Перечисленные факторы определили конечный итог сражения, в оценке которого сходятся все источники: полный разгром новгородской рати значительно меньшим, по всей вероятности, московским войском. По существу это крах всей военной организации феодальной республики. На берегах Шелони столкнулись две военные системы — архаическая удельно-вечевая и новая, созданная Московским государством. Победа москвичей — это решающая победа нового над старым, традиций феодальной централизации над традициями феодальной раздробленности.
Разгром главных сил Новгорода на Шелони определил весь дальнейший ход кампании. Войска великого князя «после бою того воевали много посады новгородские и до немецкого рубежа по реку Нерову». Активно действовали и псковичи, в том числе «добровольные люди», силу которых псковский летописец определяет в полторы тысячи человек. Главные силы псковского войска во главе с князем В. Ф. Шуйским, оставив отряд с 6 пушками для осады Порхова, двинулись по приказу великого князя к самому Новгороду, остановившись в 20 верстах от него.
Кампания была фактически окончена. 18 июля, находясь в Яжелбицах, великий князь получил известие о Шелонской победе. Здесь же он принял новгородского посла Луку Клементьева с просьбой об «опасе» для проезда делегации на мирные переговоры. 24 июля, прибыв в Руссу, великий князь распорядился участью пленных. Он «велел казнити главною казнию новгородских посадников за их измену и за отступление: Дмитрия Исакова Борецьского, да Васильа Губу Селезнева, да Еремея Сухощока, да Киприана Арзубьева». Василий Казимир, Кузьма Григорьев, Яков Федоров, Матвей Селезнев, Кузьма Грузов должны были быть отведены в Коломну и посажены в оковы. По данным Ермолинской летописи, с «людей добрых новгородцев» был взят окуп, а посадники, на которых «разъярився» великий князь, были перед казнью биты кнутом. Но зато великий князь «мелких людей велел отпущати к Новгороду»21
.Исход кампании 1471 г. в военном отношении решился на Шелони, а десять дней спустя в Руссе произошло не менее важное событие, предопределившее на десятки лет вперед основную линию политики Москвы в отношении Новгорода. Казнь посадников, главных военных и политических руководителей Господина Великого Новгорода, — беспрецедентное событие в многовековой истории отношений Новгорода с великими князьями. Впервые с представителями верхушки новгородского боярства поступили не как с привилегированными пленными, подлежащими размену или выкупу, а как с государственными преступниками, изменниками Руси. Это не могло не произвести сильнейшего впечатления на современников. Враждебный Новгороду псковский летописец с содроганием описывает эту казнь: «Немилостиво казнивше их, и секирою отсекоша им главы, к колоде прикладая»22
.На поле Шелонской битвы в руки москвичей попали «списки новугородцкие, что кончали с королем, да и того же человека обретша у себе же, что их писал». Все это было отправлено к великому князю, который получил, таким образом, вещественные доказательства измены новгородцев. Казнь четырех высших представителей новгородской феодальной иерархии и заточение многих других продемонстрировали впервые, что главное направление и конечная цель московской политики — ликвидация феодальной республики как таковой и включение Новгородской земли в состав нового Русского государства. С точки зрения великокняжеской власти Новгород не самостоятельная политическая единица, способная проводить ту или иную внешнюю политику по своему усмотрению, а «отчина и дедина», т.е. неотъемлемая часть Русской земли. Договор с Казимиром и приглашение его на новгородский стол — это не только дипломатический акт в нарушение прежних докончаний, но прежде всего и по существу своему акт государственной измены. Посадники и житьи люди, стоящие во главе феодальной республики и ее войск, — не «равноправные договаривающиеся стороны», а прежде всего подданные великого князя, главы Русского государства. Неслыханная расправа над ними — не нарушение обычаев, выработанных средневековой практикой по отношению к привилегированным военнопленным, а акт государственной власти, карающей своих изменников. Этот принципиально новый взгляд на существо отношений Москвы и Новгорода впервые проявился в отношении великого князя к новгородским пленникам, приведенным к нему в Руссу.