То, что монастырь существовал с начала XI века и был в числе тех афонских обителей, которые были основаны уже в первые годы организованной монашеской жизни на Афоне, подтверждается упоминанием оного в указе Прота Никифора 1012 году На это же указывают и три других, современных ему документа, которые подписал «Никифор, монах Ставроникиты», а также послание Павла Ксиропотамского подписанным «монахом Ставроникиты» в 1016 г.
Существует несколько преданий о названии обители. Некоторые учёные утверждают, что её основателем был некий Никифор Никита (или Ставроникита), придворный офицер императора Иоанна Цимисхия. В ряде свидетельств наличествует упоминание о двух ктиторах – монахах Ставросе и Никите, некогда живших в этих местах. Согласно другой версии можно заключить, что здесь когда-то жил инок Никита, у которого были проблемы со зрением («стравос» по-гречески – кривой, плохо видящий). В честь него монастырь и был назван «Стравоникита». Позднее произошла транслитерация, и для благозвучия монастырь был переименован в «Ставроникита» («ставрос» по-гречески означает крест).
Однако наиболее вероятной считается версия, в которой речь идёт о том, что на этом месте в пещере некогда жил и спасался основатель монастыря отшельник по имени Никита, который делал кресты и одаривал ими приходящих к нему людей. На Святой Горе существует древняя традиция ставить кресты на распутьях и перекрёстках дорог. Возможно, именно поэтому первая обитель и была посвящена Иоанну Крестителю, что подвижник поставил крест на святом месте, а «Ставроникита» в переводе с греческого дословно означает «крест Никиты».
Первая обитель, основанная Никитой на рубеже X-XI веков, в XII столетии, как и другие монастыри Афона, в результате пиратских набегов пришла в запустение и была преобразована в келью. В эпоху Крестовых походов Ставроникита был разорён окончательно.
После латинской оккупации 1204-61 годов монастырь некоторое время пустовал. Последствием этого явилась зависимость обители, засвидетельствованная в 1287 году, от монастыря Кутлумуш, от которого в XVI столетии он перешёл к обители Филофей.
Возрождение обители связано с именем проживавшего на покое на Святой Горе Константинопольского Патриарха Иеремии I (1520-43). Он решил основать на этом месте новый монастырь – также во имя Иоанна Предтечи. В 1533 году его друг – игумен монастыря Геромериос Григорий выкупил Ставроникиту у Филофея и принялся за работу по его возрождению. В благодарность за его помощь братия изобразила патриарха на западной стене кафоликона. На фреске он изображён с небольшой копией построенного им собора Святителя Николая.
В 1536 году Ставрониките возвращён статус обители, и в том же году патриаршим указом обитель была признана ставропигиальной. Прибыв с благой целью на берег моря, Иеремия I стал свидетелем того, как рыбаки, закинув сети, вытащили вместо обычного улова мозаичную икону Святители Николая. Благодаря обретению на этом месте древней иконы Николая Чудотворца XIII-VIV веков, соборный храм нового монастыря был освящён во имя этого святого.
В 1541 году патриарх Иеремия I, продолжив дело Григория, оказал монастырю значительную финансовую помощь для его восстановления. Он обеспечил Ставроникиту подворьями в Кассандре и на острове Лемнос. Братия при поддержке извне проявляла подчас чудеса работоспособности, активности и необходимого смирения, позволяющего преодолевать все препятствия, понеже в последующие годы обитель несколько раз горела и восстанавливалась.
В течение своей долгой истории монастырь перенёс пять пожаров. После очередного бедствия 1607 года он стал особножительным. Во время пожара была обращена в пепел большая часть его строений, сгорел весь архив монастыря, за исключением его официальных документов. Монастырь горел снова в 1741, 1864, 1874 и 1879 годах и каждый раз возрождался из пепла благодаря поддержке сербских князей. Пожар 1879 года был наиболее разрушительным.
Слева от входа в монастырь расположен знаменитый акведук, обеспечивающий обитель в изобилии питьевой водой, и открытые ёмкости для её хранения. Они были построены в период с 1679 по 1688 год на пожертвования господаря Валахии Щербана I Кантакузина. Трудно пройти мимо такой красоты, чтобы не запечатлеть на её фоне себя любимого.