В Индии процветание империи Моголов в XVI–XVII вв. было обусловлено смешением мусульманской культуры, принесенной вторгшимися монгольскими правителями, и богатым индуистским наследием идей и верований, сохраняемых коренным индийским населением. Правитель Акбар (1560–1605), величайший из Моголов, славился своей терпимостью и часто приглашал иезуитов, сикхов, индусов и мусульман для придворных диспутов по предметам веры и практики. Однако на смену ему пришли крайне деспотичные правители, руководившие страной во время упадка и разложения империи Моголов. Последний из великих Моголов, Аурангзеб, сделал из жесткой приверженности к ортодоксальному исламу ключевой элемент своего правления, разрушив множество индуистских храмов и выступив против немусульманского большинства.
Таким образом, во всем мире традиция веротерпимости резко приходит в упадок, начиная с XVII в. В Китае, Индии и на Ближнем Востоке правители относились к религиозному инакомыслию как к угрозе их авторитету и устанавливали все более жесткий ортодоксальный религиозный режим.
По большей части в Европе преобладали те же тенденции. Несмотря на встречавшиеся до XIX в. проявления религиозной терпимости, церковная ортодоксия при поддержке государства обычно побеждала. В средневековой Испании смесь мусульманской и иудейской учености привела к расцвету центров образования в Гранаде и Кордове. Однако эти группы оказывались под все большим давлением во время христианской Реконкисты, и в 1492 г. католическая монархия изгнала евреев и остававшихся мусульман, позволив инквизиции насаждать католическую ортодоксию.
В Италии, вследствие крестовых походов, активная торговля с Ближним Востоком и Северной Африкой привела к смешению латинской, византийской и арабской культур и возрождению образованности в XIII–XIV вв. Это возрождение распространилось по всей Европе, стимулируя рост знаний во многих странах от Англии до Польши. В Польше проводилась политика веротерпимости как для протестантов, так и для католиков в конце XVI в. То есть до того, как католическая церковь, неспособная справиться с давлением протестантской Реформации, начала Контрреформацию по восстановлению католической ортодоксии в Европе.
В течение XVI в., по мере распространения протестантизма, целый ряд правителей смирился с сосуществованием протестантов и католиков на своей территории. Однако по мере того, как конфликты между католиками и протестантами, а также между различными протестантскими сектами становились все более жестокими, веротерпимость шла на убыль. Тридцатилетняя война (1618–1648), начавшаяся с разгрома протестантской элиты в австрийской провинции Богемии, привела к усилению религиозной нетерпимости по всей Европе. Возглавляемая иезуитами католическая церковь стремилась восстановить свою доминирующую роль в качестве единственной христианской веры. Наибольших успехов иезуиты добились, вероятно, в Польше, где к середине XVII в. они настолько изменили принятый в ней ранее официальный курс на религиозную терпимость, что ни одна другая страна в Европе не ассоциировалась так сильно с католическим государством, как Польша. В то же самое время лютеранские, кальвинистские и англиканские государства стремились превратить свои господствующие церкви в официальную ортодоксию, с жесткими ограничениями для других религиозных общин. В 1685 г. король Франции Людовик XIV, самый могущественный правитель Западной Европы, отказался от поддержания принципа веротерпимости по отношению к протестантизму в своей стране, что привело к исходу тысяч протестантов в Англию и Бранденбург-Пруссию, где он преобладал.
Лишь в Англии, Дании и Пруссии с конца XVII в. принцип веротерпимости продолжал укореняться. Англия пережила десятилетия кровавых чисток и борьбы за власть между католиками и протестантами — с Генриха VIII, Марии I и Елизаветы I и позднее гражданской войны между англиканскими протестантами и более радикальными пуританскими сектами. Англиканская церковь попыталась получить признание в качестве единственной официальной религии и запретить католицизм и другие конфессии, но попытка не удалась. Короли Карл I и Яков II были свергнуты вследствие религиозных противоречий и неспособности обеспечить соблюдение религиозных договоренностей между отдельными группировками своих подданных. Наконец, в 1688 г., английский парламент принял Акт о веротерпимости, сделав Англию первой крупной страной, в которой религиозная терпимость стала узаконенным официальным курсом, а не просто королевской политикой.