване упоминают только в заголовке грамот.
Таков был конец регентства царевны Софьи, которая в течение нескольких лет была хозяйкой этой великой Русской империи…
Для прекращения всяких сношений с ея сообщниками и приверженцами, пред монастырём поставлен был крепкий караул из потешных солдат Преображенскаго полка, над которыми тогда командовал комнатный стольник Князь Фёдор Юрьевич Ромодановский.