Водород растворяют в морской воде и выводят в море, используя вспомогательную систему откачки морской воды. Кислород сжимают и хранят под высоким давлением в специальных ёмкостях из нержавеющей стали. Содержание кислорода на судне контролируется и регулируется с помощью спуска кислорода. Простой метод, который включает в себя несколько последовательных открытий спускного клапана кислородного трубопровода. Кислород поступает на судно во вспомогательное машинное отделение; а затем распределяется по судну с помощью вентиляционной системы. Неправильным образом распределённый кислород при наличии искры от стартера двигателя или короткого замыкания может стать причиной большого пожара.
В случае пожара аварийная команда (как и весь остальной экипаж) надевает кислородные маски.
Пожарные шланги протянуты по всему помещению, давление в них подается с помощью вспомогательной системы подачи морской воды. Если пожар имеет электрическое происхождение, соответствующая цепь или центр электрической нагрузки должны быть обесточены. Если возгорание произошло в торпедном отсеке, то можно использовать химические огнетушители. Когда для тушения используется вода, то затем необходимо откачать воду с помощью насосов, иначе морская вода может причинить столько же вреда, сколько сам пожар.
Опасность от пожара усугубляется вследствие наличия дыма на борту судна, Вентиляционная система должна быть перекрыта, люки отсеков нужно закрыть и задраить, если объявлено о пожаре на борту. Дежурный по судну отдает приказ о поднятии на глубину 50 метров и подготовке к выходу на перископную глубину. Это проделать сложно в условиях, когда в помещении полно воды от тушения, когда дым мешает видеть показания приборов, когда кислородная маска мешает смотреть в окуляр перископа. На перископной глубине команда готовится к забору воздуха через шноркель. Как только пожар потушен и выставлен специальный вахтенный, который следит за тем, чтобы он не разгорелся вновь, команда осуществляет аварийную вентиляцию помещений с помощью дизельной силовой установки.
Помещение, где разгорелся пожар, является объектом высасывания воздуха для дизельной установки. Воздух затем выходит наружу через выхлопную трубу дизеля в парусе. Когда обстановка в помещении находится в допустимых пределах, то судно поднимается на поверхность для вентиляции, высасывая воздух из всех помещений и всасывая свежий воздух извне. Когда все показания атмосферной системы в порядке, оборудование этой системы снова включается, в подлодке начинается циркуляция воздуха, шноркель закрывается, и подлодка погружается, продолжая выполнять задание. (Вы можете прочитать больше о несчастных случаях на российских подлодках на сайте «http://www.bellona.no», отчёт 2, 1996 год, «Несчастные случаи на атомных подлодках».)