Однако ж, несмотря на стольких аргусов, едва не удалось царевне возбудить, при посредничестве только одной презренной нищей, обыкновенно сидевшей при самых часовых, опасный пожар междоусобной войны. Это была старуха, ежедневно приходившая за подаянием милостыни. Царевна, снискав себе расточительной своей щедростью её преданность, предложила ей более богатое вознаграждение, если она согласится ей помогать. И когда баба, увлечённая столь заманчивым посулом, обещалась в точности исполнять волю царевны и делать то, что она прикажет, и не делать того, что было бы ей противно, то София объяснила, что под видом обыкновенной милостыни станет давать ей цельный хлеб, который старуха должна непременно отнести стрельцам и дождаться от них ответа. В хлебе спрятано было письмо, в котором София обещала стрельцам безопасность и сильную свою помощь их похвальным предприятиям. Она призывала их двинуться на монастырь, перебить караульных, если они решатся на сопротивление, так как дела уже в таком положении, что для дальнейшего успеха нужно начать борьбу кровопролитную. Мятежники воспользовались тем же средством, чтобы переслать свой ответ. Такого рода сношения всегда отправлялись благополучно, не возбуждая никакого подозрения в стражах.
Царевна София Алексеевна, даже по заключении её в Девичий монастырь, старалась всегда тайно заводить бунты на державного брата своего, отлучившего её от правления Государством. Всяк понять может, сколь чувствительно было это его сердцу. Он неоднократно выходил из терпения, и в гневе своём предпринимал не раз лишить жизни свою сестру. Будучи в таком раздражении и исчисля все её на жизнь его покушения, великий Государь определил, было, совершенно избавиться от неё, как от главнейшего своего злодея. К утушению такого гнева и к отмене такового определения, стоило только Лефорту напомнить ему, что она ему сестра и что Туркам только свойственно обагрять руки в крови родных своих. И так, вместо казни, удовольствовался он только личным ей выговором и слезами её толико ещё смягчился, что заплакал и сам, и, выходя от неё, сказал Лефорту: «У неё великий разум, но жаль, что она так зла!».
А как и после сего прощения царевна София не преставала заводить подобные бунты и умышляла на жизнь своего брата и Государя, то Монарх, в открывшийся один из таковых заговоров, желая узнать от ней самой некоторые обстоятельства, приехал в монастырь, вошёл к ней с сверкающими от гнева глазами, начал уличать её в новых на жизнь его умыслах и требовал её признания и ответов на вопросы свои. Сколь ни явны были Государевы улики, но она, однако ж, ни в чём не признавалась. Её гордость пробудилась, так сказать колкостию Монарших упреков, и она, в оскорбительных выражениях, начала обвинять в смятениях самого Государя. Такая непризнательность и непокорность с её стороны, соединённый с колкостию ответов, вывели Монарха из терпенья. Он в крайней запальчивости сказал, что одна смерть её доставит ему безопасность. «Умри, злодейка!» – и выхватил на поражение её меч. В это самое время бывшая при царевне в услужении двенадцатилетняя девушка, остановилась между Государем и царевною, бросилась к ногам Государевым и, ухватившись за них, вскричала: «Что ты делаешь, Государь, смотри, она родная тебе сестра!». Слово это остановило его и он, помолчав с минуту, опять простил мятежную и непокорливую сестру, а девушку поцеловал в голову, говоря: «спасибо, девочка, я тебя не забуду!».
Некоторые уверяют, что царь хотел казнить её, оправдывая своё намерение словами: «Пример Марии Шотландской, идущей из темницы под меч палача по приказанию сестры Елизаветы, королевы английской, указывает, что и я должен подвергнуть Софию моему царскому правосудию». Тем не менее, и в этот раз брат простил преступную сестру, только в наказание сослал её в дальнейший монастырь.