Ротов надеялся, с помощью подкупов и интриг, стать Патриархом и тогда в приказном порядке, пользуясь услугами КГБ, исполнить заветную мечту — присоединить Православную Церковь к папскому престолу. Он открыто сослужил с латинянами, нарушая канонические правила Церкви, строго запрещающие какое-либо общение с еретиками. «По великим праздникам — на Рождество Христово и на Пасху — в католический храм, что в Ковенском переулке в Санкт-Петербурге, — вспоминает иподиакон Ротова, — по благословению митрополита Никодима направлялся, в качестве гостя, представитель Ленинградской митрополии. Местный ксендз — о. Иосиф Павилонис — по приглашению Владыки ежегодно присутствовал за пасхальным богослужением в алтаре Николо-Богоявленского кафедрального собора и приглашался к Причастию Святых Христовых Тайн». Правда, при этом Ротов не упускал случая высказаться и в защиту Православия, которое он на самом деле предавал. Он утверждал, что допускает единство только на основе неповрежденной православной веры, но она-то, по его убеждениям, ныне якобы утрачена из-за разделения с еретиками.
В каждой епархии теперь, под прикрытием ОВЦС, создавалась своеобразная секта никодимовцев, во главе которой ставился молодой епископ, обязательно прошедший подготовку за границей. Ведь общение с еретиками, запрещенное Спасителем через апостола Павла, заражает общающихся индефферентизмом. Правда, остроумные защитники памяти Никодима Ротова придумали легенду, что будто бы власти запретили епископские хиротонии, а «полководец Никодим» добился рукоположения молодых епископов для заграничных епархий. В действительности же Ротов стремился к тому, чтобы ни один епископ не был поставляем без его ведома. Новорукоположенных по его протекции «несовершеннолетних» епископов он отправлял на стажировку а пекло экуменических сборищ, что давало возможность проверить «молодцов» на деле, перед тем, как назначить на ключевой пост.
Особое внимание митрополит Никодим уделял епархиям, расположенным вокруг Москвы, опасаясь, что при объявленном им соединении с католиками епископы могут не подчиниться, и потому на кафедры туда назначались самые преданные его чада.
Перед рукоположением во священство митрополит Никодим задавал вопрос ставленнику: «Обещаешь ли, что если я перейду в католичество, то и ты последуешь за мной?» И если кандидат отвечал: «нет», то его быстро затирали. Этот прием широко использовался никодимовцами и в последующее время, когда практически у каждого столичного ставленника перед рукоположением спрашивали о его отношении к экуменизму. И только в том случае, когда оно было положительным, — рукополагали.
Особенную поддержку Ротов получал в лице евреев и порочных меньшинств. Еврею обычно советовали сменить фамилию, и после этого рукополагали, а мужеложество среди клириков, по слову преп. Иосифа Волоцкого, всегда было одним из главных оснований всякой ереси.
Ротов стремился снабдить своих питомцев докторскими званиями. Теперь богословом считался только тот, кто имел соответствующее образование и ученую степень. Мнение простецов, хотя бы это были люди святой жизни, ни во что не ставилось. Такие приемы необходимы были Рогову для того, чтобы в случае возмущений со стороны простого народа богословская комиссия, состоящая из никодимовцев, могла защитить любую ересь, представив ее сначала одним из церковных мнений, а затем, при помощи «авторитетов», ее утвердить.
Перейдя на Ленинградскую кафедру, Ротов особое внимание уделил экуменизации Санкт-Петербургской Духовной академии, где он в скором времени учредил афро-азиатский факультет для чернокожих иноземцев из Уганды.
Выпускники академии направлялись на учебу в католические и протестантские богословские институты в Германии, Италии, Швейцарии. Ротов стремился привлечь в семинарии наукообразного идола западного «богословия». Для этого его последователями часто рассматривались вопросы, давно имеющие четкие определения в церковной канонической практике. Риторические же полемики вносили путаницу в каноническое право.
Апогеем стараний владыки Никодима в этом направлении стало противоканоническое решение Священного Синода РПЦ от 16 декабря 1969 года, позволявшее православным причащаться в католических храмах и признавшее, таким образом, действенность и благодатность Святых Тайн у еретиков. И хотя это скандальное «разрешение» было отменено в 1986 году, все же гнойная закваска «благодатности таинств еретиков» сохраняется в академическом богословии и по сей день.