В 09.45 на кораблях была объявлена воздушная тревога — замечен самолет-разведчик. После этого в течение часа в воздухе появлялись еще три самолета. К счастью для итальянцев, все эти самолеты были английскими. Английский военно-морской историк Роскилл считал, что адмирал Де Куртен только намеревался запросить английское командование о возможности изменения пункта назначения для флота с острова Мальта на Ла-Маддалену. В действительности никакого запроса об этом ни от Де Куртене, ни тем более от Бергамини к англичанам не поступало.
Тем не менее около 12.00 Бергамини, по мнению англичан по собственной инициативе, изменил курс следования итальянского флота для прохода между островами Корсика и Сардиния, вроде бы направляясь через пролив Бонифачио к Ла-Маддалене. Изменение курса итальянскими кораблями, крайне удивившее союзное командование, было вовремя зафиксировано английским воздушным разведчиком. К успокоению союзного командования примерно в 14.46 эскадра адмирала Бергамини вновь повернула на запад, как бы намереваясь снова взять курс, ведущий к острову Мальта.
По имеющимся сведениям, Бергамини около 14.30 получил радиограмму из Рима от адмирала Сансонетти о том, что немецкие войска взяли под контроль острова Корсика и Сардиния. Вероятно, это же сообщение было перехвачено союзной радиоразведкой. Хотя хорошо известно, что до вечера 9 сентября немцы еще не контролировали порты на этих островах. Таким образом, ко времени изменения курса итальянской эскадрой оккупация немцами вышеназванных островов была еще далеко не завершена.
Вероятно, именно из-за возникшей угрозы попасть в руки немцев король Виктор-Эммануил и правительство Италии вместо Ла-Маддалены переехали из Пескары в Бриндизи на корабле «Байонетта» под охраной крейсера «Сципионе». Военно-морскому министру Де Куртену было предписано сопровождать царственную особу и членов правительства во избежание каких-либо недоразумений, а не заниматься решением важных оперативных и организационных вопросов в столь напряженный момент. «На хозяйстве» в Риме остался адмирал Сансонетти, отдавший тот первый «правильный» приказ флоту о следовании на Мальту и который вместе со штабом ВМФ руководил всеми передвижениями итальянских кораблей в то время.
В течение ночи с 8 на 9 сентября итальянское морское командование продолжало рассылать многочисленные указания своим кораблям. Правда, не все из них достигли адресата из-за большой перегрузки систем связи. Так, утром 9 сентября итальянские торпедные катера, не получившие приказа о капитуляции, атаковали союзный крейсер в районе Салерно.
В этот момент дальнейшему беспрепятственному движению итальянского флота помешали самолеты люфтваффе, которые атаковали итальянские корабли, обнаруженные немецким самолетом-разведчиком в Тирренском море в 09.41 9 сентября. Пилот этого самолета сообщил немецкому командованию о составе и курсе итальянской эскадры. В 10.30 над ней вновь появился немецкий авиаразведчик, после чего корабли Бергамини увеличили скорость до 27 узлов и пошли зигзагом. В 13.20 к итальянским кораблям, лишенным своего истребительного прикрытия, опять приблизился очередной немецкий воздушный разведчик.
Конечно, немцы искали итальянский флот. Адмирал Меендсен-Болькен, командовавший немецкими ВМС в Италии, еще ранним утром 9 сентября поднял тревогу по поводу ухода итальянских кораблей из Специи и доложил об этом в Берлин. Рейхсмаршал Геринг приказал командующему 3-м воздушным флотом фельдмаршалу Шперрле найти и атаковать итальянские корабли. Тот поручил выполнить приказ рейхсмаршала командиру II авиакорпуса генералу Финку, который, в свою очередь, отдал распоряжение об атаке итальянских кораблей командиру KG100, базировавшейся на аэродроме Истр в районе Марселя.
Около 13.45 9 сентября 11 (по другим данным — 15) бомбардировщиков Do-217К, имевших большой радиус действия и несущих на борту новейшее оружие — дистанционно управляемые планирующие бомбы FC1400, запустили моторы и вылетели для атаки итальянской эскадры. Погода, как по заказу, была идеальной. Около 15.15 первые три «Дорнье» атаковали итальянский линкор «Рома», который тут же произвел маневр уклонения. Произошедшее фактически опровергает измышления итальянского историка Брагадина о том, что итальянцы в первый момент приняли немецкие самолеты за союзные.