Хотя историки в один голос считают, что шансы Смита победить на выборах были такими же, как «у снежка не растаять в аду», исследователь Роберт Ремини думает, что сам Смит придерживался другого мнения. Он уже достиг гораздо большего, чем можно было представить, создавая четырнадцать лет назад в Пальмире странную церковь. Джозеф очень серьезно отнесся к выборам и отправил пятьсот восемьдесят шесть своих лучших миссионеров (включая десять членов Кворума двенадцати апостолов) по всей стране, чтобы они за него агитировали.
Вполне возможно, что Джозеф выдвинул свою кандидатуру на пост президента, потому что считал, что на этом посту положит конец преследованиям мормонов, которым они подвергались везде и повсюду, где бы ни жили. Джозеф неоднократно и безрезультатно пытался убедить представителей властей, что из моральных соображений и по букве закона они обязаны защищать мормонов от погромщиков. Вполне вероятно, он считал, что самый верный способ этого добиться — стать президентом всей страны.
Джозеф чтил Конституцию США, считая ее документом, на создание которого вдохновил сам Господь. Он говорил, что политическое руководство страны игнорировало данные под клятвой обязательства охранять права мормонов на свою веру, гарантированные Конституцией. При этом Джозеф неоднократно словом и делом показывал, что он лично не питает никакого уважения к религиозным взглядам немормонов и, следовательно, вряд ли будет соблюдать конституционные права других религий, если станет президентом страны.
Освоение территории и строительство Наву не были простыми. В 1839 и 1840 годах до того, как мормоны осушили болота, случились эпидемии малярии и холеры, в результате которых умерли сотни «святых», включая отца и одного из братьев пророка. Кроме этого, у Джозефа остались проблемы с законом в Миссури даже после того, как он и его последователи бежали в другой штат. Обвинений против него и других руководителей мормонов никто не снял. Джозеф считался беглецом, и его в любой момент могли поймать и отдать под суд в Миссури. За его поимку было назначено вознаграждение. По крайней мере два раза шерифы из Миссури приезжали в Иллинойс, имея на руках ордер на арест Смита.
В мае 1841 года группа шерифов из Миссури схватила пророка, когда он находился за пределами Наву, и чуть не перевезла через границу штата, но ему удалось получить отсрочку приказа о прибытии в суд. Ситуация была очень опасной, и Джозеф чудом избежал депортации в Миссури. Вскоре после ареста в 1841 году в своей речи пророк предсказал, что бывший губернатор штата Миссури — заклятый враг мормонов Боггс — «умрет насильственной смертью в течение года».
Вечером 6 мая 1842 года Боггс сидел возле окна и читал газеты в кабинете своего дома в городе Индепенденс. С улицы раздалось четыре выстрела. Две пули попали в шею Боггса, а две застряли в мозге. Все думали, бывший губернатор умрет, о чем и сообщили в газетах. Большинство изданий считало, что убийцей является мормон, выполняющий предсказание Джозефа Смита.
Пистолет, из которого стреляли в Боггса, был найден в луже неподалеку от дома бывшего губернатора. Расследование показало, что оружие недавно украли из местного оружейного магазина. Владелец магазина сообщил шерифу: «Я думал, что пистолет украли негры, но он пропал сразу после того, как в магазин приходил и осматривал пистолет человек, нанятый Уордсом». «Человеком, нанятым Уордсом», оказался меткий стрелок, житель Наву по имени Портер Оррин Роквелл. Он приехал в Индепенденс за несколько месяцев до этих событий и исчез из города сразу после покушения на Боггса.
Как выяснилось, все слишком рано собрались хоронить Боггса, который оправился после покушения. Скорее всего в него стрелял мормон Роквелл. К тому времени он приобрел репутацию человека, готового пролить кровь ради своей церкви и своего пророка. Мормоны называли его «ангелом-мстителем» и «Самсоном среди мормонов».
Скорее всего Джозеф и не отдавал приказа убить Боггса. Все «святые» понимали, что должны помочь осуществлению воли пророка, если им представится удобная возможность.
Как только Джозеф предсказал смерть Боггса, Роквеллу не нужно было никаких других указаний. Большинство жителей Миссури и сами мормоны были уверены, что именно Роквелл покушался на жизнь Боггса, однако власти никого не привлекли к ответственности за это преступление.