Известно, что после (нового в 1689) стрелецкаго розыска царевна Софья и Марфа были пострижены в монахини, одна в московском Новодевичьем монастыре, где и прежде содержалась, другая в Успенском девичьем, в Александровской Слободе. Пред кельями Софьи по повелению царя было повешено 195 человек стрельцов. У самых окон висели трое с челобитными в руках. Князю Ромодановскому царь дал собственноручное наставление: кого «пропущать» к Софье: «Сестрам, кроме Светлой недели и праздника Богородицына, который в поле живёт (храмовой праздник монастыря), не ездить в монастырь в иные дни, кроме болезни (Софьиной). Со здоровьем (спрашивать о здоровье) посылать Степана Нарбекова или сына его, или Матюшкиных; а иных, и баб и девок, не посылать; а о приезде брать письмо Фёдора Юрьевича (Ромодановскаго). А в праздники, быв, не оставаться; а если останется, до другаго праздника не выезжать и не пускать. А певчих в монастырь не пускать: поют и старицы хорошо, лишь бы вера была, а не так, что в церкви поют: спаси от бед, а в паперти деньги на убийство дают».
В статье о дворцовых расходах 1689 г. записано: для караула в Новодевичь монастырь подполковнику и капитану на 132 рубли 16 алт. 3 день[ги]; солдатам 100 человекам на 518 р. 30 алт. В отчётах расходов на 1700 год к иноке Сусанне в Новодевичь монастырь означено: мёду, пива, браги, квасу, уксусу, лимонов, яблок, патоки, рыбы, икры, с хлебеннаго двора пирогов, масла и прочих запасов, шло в год на 5144 р. 15 алт. пол-четыре деньги.
Сохранилось в обители много воспоминаний о Софии Алексеевне; показывают богатыя ея иконы, рукоделья, книги. Вот место, где уже облечённая в монастырскую рясу, она присутствовала при церковной службе с монашеским посохом в руках и с мечтою в душе о царском скипетре; вот узенькая дверь в соборе, скрывающая подземный ход, по которому спускалась к Москве-реке игуменья Сусанна для тайных совещаний со стрельцами; вот и покрытая чёрным бархатом гробница монахини Сусанны… Царевна не оставила по себе дурной памяти, – измученная властолюбивыми замыслами, она мирно жила между монахинями.
Последния шесть лет своей затворнической жизни Софья провела в молитвах, перечитываньи священных книг, в работе рукодельной и, наконец, в переписке разных любопытных ей рукописей. Писала она хорошо, и эта работа доставляла ей не мало удовольствия. В имении Головиных селе Новоспасском хранится Октоих нотнаго пенья, отлично писанный полууставом, золотом и красками – инокинею Сусанною – царевною Софьею Алексеевною.