Результаты этой стычки были сильно преувеличены (говорили, что были убиты пятьдесят немормонов), и о них сообщили губернатору Миссури Лилберну Боггсу. В 1836 году Боггс выиграл выборы, обещая жителям штата избавиться от мормонов. Боггс приказал начальнику ополчения Миссури: «Мормоны — это враги, и относиться к ним надо соответствующим образом. Их необходимо уничтожить или изгнать за пределы штата.
То, что делают мормоны, совершенно непозволительно».Через несколько дней три роты ополченцев во главе с полковником Томасом Дженнигсом неожиданно напали на поселение мормонов в Хонс-Милл.
Во второй половине дня 30 октября 1838 года светило солнце и стоял прекрасный день уходящего бабьего лета. На поле работали около двадцати пяти семей мормонов. Неожиданно перед ними из леса появились двести сорок вооруженных людей, которые прицелились из мушкетов и открыли огонь.
Старейшина мормонов понял, что сопротивляться такому количеству военных бесполезно, замахал шляпой и закричал, что мормоны сдаются. Ополченцы игнорировали его слова и продолжали стрелять. Мормоны разбежались и попрятались в кустах и в лесу, а пятнадцать мужчин-мормонов и три мальчика спрятались в кузнице. Кузница была построена из бревен, между которыми были огромные щели. Через них ополченцы легко расстреливали находящихся внутри мормонов. Потом они вплотную подошли к зданию кузницы и стали расстреливать мормонов, засунув дула мушкетов внутрь, сквозь щели между бревнами.
Когда ополченцы увидели, что внутри кузницы никто не движется, они вошли внутрь и обнаружили, что в комнате прячется десятилетний мальчик по имени Сардиус Смит. Мальчик умолял не убивать его, но один из ополченцев, Вильям Рейнолдс, приставил дуло к его голове. Об этом поведал младший брат Сардиуса, который был ранен в бедро и притворился мертвым под грудой тел. Рейнолдс ответил, что детей мормонов надо истреблять, чтобы они не плодились, и спустил курок.
В общей сложности в кузнице были убиты восемнадцать «святых». Это событие вошло в историю мормонов как резня в Хонс-Милл. Даже сейчас мормоны говорят о нем с величайшим осуждением.
В то время Джозеф Смит находился в восемнадцати километрах от Хонс-Милл и руководил созданием оборонительных сооружений в Фар-Весте, окруженном огромным количеством солдат. Смит узнал о трагедии в Хонс-Милл только на следующий день. В последние несколько месяцев он был в сомнениях, не зная, искать ли ему мирного решения конфликта или вступить на тропу войны. После резни в Хонс-Милл пророк понял: если он начнет сражаться, то проиграет.
Джозеф отправляет пять мормонов к ополченцам с наказом «как побитые собаки просить мира». Генерал, возглавлявший войска, передал свои требования: мормоны должны немедленно отдать ему Джозефа Смита и еще шестерых руководителей мормонов, чтобы их судили за измену; компенсировать местным жителям потерянное имущество, сдать оружие и покинуть территорию штата Миссури.
Это были очень плохие условия, но у Джозефа не было никакого выбора. Он обратился к своей пастве в Фар-Весте с такими словами: «Я готов отдать себя в жертву, чтобы спасти вас и церковь. Не падайте духом, братья. Молитесь за то, чтобы нас отпустили. Благословляю всех вас во имя Христа».
Мормоны отступили 1 ноября. Джозеф, его брат Хайрам и еще пять лидеров мормонов сдались ополченцам. Их быстро судили военным трибуналом и приговорили к казни за измену. Генерал Александр Донифан получил приказ: «Завтра утром в 9.00 Джозефа Смита и остальных пленников расстрелять на площади в Фар-Весте».
Однако Донифан оказался человеком с принципами и отказался отдать приказ о расстреле. Джозеф и остальные пленники были американскими гражданами, а военный трибунал не имел права судить гражданских лиц. Генерал написал письмо своему начальнику, который отдал приказ о расстреле: «Это было бы убийством. Я не буду подчиняться вашему приказу… И если вы казните этих людей, то будете отвечать за это перед судом, да поможет мне Бог!»
Благодаря благородству Дониана Джозефа и его сторонников не казнили. Однако «святые» должны были выполнить все требования жителей Миссури. После того как мормоны сдали оружие, жители стали безнаказанно глумиться над ними. Дома мормонов грабили и сжигали, а скот отстреливали. Мормонов били, а женщин и девушек насиловали. Мормоны должны были уйти из Миссури до весны 1839 года.
Для мормонов та зима была очень непростой. Они голодали и мерзли. Джозеф и еще девять руководителей церкви сидели в тюрьме по обвинению в измене и убийствах. Пророк писал из камеры своим сторонникам послания, в которых говорил, что «после резни в Хонс-Милл, приказов губернатора Боггса и действий властей штат Миссури будет проклят во веки веков».