Столбовский мир 1617 года, заключенный в той скромной деревеньке, которую путники посетили три дня тому назад, более чем на сто лет оставил Валаам совершенно опустевшим в руках шведов; иноков не имелось на нем вовсе, и все, что успели они насадить православия по берегам Ладожского озера, у Сердоболя и Кексгольма, — все это погибло тогда и заменено лютеранством. Казалось, что сделано было решительно все, чтобы стереть с лица земли даже воспоминание о Валааме. Не ушли только со своих мест два святых угодника, безмолвно почивавшие в глубоких камнях острова, и над ними теплилось воспоминание и горела мысль, от которых и началось новое бытие. Было такое время, что от тихвинского архимандрита Макария поступила к царям Иоанну и Петру Алексеевичам челобитная о перенесении этих мощей в Тихвин, для спасения их от «проклятых люторов». Совершись это, и о Валааме не осталось бы, вероятно, и помину.
В 1715 году, вследствие ходатайства архимандрита Кирилло-Белозерского монастыря, Иринарха, переданного царю через Меншикова, повелено приступить к постройке Валаамской обители заново. Царь, посещая олонецкий край, вероятно, бывал неоднократно на пустом Валааме и знал его былое. В 1717 году на одиннадцати лошадях присланы из Кириллова монастыря церковная утварь, припасы и строительные орудия. Во внимание к развившемуся за это время, с 1611 по 1620 год, расколу, сделано особое распоряжение о том, чтобы чин монастырский исполнялся по «новоисправленному Требнику». В начале возобновления Валаам приписан к Кирилло-Белозерскому монастырю, но с 1720 года получил самостоятельное существование.
Отстроенный монастырь еще раз сгорел в 1754 году; на месте сгоревших поставлены, опять-таки деревянные, церкви, здания и стена, о которых в 1785 году тогдашний путешественник академик Озерецковский свидетельствует, что хотя местоположение монастыря красиво и, можно сказать, величественно, но монастырское строение нимало ему не соответствует, так как оно обветшало. В том же году утвержден общий план построек каменных, составленный строителем Назарием, впоследствии игуменом, вызванным из Саровской пустыни по настоятельному требованию митрополита Гавриила, писавшего о нем в Саровскую пустынь: «у меня много своих умников, пришлите мне вашего глупца». Митрополит не ошибся в этом «глупце», и с 1811 года обитель стояла готовой вся в новом каменном одеянии. Следует упомянуть, что император Павел I особенно щедро одарил ее в 1797 году доходными статьями рыбных ловлей и покосов и мельницей, составляющими и теперь существенный доход монастыря. За время управления игумена Назария удален был с острова в город Сердоболь последний след светской жизни — ярмарка, бывшая на Валааме много лет, и весь он отдался исключительно духовной жизни и подвижничеству.