Довольно быстро Владимир Яковлев стал заметной фигурой среди российских губернаторов. Он возглавил Межрегиональную экономическую ассоциацию «Северо-Запад», которая объединяла 12 субъектов Российской Федерации. Это одна из существовавших тогда восьми межрегиональных экономических ассоциаций, охватывающих всю Россию, кроме Чечни, которые сложились в период с 1992-го по 1994 год на основе прежних «экономических районов». Значительно позже, уже при президенте Путине, принцип распределения регионов по разным ассоциациям, скорее всего, и лег в основу формирования семи федеральных округов.
Яковлев не превратился в тихого и незаметного провинциального чиновника. У него был четкий взгляд на взаимоотношения с Москвой, и он открыто защищал свою позицию. Вместе с Лужковым и Немцовым губернатор Санкт-Петербурга в специальном обращении предложил правительству «вести разумную таможенную политику, снизить в несколько раз тарифы в топливно-энергетическом комплексе, передать в управление субъектам РФ государственные пакеты акций предприятий, расположенных на их территории, если российский бюджет не финансирует федеральные программы на данной территории».
«Мы получили высокопрофессиональные кадры и шаткую, колеблющуюся на грани обрушения пирамиду краткосрочных обязательств. Огромные кредиты, которые надо было возвращать каждые три месяца. Блестяще проведенную приватизацию (сначала Сергеем Беляевым, а затем Михаилом Маневичем) и остродефицитный, непрозрачный бюджет, который в 1994–1995 годах состоял из трех — пяти страничек. Понять из него ничего было нельзя», — вспоминает Игорь Арметьев. Через два года удалось сделать нормальный — профицитный бюджет. Европейский банк реконструкции и развития дал долгосрочные кредиты. Даже после дефолта 1998 года город выполнил все финансовые обязательства. Уже в 1999 году было привлечено больше 1 млрд, долларов иностранных инвестиций, хотя раньше в Питер иностранцы вкладывали 50–70 млн. долларов в год. «Яковлев — это период созидания. При Собчаке мы больше занимались политикой, при Яковлеве — экономикой. Я стал первым вице-губернатором. Мне не тяжело было работать с Яковлевым. У нас были доверительные отношения все четыре года.
Да, у него не было серьезного фундаментального образования, он вырос в простой семье, но родители обеспечили его серьезными жизненными принципами. После выборов губернатора он резко пошел вверх, впитывал все, накапливал и рос. Он сам по себе — самородок, он талантливый и умный человек», — утверждает Вячеслав Щербаков.
Конечно, многие удачные экономические проекты, которые активно реализовывал Яковлев, задумывались еще при прежнем руководстве города. Однако именно Яковлев, задолго до массовой миграции с берегов Невы в Москву высокопоставленных жителей, начал отстаивать реальный, а не бутафорский вес Питера и его влияние. «Для нас неизменно положение, что Москва — столица России. Мы привыкли видеть ее такой, и никогда ни у кого сомнений на этот счет не было. Но если Москва — сердце России, то Петербург — ее разум. Мы никогда не считали, что Санкт-Петербург — областной город». Это фрагмент интервью «Независимой газете», состоявшегося в 1997 году. Предельно ясно Яковлев излагает свои мысли, нет никакой униженности перед Кремлем, трезвый взгляд на развитие страны. «В России надо развивать несколько центров. Один из них — Санкт-Петербург. Если будет развиваться только одна столица, это будет вызывать просто огромнейшую изжогу у всех остальных регионов».
Несмотря на отъезд активистов-либералов из команды Чубайса, и в первую очередь Алексея Кудрина, Петербург с точки зрения мировых финансовых институтов остался привлекательным для инвестиций городом: бюджет сделали бездефицитным, постепенно раскрутили жилищную реформу, налоги за 1997 год собрали едва ли не на 190 %, пенсии и заработную плату бюджетникам платят регулярно. Видимо, поэтому отношения Петербурга с Мировым банком и ЕБРР складываются почти идиллически и крупнейшие городские инвестиционные проекты в 1998 году осуществляются на деньги этих банков, например: строительство третьего терминала аэропорта Пулково и реконструкция центра города. Общая сумма инвестиций только в эти два проекта — 450 миллионов долларов. В 1998 году начали строительство кольцевой дороги вокруг Питера и расширение мощностей морского порта.