…Его Величество представя Себе все ея покушения на отнятие у Него жизни, все на тот же конец воздвигаемые ею бунты, все постановляемыя ею намерениям своим препятствия, и виновною пролития толикой крови и смятений, волновавших всё отечество, и что, наконец, не мнил Он остаться в спокойствии, покуда останется она живою, решился в первом движении гнева Своего избавится oт нея смертию же её. Он открывается о сём Лефорту и представляет в пример славную Елизавету, Королеву Англинскую, казнившую публично и за меньшее несравненно преступление Шотландскую Королеву и ближнюю, свою родственницу Марию Стюарт. Но сей Великий человек порочит поступок Елисаветин, яко такой, которой сделал вечное пятно славе ея, и склоняет Его на милость к виновной сестре Его. Она, ответствует во гневе Государь, она многократно с четырнадцати ещё лет своих возставала на жизнь Мою. Пускай так, возражает любимец, но Вы при всём том не должны умерщвлять её, естли только Ваше Величество не почитаете мщения дороже славы Своей. Туркам и варварам одним, заключил Лефорт, свойственно омокать руки свои в крови родных своих, но Христианскому Государю иметь должно совсем иныя чувствования.
Монарх сею толико дружескою речью смягчается, обнимает его и говорит: прощаю, прощаю её. А дабы дать ей почувствовать всю цену милостей Своих, удовлетворяется наказать её одним выговором. Он берёт c Собою сего друга Своего и едет c ним к ней в монастырь, уличает её в преступлениях против Себя и отечества. Но София слезами и красноречием своим извлекает и у Него слёзы, и Он, выходя от нея, говорит Лефорту; как она умна; но жаль, что столь же и зла.
Царь сам допрашивал её касательно этих посягательств; не известно ещё, что она отвечала, но то верно, что царь оплакивал тогда как её, так и свою судьбу.
Во время всего того правления царицы Натальи Кирилловны царевна София была в Девичьем монастыре и содержана была по обыкновению со всеми дворцовыми доместики. Также и брат ея – царь Иоанн Алексеевич и сестры ея к ней свободно ездили.
С половины сентября начался новый розыск. Из разных монастырей велено было свезти стрельцов; затем иных разместили по московским монастырям, а других содержали в подмосковных селах под крепким караулом. Число всех содержавшихся стрельцов было 1714 человек.
Желая показать, что стены города, за которые стрельцы хотели силой проникнуть, священны и неприкосновенны, государь велел всунуть брёвна в ближайшие к воротам бойницы и на каждом бревне повесить по два мятежника. Таким способом казнено более 200 человек. Едва ли столь частый частокол ограждал какой-либо другой город, какой составили стрельцы, перевешанные вокруг Москвы.
30 сентября у всех ворот московского Белого города расставлены были виселицы. Несметная толпа народа собралась смотреть, как повезут преступников. В это время патриарх Адриан, исполняя предковский обычай, наблюдаемый архипастырями, просить милости опальным, приехал к Петру с иконою Богородицы. Но Пётр был ещё до этого нерасположен к патриарху за то, что последний повторял старое нравоучение против брадобрития; Пётр принял его гневно. «Зачем пришел сюда с иконою? – сказал ему Пётр. – Убирайся скорее, поставь икону на место и не мешайся не в свои дела. Я побольше тебя почитаю Бога и Пресвятую Богородицу. Моя обязанность и долг перед Богом охранять народ и казнить злодеев, которые посягают на его благосостояние». Патриарх удалился. Пётр, как говорят, собственноручно отрубил головы пятерым стрельцам в селе Преображенском.