Подводная лодка "Скипджэк", находившаяся в соответствии с планом операции "Флинтлок" восточнее островов Трук, 26 января потопила переоборудованную плавучую базу гидросамолетов "Окитсу-мару" и эскадренный миноносец "Судзукадзе". 1 февраля подводная лодка "Гардфиш", патрулировавшая южнее островов Трук, потопила эскадренный миноносец "Утикадзе". Подводная лодка "Пермит", находившаяся севернее Трук, наблюдала, как японское оперативное соединение, в состав которого входили два линейных корабля, вышло из базы на островах Трук и повернуло на запад к островам Палау. "Пермит" смог сблизиться с соединением лишь до дистанции 12 миль, и как только оно скрылось за горизонтом, он всплыл и пытался передать донесение о контакте. Через 7 минут появились японские самолеты. Они вынудили "Пермит" погрузиться. Когда самолеты улетели, подводная лодка снова всплыла для передачи донесения в Пирл-Харбор. В течение часа и 19 минут она вызывала Пирл-Харбор, где наконец приняли донесение, и "Пермит" погрузился. С начала войны ни одна лодка не находилась столь продолжительное время в надводном положении днем так близко к островам Трук.
Подводная лодка "Триггер" (командир Дорнин), которая не выделялась для участия в операции "Флинтлок", но патрулировала примерно в 300 милях севернее островов Трук, 31 января атаковала торпедами эскадренный миноносец "Мичишио" и потопила плавучую базу подводных лодок "Ясукуни-мару". Плавбазу "Ясукуни-мару" (12000 тонн) отремонтировали и перевооружили в Японии с целью замены легкого крейсера "Катори" в качестве флагманского корабля 6-го флота, так как "Катори" был крайне необходим для усиления значительно ослабленных легких надводных сил японского флота. Крупная плавбаза подводных лодок с двумя другими большими судами и двумя эскадренными миноносцами в охранении возвращалась на острова Трук, когда ее обнаружил "Триггер". Дорнин атаковал суда, находясь в надводном положении. Замысел первой атаки оказался частично нарушенным из-за того, что один из кораблей охранения ошибочно был принят за концевое судно колонны, которое Дорнин наметил своей целью. Корабль охранения был сильно поврежден, но не затонул. За два последующих часа "Триггер") догнал конвой и снова атаковал его. До рассвета он добился по меньшей мере двух попаданий торпед в плавбазу "Ясукуни-мару", которая пошла на дно настолько быстро, что из ее экипажа спаслось только 43 человека.
Штурм атолла Кваджелейн
29 января четыре быстроходные авианосные группы 58-го оперативного соединения под командованием Митчера начали наносить удары по Маршалловым островам. Эти удары оказались настолько эффективными, что к вечеру того же дня к востоку от атолла Эниветок не осталось ни одного боеспособного японского самолета. В это время на Маршалловых островах находились три или четыре японские подводные лодки. Подводная лодка "RO-39" получила приказ выйти к атоллу Вотье для уничтожения противника. С тех пор от нее не поступало никаких донесений. 1 февраля американский эскадренный миноносец "Уокер" в районе, где американские подводные лодки не должны были действовать, установил радиолокационный контакт и осветил осветительным снарядом подводную лодку, находившуюся в надводном положении. Это была "RO-39". Лодка пошла на погружение, которое, однако, оказалось недостаточно быстрым. Первой же атакой глубинными бомбами "RO-39" была уничтожена.
.Главные силы японского флота, базировавшиеся на островах Трук, не могли оказать противодействие операции "Флинтлок". Три штурмовые группы в составе 217 судов, на которых находились 4000 солдат американской морской пехоты и сухопутных войск, подошли к Маршалловым островам. Десантные войска высадились на трех участках. Атолл Маджуро, в 270 милях юго-восточнее Кваджелейна, был занят без сопротивления. Ко 2 февраля удалось полностью захватить острова Рой и Намур (у северной оконечности Кваджелейна). 4 февраля противник прекратил сопротивление и на Кваджелейне (третий пункт высадки). Маршалловы острова перешли под контроль США.
Минная разведка
В результате этой победы в объединенный разведывательный центр США поступило много трофейных документов. Среди них были японские секретные Извещения мореплавателям, определявшие границы запретных для плавания районов. В этих районах были поставлены мины. Для американских подводных лодок Извещения мореплавателям явились самой ценной находкой.