Анненковцы захватили участок Транссиба к западу от Омска и перерезали путь отступления красным по железной дороге. Потому омские большевики, оставляя седьмого июня город, эвакуироваться по Иртышу на пароходах. Белопартизаны продолжали очищать уезд от разбежавшихся красногвардейцев и сочувствующих советской власти. В Омск отряд торжественно с оркестром вступил 19-го июня. Анненковцы, забрасываемые цветами, продефелировали под аплодисменты по центру города, Атаманской улице и Любинскому проспекту. В Омске отряд вновь пополнился добровольцами и увеличился до тысячи человек. 24 июня по приказу вновь организованного штаба Сибирского казачьего войска отряд Анненкова выступил на фронт под город Троицк, на помощь также восставшим против большевиков казакам Оренбургского казачьего войска. Взаимодействуя с оренбуржцами, отряд одержал ряд новых побед в упорных боях с южно-уральской краснопартизанской армией Блюхера. Знаковым событием стало взятие анненковцами 6-го июля города Верхнеуральска. От командования Оренбургского казачьего войска в Омск летели благодарственные телеграммы, в которых присутствовали и такие слова: "Беззаветно храбрый есаул Анненков со своими офицерами и молодцами-казаками высоко несет знамя славных сынов Иртыша... От имени стариков-оренбуржцев, освобождённых из плена большевиков, шлем привет родным братьям сибирцам и глубокую благодарность отцам, пославших своих сыновей на поля Урала". Конечно, на подобные телеграммы 4-й войсковой Круг Сибирского Казачьего войска не мог не отреагировать. Анненкову объявили благодарность, после чего последовал приказ по Сибирской армии о его производстве "за отличие в боях против неприятеля" в чин войскового старшины.
Но атаман не собирался почивать на лаврах. Едва передохнув после взятия Верхнеуральска, белые под его общим командованием вновь перешли в наступление. Бои получились очень кровопролитными, отряд потерял убитыми и ранеными более сотни человек. Анненков был вынужден направить в Омск телеграмму с просьбой прислать ему для пополнения казаков-добровольцев. Одновременно он стал привлекать под свое чёрное знамя и оренбуржцев. Своим умением ориентироваться в боевой обстановке и беспощадными расправами с идейными большевиками атаман вызвал симпатии и восхищение в первую очередь у казачьей молодёжи. Не мудрено, что к нему пошло много добровольцев из оренбургских станиц.
В ходе упорных боев в июле-августе красные на Южном Урале потерпели ряд поражений и отступили. Белые, ударной силой которых стал отряд Анненкова, взяли Белорецк и продолжали преследовать отступавшего противника. Таким образом, уже вся территория Оренбургского казачьего войска была очищена от большевиков, и свою задачу отряд выполнил, тем более что на позиции заступила вновь сформированная армия под командованием генерала Ханжина, которая и продолжила наступление. Ханжин хотел оставить анненковцев, сильных не числом, а духом, организованностью, верой в своего атамана, в составе своих войск. Но по приказу штаба Сибирской армии отряд Анненкова отвели на отдых и пополнение, а затем срочно вернули в Западную Сибирь. Временное сибирское правительство, напуганное размахом славгородского восстания, хотело примерно наказать взбунтовавшихся крестьян, и для этого решила использовать снятую с фронта свою самую боеспособную воинскую часть. Но Анненков превзошёл все ожидания, расправа над восставшими оказалась столь скорой и ужасной, что имя атамана стало олицетворением уже не столько бесстрашного и умелого командира, сколько кровавого палача.