Флибустеры, как правило, производили дележ награбленного либо на островках южнее Кубы, либо на острове Ваш. Бедные или плохого качества трофейные суда отпускали или сжигали, а богатые и добротные суда забирали себе и отводили на свои базы — на Тортугу, в Порт-Ройял или в Пти-Гоав. Пленных, за которых не надеялись получить выкуп, высаживали на берег при первой возможности (чтобы не кормить), но двух-трех оставляли, рассчитывая впоследствии продать или использовать в качестве слуг. После нескольких лет добросовестной службы их иногда отпускали. Любопытно, что примерно так же поступали и запорожские казаки, оперировавшие на Черном море.
Придерживаясь собственных законов, флибустьеры сами вершили суд над провинившимися собратьями. Того, кто при дележе добычи давал ложную клятву, изгоняли с корабля и впредь никогда не принимали. Его могли марунировать (marooning), или «осудить на высадку», то есть оставить на необитаемом острове с ружьем, небольшим запасом пороха, свинца и воды. В некоторых экипажах за изнасилование, пьянство, неповиновение командиру, самовольную отлучку с поста провинившихся наказывали: вдали от неприятеля — лишением доли в добыче, вблизи его — смертью. Виновного в вероломном убийстве привязывали к дереву, и он сам выбирал человека, который должен был его умертвить Когда в 1697 году во время грабежа французскими флибустьерами испанского города Картахена двое из них нарушили приказ о прекращении беспорядков и изнасиловали несколько горожанок, преступников схватили и приговорили к расстрелу. И хотя сами пострадавшие просили простить провинившихся, последние были расстреляны на глазах у всех жителей.
В отличие от военных моряков, флибустьеры не были жестко привязаны к какому-либо кораблю и могли сойти на берег, где хотели, либо перейти на другое судно, команда которого соглашалась принять их.
Они неохотно подчинялись капитану и квартирмейстеру во всем, что касалось работ на борту судна, так как каждый считал себя свободным человеком. Дампир, описывая трехмесячное бесплодное крейсерство флибустьеров у берегов Панамского перешейка, отмечал: «Это были унылейшие создания… И хотя погода была плохой, что требовало многих рук наверху, большая часть из них слезала с гамаков только для того, чтобы поесть или справить нужду». Каждый делал, что хотел, не спрашивая, приятно ли это его товарищам. Иные из них пели и плясали, в то время как другие тщетно пытались уснуть, однако такого рода неудобства нужно было переносить без ропота.
Принято считать, что власть капитана флибустьеров была неограниченной: члены экипажа должны были выполнять его приказы беспрекословно; он мог карать или миловать провинившихся по своему усмотрению; он сам определял, куда надо плыть и на кого нападать; он распоряжался награбленной добычей и, при желании, мог зарыть ее на необитаемом острове, не оставив свидетелей… На самом деле капитан флибустьеров, в отличие от капитана военного или корсарского корабля, пользовался весьма ограниченной властью. Все должности в среде флибустьеров, включая должность капитана, были выборными. Любое важное решение принималось большинством голосов после предварительного обсркдения на общем совете (сходке, собрании). Об этом недвусмысленно свидетельствуют письменные источники, относящиеся к деятельности флибустьеров XVII века. Обратите внимание на выдержку из сочинения Эксквемелина, описывающего обычаи карибских флибустьеров 60-х годов XVII века:
«…Каждый из пиратов, собираясь идти в море, делал то, что считали нужным его товарищи по плаванию. Когда все было готово, пираты собирались в условном месте и поднимались на корабль. У каждого был необходимый запас свинца, пороха и ружей. Отчалив от берега, они обычно начинали совещаться, где лучше запастись провиантом…
Захватив корабль, команда решает, передавать ли его капитану. Если захваченный корабль лучше их собственного, пираты переходят на него, а свой сжигают. После того как корабль захвачен, никому не дается право грабить имущество, посягать на товары в его трюмах. Вся добыча — будь то золото, драгоценности, камни или разные вещи — делится впоследствии поровну».
Эксквемелин добавляет, что капитан ел за общим столом ту же пищу, что и вся его команда до юнги включительно. Только вожаку, обладавшему авторитетом среди флибустьеров, могли в знак уважения приготовить и подать особое блюдо.
Анонимный автор, участвовавший в экспедиции флибустьеров в Южное море в 1680 году, пишет, что когда капитан Кук «встретился с испанским галиотом из Картахены, направлявшимся с неграми в Пуэрто-Бельо, среди команды возникли разногласия: одни хотели взять его на абордаж, другие нет, так что в итоге они упустили его». При этом, как видим, мнение капитана Кука не сыграло решающего значения. Другой пример из того же источника: когда флибустьеры решили идти к Панаме и захватить ее, капитан Коксон высказался против, но большинство принудило его идти со всеми. Позже пираты обвинили Коксона в трусости, сместили его, а на вакантное место главнокомандующего избрали капитана Ричарда Сокинса.