Нельзя сказать, что губернатор вообще игнорировал своих оппонентов или не пытался контролировать Законодательное собрание, но делал он это без большого энтузиазма и изобретательности. По большому счету, ему это не было нужно, что подтвердили и выборы в 2000 году. Хотя силы, которые претендовали на Смольный, были серьезные и давление их нарастало. Не забывали о Петербурге коммунисты, пытавшиеся провести референдум в городе. У них мог появиться свой сильный кандидат в лице Геннадия Селезнева, который провел в Ленинграде молодые годы и где начиналась его карьера. Селезнев как председатель Государственной Думы уже в октябре 1996 года сообщил в официальном письме Яковлеву, что в соответствии с постановлением парламента в Петербурге «создается постоянно действующая комиссия по проверке и анализу итогов приватизации в городе в период 1992–1996 годов… и ответственности за ее негативные последствия должностных лиц». «Должностными лицами» в тот период были Анатолий Чубайс, Альфред Кох, Сергей Беляев, Алексей Кудрин, Михаил Маневич и, разумеется, сам мэр Анатолий Собчак. Председателем комиссии назначили Юрия Шутова. Селезнев, работавший в 70-е годы главным редактором газеты «Смена» — органа Ленинградского обкома ВЛКСМ, говорят, лично знал сотрудника обкома КПСС Юрия Шутова. Правда, председателю комиссии не удалось плодотворно поработать, поскольку после первой отсидки в «Крестах» Шутов вновь оказался за решеткой.
Пытался взять реванш и Анатолий Собчак. Он давал разоблачительные интервью и обличал новую городскую администрацию. «Яковлев же поднял цену на жилье, и у него популярность была тогда 16 %, в принципе, ты его немножко ткни, и его можно было свалить. А Собчак соответственно начал проводить пресс-конференции с Нарусовой по поводу своей альтернативы», — уверен журналист Даниил Коцюбинский.
На одной из таких пресс-конференций бывший мэр пожелал новому хозяину Смольного учесть его, Собчака, ошибки и ни в коем случае не делать поблажек клеветникам. После его заявления, что губернатор связан с тамбовской преступной группировкой и «…сами «тамбовцы» не скрывают, что они уже во власти и что Яковлев — их человек», Яковлев решил советом воспользоваться и обратился в суд за защитой чести и достоинства. Собчак рассчитывал на шумный политический скандал местного масштаба, а получился очередной конфуз. Кроме того, уголовное дело против бывшего мэра по обвинению в махинациях с квартирами не утихало и развивалось, потому что в Москве сразу несколько политических групп стремились окончательно убрать Собчака из политического пространства страны и уж как минимум — выключить его из борьбы за Петербург. Анатолий Собчак тайно на частном санитарном самолете бежал во Францию. Операция была проведена молниеносно и довольно профессионально, что указывает на участие в этом специалистов. Но едва ли кто-то из Москвы прикрывал бегство бывшего мэра, хватило и местных питерских сил, поскольку на тот момент начальниками силовых структур оставались те же люди, которые работали и во времена Собчака. Людмила Нарусова обеспечивала мобилизацию всех, кого можно, главный врач Военно-медицинской академии Юрий Шевченко, ставший при Путине министром здравоохранения, подтвердил диагноз больного беглеца и собрал необходимые документы, а специальные службы наверняка делали коридор на границе. Владимир Яковлев бегству своего ярого противника не препятствовал. Скорее наоборот, рассчитывал, что с отъездом Собчака в городе станет спокойнее.
Эксперты все еще спорят, кто инициировал уголовное преследование Анатолия Собчака и насколько причастен к этому губернатор Петербурга. Но даже близкие соратники Собчака утверждают, что корни этой уголовной травли следует искать в Москве. Собчака не любили либералы и демократы из вышнего руководства за заносчивость и буйный нрав, его не поддерживали молодые московские олигархи, поскольку в свое время он не пускал их в Питер. Наконец, его ненавидели коммунисты и претендовавшие на власть консервативные силы, лидерами которых постепенно становились такие политики, как московский мэр Лужков. Оправившись от серии поражений и почти разгрома в начале 90-х годов, консерваторы поднимали голову, готовились к захвату власти и старались добить демократических кумиров. «Очень удобно приписывать это уголовное дело Яковлеву, переложив на него за это вину, но он здесь ни при чем», — считает Татьяна Голубева.