Для того времени это был удобный и относительно быстрый вид транспорта. Таким образом, история Москвы-реки тесно связана с историей столицы. Река способствовала жизни и развитию города. «Она видела, как Москва была еще селом, стояла никем незнаема, как потом возвеличилась, сделалась городом, видела все ее несчастья и славу и, наконец, дождалась ее величия. Теперь эта бывшая деревенька «Кучко» сделалась величайшим и многолюдным городом Европы», - писал Лев Толстой в своем ученическом очерке «Кремль».
В эпоху Петра I была предпринята попытка соединить Москву-реку с Верхней Волгой и Волгу с Балтийским морем и Доном и тем самым объединить реки России в единую водную систему. При жизни Петра I из шести намеченных им водных систем удалось построить в 1719 г. лишь одну Вышневолоцкую систему, соединившую Волгу с Балтийским морем по маршруту Волга - Тверца - водораздел - Цна - Мета - озеро Ильмень - Волхов - Ладожское озеро - Нева.
Спустя сто лет, в 1825 г., началось строительство канала между реками Сестра и Истра для соединения Москвы-реки с Волгой. Строительство канала тянулось более 19 лет. Был прорыт соединительный канал, построены 33 шлюза, создано водохранилище, сохранившееся до наших дней под названием Сенежское озеро, но вскоре, когда открылось движение по Николаевской (ныне Октябрьская) железной дороге, канал забросили, и он пришел в негодность. Прекратилось пополнение Москвы-реки водами из других бассейнов.
Постепенное обмеление Москвы-реки началось с XIV в. и значительно усилилось в XVII - XVIII вв. Ученые объясняют это ростом на берегах рек городов и населенных пунктов, массовой вырубкой лесных массивов, распашкой земель, созданием луговых угодий и выпасов, что ухудшило условия питания рек и способствовало обмелению и засорению их русла.
Поэтому, несмотря на то что сообщение по Москве-реке приобретало все большее значение в экономической жизни столицы, судоходство по ней становилось все более затруднительным. По данным печати, в 50-х гг. прошлого века летом на участке от Москвы до Коломны река так мелела, что в иных местах глубина не превышала 7 вершков. Баржи часто застревали на перекатах, и, для того чтобы протащить их, судовладельцам приходилось нанимать от 200 до 250 рабочих и 40 - 50 лошадей. В отдельных случаях суда так крепко засасывало грунтом, что приходилось продавать их на месте на слом.
Но, несмотря на все трудности, судоходство по Москве-реке не прекращалось. Крупные баржи шли по Оке до Коломны, и здесь грузы перегружались в небольшие суда, которые с огромными препятствиями пробивались до Москвы.
Неоднократно предпринимались попытки улучшить судоходство по Москве-реке. В первой половине XIX в. были сооружены Бабьегородская и Краснохолмская плотины с шлюзами у последней. Однако для больших барж глубины на Москве-реке оставались недостаточными, и перевалку грузов у Коломны пришлось сохранить.
Позднее, в 1873 - 1877 гг., на участке Москвы-реки между Москвой и Коломной была сооружена так называемая Москворецкая шлюзовая система, включающая несколько гидроузлов с плотинами и деревянными шлюзами и рассчитанная на плавание по ней судов с осадкой до 70 см. Эта система несколько улучшила условия плавания и способствовала росту грузооборота по Москве-реке, но больших результатов все же не дала. Река оставалась мелководной и грязной от отходов фабрик и заводов. Попытки властей ограничить право московских заводчиков и фабрикантов сбрасывать в воду отходы производства ни к чему не привели.
Во время весеннего половодья река нередко выходила из своих берегов, затопляла прилегающие низменные районы столицы и наносила серьезный ущерб постройкам.
Только в советские годы по настоящему была решена проблема обводнения и очистки Москвы-реки и развития по ней значительных грузовых и пассажирских перевозок.
Вскоре после Великой Октябрьской социалистической революции, в конце 20-х и начале 30-х гг., пришедшие в ветхое состояние плотины и шлюзы Москворецкой системы были перестроены, увеличены судоходные габариты и в ряде мест реки улучшены судоходные условия.
Уже в первые послеоктябрьские годы от Москвы до Рязани было открыто движение небольших пароходов, а с 1932 г. было организовано беспересадочное пассажирское сообщение между Москвой и Горьким.
В 1931 г. в черте Москвы открыто внутригородское речное пассажирское сообщение: суда пригородных и экскурсионных линий совершали рейсы вверх по Москве-реке до Кунцева и Крылатского, вниз - до Коломенского.
В 1933 г. начал действовать новый беспересадочный маршрут Москва - Уфа по рекам Москве, Оке, Волге, Каме и Белой, получивший сразу большую популярность у москвичей.
В 1937 г. вступил в строй канал имени Москвы, соединивший Москву-реку с Волгой. Волжская вода обильным потоком устремилась к Москве.
Сооруженные в Карамышеве и Перерве гидроузлы обеспечили судоходные глубины в черте Москвы