Маневича убили утром 18 августа 1997 года. Киллер расстрелял машину заместителя главы администрации, когда тот ехал на работу. Стрельба велась с крайне неудобной позиции — с вертикальным отклонением около 60 градусов, приблизительно с 200 метров. (Примерно так же, с подстраховкой и поразительной точностью и кучностью стрельбы, был расстрелян в Москве у Краснопресненских бань авторитетный спортсмен и бизнесмен Отари Квантришвили.) Сразу появилось несколько версий убийства. Самая распространенная среди публики — «застрелили Маневича, но «метили» в его друга Чубайса». Еще один ближайший друг главы администрации Ельцина заместитель министра финансов России Алексей Кудрин в интервью одной из газет заявил, что не следует искать причину убийства в каком-либо конкретном случае: «Мы проанализировали вехи нашей совместной работы в последнее время. О каких-либо угрозах или предупреждениях Миша не говорил, хотя обычно он о них информировал. Когда такое случалось, Михаилу давали охрану, принимали меры предосторожности. Сейчас никаких сигналов не было. Я думаю, что тогда все упиралось конкретно в Маневича, он становился непреодолимым барьером для проталкивания каких-либо нечистоплотных решений».
Владимир Яковлев утверждал, что Маневич был для него незаменим. Он стал правой рукой губернатора, по крайней мере в вопросах управления городской недвижимостью. Маневич добивался пересмотра договоров со всеми арендаторами городских объектов и собирался навести порядок в этой области. Комитет по управлению городским имуществом подготовил проект закона «О порядке определения арендной платы за нежилые помещения», согласно которому рост арендных платежей в бюджет увеличивался в 2–3 раза, что существенно сокращало теневые доходы владельцев городской недвижимости.
Журналисты также увязывали расстрел чиновника с последовавшим вскоре убийством одного из руководителей финской фирмы «Несте» — Санкт-Петербург» Валерия Мандрыкина. Согласно постановлению губернатора, под патронажем его заместителя Маневича в городе проводился конкурс на постройку новых автозаправочных станций. Финская компания получила самое большое число мест — 62, что могло привести к дисбалансу на местном рынке и вызвать негодование преступных группировок, работающих в этой сфере.
А одна из самых скандальных версий указывала на бывшее руководство города. За несколько месяцев до убийства прокуратура арестовала сотрудницу городской администрации Ларису Харченко и начальника аппарата мэра Виктора Кручинина, переправила их в московский изолятор «Лефортово». Причиной ареста послужила их причастность к делу о махинациях с квартирами Анатолия Собчака. По этому же делу председатель питерского комитета по госимуществу Маневич должен был проходить в качестве свидетеля. Известно, что к нему специально приезжал личный представитель генерального прокурора страны Юрия Скуратова. Возможно, его шантажировали, убеждая дать показания против Собчака, угрожая в противном случае переквалифицировать из свидетелей в обвиняемые. Журналисты не исключали: Маневич мог предупредить представителя генпрокурора о том, что если будут копать под него, то он сдаст своего бывшего шефа — Собчака. В день убийства Маневич должен был лететь в Москву на встречу с Анатолием Чубайсом. Но как-то так получается, что убийство лишило следствие самого ценного свидетеля (после самого Собчака, естественно).
Первый вице-губернатор Вячеслав Щербаков высказывает еще одну версию убийства: «Собчак расплатился жизнью Маневича за невыполненные обязательства. Конечно, криминальные группировки были и есть, но они появились еще при Собчаке и расцвели при нем. Маневича убили за невыплаченные долги, потому что были заложены объекты собственности под какие-то обещания. А пришел Яковлев и сказал, что у него нет никаких обязательств».
Трагическая смерть Маневича вызвала серьезный резонанс в российском обществе. На похоронах друга Анатолий Чубайс поклялся найти и наказать заказчиков и исполнителей убийства. Спустя девять лет он сообщил, что все заказчики и исполнители установлены и их скоро постигнет жестокая кара. Эта смерть настолько быстро обросла самыми радикальными политическими версиями с далеко идущими выводами, что ее следует рассматривать как первый акт драмы под названием «Петербург — криминальная столица России». Вот что тогда писала местная пресса: «Отчеты о происшествиях, ложащиеся каждое утро на стол губернатора Петербурга Владимира Яковлева, напоминают сейчас сводки с поля боя. Кто-то застрелен за рулем джипа, кто-то — в подъезде дома, собственном кабинете или на даче. Очень неуютно чувствуют себя и владельцы ста двадцати пяти розданных за копейки, по балансовой стоимости, шикарных квартир в центральной части города — этот широкий жест сделал мэр Собчак незадолго перед тем, как покинуть свое кресло. И кто знает, какие фигуры окажутся на концах ниточек, потянутых следствием из этих квартир».
Имена, пароли, явки