Когда каждые 6 месяцев совершается учебный подъём с глубины с использованием взрыва в балластных ёмкостях (чтобы убедиться, что система в рабочем состоянии), необходимо убедиться в отсутствии судов на поверхности во избежание столкновения.
После взрыва в балластных ёмкостях необходимо заправить баллоны со сжатым воздухом как можно скорее на случай, если понадобиться еще один экстренный взрыв.
Пожар в закрытом пространстве атомной подводной лодки представляет огромную опасность. Как показала трагедия подлодки «Курск», пожар в торпедном отсеке может стать смертельным. Пожар в торпедном отсеке вдвойне опасен из-за наличия в нем ракетного топлива (пероксид или топливо Отто содержит свой собственный кислород и будет гореть под водой) и боеголовок.
К тому же твердое топливо крылатых ракет «проест» в корпусе дыру диаметром 1,2 метра. Это катастрофа, которую не сможет исправить ни одно пожарное оборудование. Если первая ступень ракеты класса «Томагавк» загорится, то вы окажетесь на скоростном лифте, направляющемся на дно океана, и у вас будет время, достаточное лишь на то, чтобы произнести молитву, перед тем как незатопленные отсеки подлодки взорвутся.
Главным источником пожаров является камбуз. Пожары происходят из-за возгорания мясного жира, например, от скользунов. Вторым источником являются сбои в электрической сети, что случается довольно редко на подлодках ВМС США, но не на иностранных флотах, Русские подлодки довольно часто становятся жертвами пожаров на море.
В 1970 году ВМФ Советского Союза потерял подлодку К-8 класса «Ноябрь» в Бискайском заливе, когда на борту разгорелся пожар в третьем и восьмом отсеках. Подлодка поднялась на поверхность, но команда не смогла потушить пожар. Реактор был остановлен, дизельные силовые установки не заводились, оставляя судно на аккумуляторных батареях. Часть команды была спасена, но судно затонуло на глубине 4700 метров, унеся жизни 52 моряков, в том числе капитана подлодки.
В 1986 году подлодка К-219 класса «Янки», имевшая на борту баллистические ракеты, затонула к северу от Бермудских островов во время стратегического патрулирования в Атлантическом океане в результате взрыва в пусковой ракетной установке из-за смеси вытекшего топлива и морской воды.
Пожар в четвёртом отсеке стал результатом взрыва и утечки ракетного топлива. Один атомный реактор был приостановлен, чтобы подлодка стала тише. Судно поднялось на поверхность, и был запущен другой реактор. Пожар в четвёртом отсеке разгорелся из-за короткого замыкания в электропроводке в результате попадания воды из огнетушителей или вследствие затопления в третьем отсеке. Утечка воздуха из основных балластных ёмкостей была фатальной для судна. Подлодка затонула, унеся жизни четырёх моряков.
В 1989 году в Норвежском море на борту советской подлодки К-278 «Комсомолец» произошло возгорание в седьмом отсеке, как позже посчитали, из-за большой концентрации кислорода и короткого замыкания в электропроводке. Судно поднялось на поверхность. Пожар вызвал перебои энергоснабжения атомного реактора, мощность была потеряна. Пожар вывел из строя воздушную трубу высокого давления. Воздух вырвался наружу, раздувая и без того бушевавший огонь. На поверхности судно потеряло устойчивость и затонуло на глубине 1700 метров. В результате погибли 41 член экипажа, в их числе и капитан подлодки.
В середине 1980-х годов на американской подлодке «Гитарро» вспыхнул пожар в аккумуляторном отделении, причиной которого, судя по всему, стало короткое замыкание в электропроводке в присутствии водорода. Водород вырабатывается во время заряда аккумуляторов. Команда боролась с пожаром в течение нескольких дней до того, как судно посчитали спасенным. Похожий случай произошел на российской подлодке в Тихом океане. Пожар стал для подлодки фатальным. Часть этой подлодки подняли глубоководным аппаратом «Гломар Эксплорер» во время президентства Ричарда Никсона.
Одним из источников пожара может стать «бомба», или генератор кислорода. Это прозвище он получил из-за того, что во время процесса гидролиза дистиллированная вода распадается под действием электрического тока высокого напряжения на кислород и водород. Они находятся в стоихометрической пропорции.