Когда количество буканьеров на Эспаньоле стало расти (их насчитывалось на острове уже более 600), испанцы стали пытаться прогнать их с острова. Буканьеров убивали из засады, как до того поступали с индейцами, или хватали и продавали в рабство. Но у буканьеров были ружья, они успешно оборонялись против испанских патрулей и на жестокость отвечали жестокостью. Наконец, против буканьеров из Сан-Доминго был выслан отряд в 500 солдат под командованием генерала фон Дельмоф. Но буканьеры узнали об этом заранее, заманили солдат в засаду и перебили. Генерал был убит. После этого поражения испанцы обратили свои действия против животных. Вскоре одичавшие стада были уничтожены, и буканьеры лишились источника существования. Поэтому многие из них осели на Тортуге, и в 1630 году на этом острове была образована первая колония буканьеров. Тортуга расположена на расстоянии 12—15 км от Гаити (Эспаньолы). Этот остров, имеющий площадь в 300 кв. км, обязан своим названием горе, придающей ему сходство с лежащей черепахой (по-испански "тортуга"). На Тортуге также имелись большие стада одичавших животных, главным образом коров и свиней, так что буканьеры и здесь могли продолжать свое занятие. Однако вскоре на Тортуге появились испанцы и разорили прибрежные поселения буканьеров, которые перед нападением испанских солдат ушли в леса. После ухода испанцев буканьеры вновь возвратились на побережье. Так продолжалось в течение нескольких лет. В 1640 году гугенот Левасье с 50 соотечественниками построил на острове укрепленный форт. Когда испанцы подошли к острову в очередной раз, они были обстреляны артиллерией форта, и несколько их кораблей затонули. Не добившись успеха, испанцы вернулись на Эспаньолу. Левасье стал французским губернатором Тортуги и главой общины буканьеров, которая быстро стала терять первоначальный характер чисто мужского братства. Из Европы, преимущественно из Франции, приезжало все больше и больше женщин. В течение нескольких недель все они обзаводились мужьями. Буканьеры, обзаводившиеся женами и домашним очагом, как правило, прочно оседали на острове, в то время, как холостые отправлялись в море и занимались разбоем.
После перебазирования буканьеров с Эспаньолы на Тортугу на этом острове стали создавать свои базы и другие пираты Карибского бассейна. Они объединились с пиратами-буканьерами в своего рода товарищества, в которых действовали определенные правила. Пираты больше не называли себя "береговыми братьями". Они стали известными под именем флибустьеров.
На Тортуге, как прежде на Эспаньоле, поддерживалось разделение труда между охотниками-буканьерами и пиратами. Откуда произошло название "флибустьер", точно не установлено. Флибустьеры при нападении на испанские суда в прибрежных водах использовали вначале небольшие беспалубные суда. Правда, у них были и крупные парусники, как собственной постройки, так и захваченные, на которых они подкарауливали в открытом море большие испанские корабли.
Французские губернаторы острова покрывали деятельность флибустьеров и от имени французского короля выдавали им каперские свидетельства. В тот короткий промежуток времени, когда Франция находилась в состоянии войны с Испанией, флибустьеры получали каперские грамоты от Англии или Голландии. Если же и это по каким-то причинам было невозможно, то флибустьеры вели собственную войну против кровного врага — Испании. Когда испанский посланник в Париже жаловался на разбойничьи действия флибустьеров, французское правительство заявляло, что эти последние не являются французскими подданными и его католическое величество в случае поимки этих людей может поступать с ними, как сочтет возможным.
В книге Эксквемелина дается описание внутренней организации флибустьеров, основанной на сочетании жесткой дисциплины и демократических начал. Когда предводитель планировал проведение новой экспедиции, он набирал команду из флибустьеров, буканьеров и даже индейцев. Участники экспедиции заключали договор, скреплявшийся клятвой, в котором оговаривались правила распределения добычи, размер возмещения за полученные увечья и другие условия. Каждое условие согласовывалось в отдельности. При разделе добычи было принято выделять определенные суммы в пользу военного лекаря и корабельного плотника. Кроме того, принималось решение о вознаграждении за особые заслуги, например, тому, кто первый окажется на вражеском корабле и вывесит пиратский флаг, кто захватит пленного, за которого будет уплачен богатый выкуп. Тяжелораненые получали: при потере правой руки или ноги 600 реалов или 6 рабов, при потере левой руки 500 реалов или 5 рабов. Потерявший левую ногу получал 400 реалов или четырех рабов. Компенсация за потерю глаза составляла 100 реалов. Определялись договором суммы, отчисляемые на приобретение оснастки и провианта. Питались все одинаково, невзирая на ранги.