Несходны с судьбами других монастырей, даже совсем противоположны им, первые годы, следовавшие за царским повелением. Тогда как в Соловках, в Кириллове, в Киеве, на Валааме пустынножительство устраивалось подле первоучителя, подле его келийки, и основания устава монастырского преподавались и завещались им, здесь, — в Тихвине, возникло монастырское братство подле богатого каменного храма, известного уже на всю Россию, и дело постройки зданий, составление устава и обычаев монастырских поручено царем целой группе архимандритов и игумнов других обителей, нарочно собранных для этого и поставленных под главенство архиепископа новгородского Пимена. Если в других обителях от малого начала, от одной келийки плодились другие, шло распространение не вдруг, а общежитие, трапеза и стены являлись только после векового существования, здесь сооружено сразу 44 кельи, поставлена обширная трапезная, прорыта канава, воздвигнуты стены, а деревянные церкви заменены каменными. При возникновении других обителей, подле них, и опять-таки мало-помалу, возникали поселки, деревушки, обращавшиеся иногда, со временем, в города, — в Тихвине наоборот: ко времени устройства монастыря, на месте этом расположено было множество селений, и для освобождения места существовавший старый посад отнесен версты за три в сторону. Характерной особенностью является, наконец, и то, что царское повеление, последовавшее в 1547 году, воплотилось только 11 февраля 1560 года, с назначением, вслед за окончанием работ и по составлении устава, первым игумном Кирилла.
Не прошло и полувека со времени возникновения обители, иноки которой сошлись к ней из разных других монастырей и, следовательно, как и устав монастырский, не возникли на месте, а были собраны с разных мест, — как уже пришлось им постоять за себя, за святыню, за отечество и показать, что в этом они то же, что остальные их собратья. Наступило лихолетье. Самозванец «виста бо паки ин некий зверь, нарицая себя царевичем Дмитрием Углицким», появились другие самозванцы, а за спинами их всякие люди, «польстии и литовстии»; призванные нами на помощь шведы, предводимые де-ла-Гарди, вместо защиты, «взяли на копье» всю великую область новгородскую и вместе с ней и Тихвинскую обитель.
Удрученная до глубины душевной, занятая врагами, страна тихвинская и её монастырь не переставали молиться за судьбы раздираемой междоусобицей родины, как вдруг к ним, к плененным и окруженным кольцом войск неприятельских, доходит весть о воцарении царя Михаила и о том, что ко Пскову двигаются за рекой Устью воеводы царские, и что надо послать просить их принять обитель и вручить ее царю православному. Предстояла двойная трудность: сговориться людям тихвинской стороны с людьми в обители, а затем, приняв общее решение, оповестить сквозь ряды приятельские дружины наши, шедшие на Псков под начальством князя Симеона Прозоровского. И то, и другое исполнили Воейков и Арцыбашев и возвратились в обитель. Скоро увидели со стен монастырских приближение русского воинства; произошла стычка на Усть-реке, и шведы разбиты; игумен Онуфрий и сидевший в занятой шведами обители воевода Трусов порешили кончить со шведами и внутри обители, ударили на них и перебили.
Извещенный о двойном поражении, де-ла-Гарди, стоявший в ста верстах от Тихвина, двинулся к нему; 13 июня 1613 года вырезал он в посаде Тихвинском всех, не успевших скрыться за стенами обители, и тогда начался длинный ряд усилий шведских одолеть единственный русский оплот, оставшийся или, лучше сказать, вышедший из-под их власти в стране новгородской. Летопись подробно сообщает о всех судьбах упорной борьбы: нашелся в обители изменник Гаврилко, родом из Смоленска, явились в ней раздоры, и все это под грохот «огненного стреляния из великих бранных сосуд». Пока в осажденной обители пришли к решению оповестить царя и просить о присылке помощи и к нему отправлены послы, царь уже знал о судьбах Тихвина и направил к ному от себя рать под начальством Сумбулова. Монастырские послы встретили ее, но неосторожность воеводы и измена переяславца Федора были причиной поражения этой рати, и осада обители возобновилась с большей против прежней ожесточенностью; игумен Онуфрий взят в полон.