Судя по всему, потеря «Элизабет», а тем более Винтера, не сильно расстроила Дрейка. Даути и Винтер были его главными соперниками. На первых этапах плавания этот вынужденный триумвират – два джентльмена и один рыжеволосый пират из Девоншира – вел свой флот сообща. Теперь, без аристократов, дышащих в затылок, Дрейк остался единственным командиром уменьшившейся армады. Отныне весь риск был на его совести, но и награда должна была достаться ему одному. Если Дрейк потерпит неудачу, его ждут позор и забвение. Но если он добьется своего, то превзойдет Магеллана и, что не менее важно, станет бесконечно богатым. Магеллан отправился в плавание под покровительством Испании, соперницы своей родной Португалии, и даже при самом благоприятном стечении обстоятельств не мог вернуться домой. Дрейк мог – до тех пор, пока на берегу оставалась королева, готовая его приветствовать.
Эдвард Клифф, моряк, записавший отчет о плавании «Элизабет» со слов Винтера, сообщает, что она «покинула общество» Дрейка примерно 7 октября. На следующий день, «едва избежав опасных скал, мы снова вошли в пролив, где на 2 дня бросили якорь в открытой бухте и разожгли на берегу большие костры», чтобы Дрейку было легче найти их. Но этого так и не произошло. Тогда под командованием Джона Винтера, члена изначального триумвирата Дрейк-Даути-Винтер, «Элизабет» на три недели бросила якорь в Магеллановом проливе, чтобы дать команде возможность оправиться от тяжелых испытаний. Моряки назвали это место «порт Доброго Здоровья»: «Многие из наших людей, до предела измученных долгими вахтами, холодом и скверной пищей, здесь (хвала Господу) за короткое время чудесным образом смогли исцелиться», в первую очередь благодаря обильному питанию – здесь водились мидии, достигающие в длину 50 см и кроме мяса скрывавшие в себе (приятная неожиданность) множество «жемчужных семян».
«Элизабет» снова вышла в море 1 ноября 1578 г., и 11 ноября остановилась на острове Святого Георгия (это название дал ему Дрейк несколько месяцев назад, когда флот в первый раз шел через Магелланов пролив). Затем Винтер направил корабль к восточному устью пролива, и в конце ноября они достигли острова недалеко от устья Рио-де-ла-Плата – ложного пролива, который ранее исследовал Дрейк, а до него Магеллан. К тому времени Винтер окончательно решил вернуться в Англию, отказавшись от мысли следовать за Дрейком: по его словам, это было «полностью противно уму всех наших моряков». К тому же после того, что случилось с Даути, они с Дрейком вряд ли могли сосуществовать как два равноправных капитана.
Прежде чем отправиться в этот дальний переход, Винтер сделал остановку на большом острове, который назвал островом Тюленей («Здесь бесконечно много тюленей, что может показаться невероятным любому человеку, который там не был. Некоторые из них достигают 16 футов в длину и совсем не боятся наших людей»), чтобы запастись провизией, особенно водой, и снарядить небольшой пинас, который будет сопровождать их на следующем этапе плавания, вплоть до Англии. Остановка на острове Тюленей длилась 15 дней, и «в это время тюлени приходили и спали рядом с ними… и только угроза смертельного удара заставляла их отступить».
1 января 1579 г. они снова отправились в путь. Клифф сообщает, что на подступах к тропику Козерога они «по причине дурной погоды потеряли пинас и с ним восемь человек, которых с тех пор больше не видели». Тот же шторм чуть не погубил и «Элизабет»: англичанам пришлось встать на якорь у берега, но канат оборвался, и якорь ушел на дно. «Капитан яростно метался по палубе из стороны в сторону, морские волны поднимали корабль все выше и выше, люди срывались за борт, одному вышибло мозги, другой сломал ногу, и еще многие сильно пострадали».
В конце концов побитый бурей корабль нашел убежище на острове у берегов Бразилии. Когда люди начали болеть, Винтер отправил отряд моряков на поиски лекарственных трав. Они вернулись с корой дримиса – высокого стройного дерева, растущего в прибрежных вечнозеленых лесах. Считалось, что плотная, мясистая, сероватая кора дримиса может излечивать и предотвращать цингу – это оказалось правдой. Позднее растение получило название
Внезапно на острове появилось трое португальских солдат, потребовавших сообщить, откуда взялось поврежденное судно. Насколько было известно, раньше в эти воды не заходил ни один английский корабль. Затем португальцы отправились обсудить их появление с губернатором, но не раньше, чем Винтер оставил одного из них у себя в заложниках.