12 марта 1699. Генерал-адмирал Лефорт скончался в три часа утра. После кончины его много было разных толков, но об их достоверности нельзя сказать ничего положительного. Говорят, когда пришёл к нему реформаторский пастор Штумпф и стал много объяснять ему о необходимости обратиться к Богу, то Лефорт только отвечал: «Много не говорите!». Перед его кончиной жена просила у него прощения, если когда-либо в чём против него провинилась. Он ей ласково ответил: «Я никогда ничего против тебя не имел, я тебя всегда уважал и любил»; при этом он несколько раз кивнул головой, и так как он более ничего не сказал, то полагают, что этим он делал намёк на какие-то посторонние связи. Он особенно препоручал помнить о его домашних и их услугах и просил, чтобы им выплатили верно их жалование. За несколько дней до его смерти, когда он лежал ещё в чужом доме по привычке, которая сделалась было приятна его сердцу, послышался ужасный шум в его комнате. Жена, испугавшись и думая, что муж, вопреки своему решению возвратившись в свой дом, там так бесновался, послала узнать об этом, но те, которые ходили по её поручению, объявили, что никого в его комнате не видали. Однако же шум продолжался, и если верить жене покойного генерала, то на следующий день, ко всеобщему ужасу, все кресла, столы и скамейки, находившиеся в его спальне, были опрокинуты и разбросаны по полу, в продолжение же ночи слышались глубокие вздохи.
По смерти любимца Лефорта государь учинил ему со всеми почестями, достоинству и заслугам его принадлежащими, славное погребение, при котором шёл монарх за гробом до самой реформатской церкви, где при сказывании предики пастором Стумфиусом, когда вычислял он сего мужа заслуги, оказанные им государю и России, его величество обливался слезами, и по окончании оные, повелев снять крышку с гроба, подошёл к покойному генералу-адмиралу, обнял его и прощался с ним в последний раз с таким сокрушением, что все бывшие при сём чужестранные министры с чрезвычайным удивлением смотрели на сие плачевное зрелище. Потом провожающие знатные особы званы были в дом покойного адмирала, где приготовлен был, по тогдашнему обычаю, поминочный ужин.
Когда родственник покойного генерала приблизился к его царскому величеству, чтобы выразить должное монарху своё глубокое почтение, то ни один из них не сказал ни слова от горести и слез, ни один не мог говорить. Царь обедал у генерала Шереметева, но постоянно был беспокоен; искренняя печаль не давала ему ни на одно мгновение успокоиться.
Между тем, как уряжали стол, и государь тогда на короткое время отлучился, то некоторые бояре потихоньку убрались домой, но его величество по возвращении своём, встретя их сходящих с крыльца, воротил назад за собою, вошёл в залу и, с негодованием смотря на них, говорил: «Я вижу, вы спешите для того, чтоб дома веселиться смертию адмирала. Вы боитесь быть при сём печальном пире для того, чтоб ложно принимаемый вид печали скоро не исчез, и радость ваша предо мною не обнаружилась. Боже мой, какие ненавистники! Вы торжествуете теперь, как будто получили великую победу смертию такого мужа, которого я искренно любил и который служил мне столь верно. Я научу вас почитать достойных людей! Верность Франца Яковлевича пребудет в сердце моём, доколе я жив, и по смерти понесу её с собою во гроб».
Один из тех, кто обязан был класть заряд в дуло (при пушечной стрельбе на похоронах Лефорта), стоял, по глупости, перед отверстием орудия в то время, как должен был последовать выстрел, почему ядром и оторвало ему голову. По окончании погребения царь с солдатами возвратился в дом Лефорта, а за ним последовали все спутники, сопровождавшие тело покойника. Их уже ожидал готовый обед. Каждый из присутствовавших в печальной одежде при погребении получил золотое кольцо, на котором были вырезаны день кончины генерала и изображение смерти. Едва вышел царь, как бояре тоже поспешно начали выходить, но, сойдя несколько ступеней, заметили, что царь возвращался, и тогда и все они вернулись в дом. Торопливым своим удалением заставили бояре подозревать, что они радовались смерти генерала, что так раздражило царя, что он гневно проговорил к главнейшим боярам: «Быть может, вы радуетесь его смерти? Его кончина большую принесла вам пользу? Почему расходитесь? Статься может, потому, что от большой радости не в состоянии долее притворно морщить лица и принимать печальный вид?».