Кроме того, командирам кораблей, находившимся в ремонте или имевшим повреждения, из-за которых они не имели возможности покинуть место стоянки, было выдано распоряжение об их затоплении при угрозе захвата немцами.
Действительно, такая угроза реально существовала. Еще в конце июля немецкое командование разработало план захвата итальянского флота (план «Аксис») при помощи части его личного состава, являвшейся членами фашистской партии. План предусматривал также блокирование итальянских военно-морских баз немецкими подводными лодками, которые должны были бы топить каждый итальянский корабль, пытающийся выйти в море без разрешения немецкого командования. Однако в дальнейшем из Рима поступило сообщение о том, что в связи с падением Муссолини настроения на итальянском флоте приняли явный антифашистский характер. Стало понятно, что захват итальянских кораблей в этой ситуации потребует привлечения значительных сил. Таким образом, план «Аксис» отпал сам собой. Намерение немцев захватить с суши итальянскую военно-морскую базу в Специи также осталось неосуществленным.
Адмирал Бергамини даже за несколько часов до выхода своих кораблей на остров Мальта был убежден в том, что он должен будет повести их «в последний бой». Когда заместитель начальника штаба адмирал Сансонетти сообщил ему по телефону условия перемирия, Бергамини поначалу отказался поверить этому сообщению. Только после долгих увещеваний упрямый адмирал согласился выполнить устный приказ о переходе итальянских кораблей на Мальту.
После этого разговора Бергамини позвонил военно-морской министр Де Куртен с очень странной просьбой. Смысл ее заключался в том, что Де Куртен просил Бергамини уговорить (?!) англичан разрешить перевести корабли на остров Ла-Маддалена, куда итальянцы хотели сначала перевезти своего короля и правительство. Для этого из Специи в Чивитавеккио были направлены два эсминца («Вивальди» и «Да Ноли») для перевозки короля и его окружения. Поэтому Де Куртен и приказал Бергамини следовать на остров Ла-Маддалена и уже там ожидать дальнейших распоряжений. Подобная версия событий, происходивших на итальянском флоте, изложена в работе итальянского историка Брагадина, который в то время являлся сотрудником оперативного отдела штаба ВМФ и мог буквально «держать руку на пульсе» развития ситуации.
Но в таком случае получается, что командующий итальянским ВМФ адмирал Бергамини практически в одно и то же время получил от своих непосредственных начальников один за другим два взаимоисключающих приказа: первый — двигаться к острову Мальта и второй — следовать на остров Ла-Маддалена. Как известно, согласно военному уставу, выполняется последний из полученных приказов, хотя он и являлся явным нарушением условий перемирия.
По утверждению же польского историка З. Флисовского, адмирал Сансонетти сообщил адмиралу Бергамини о подписании договора с союзниками о прекращении войны. Далее Сансонетти якобы сказал, что в соответствии с положениями этого договора флот должен собраться в районе острова Ла-Маддалена и уже оттуда направиться на юг в Бону в Алжире. Это утверждение еще более запутывает суть происходившего на итальянском флоте.
Так куда же собирался повести корабли итальянского флота адмирал Бергамини в этот ответственный момент времени? По мнению Бенито Муссолини, который оценивал адмирала как вполне здравомыслящего человека и считал своим сподвижником, тот собирался повести флот в порт, занятый немцами. Вряд ли с этим утверждением дуче можно согласиться. Вероятно, в душе Бергамини боролись противоречивые чувства. Сомнительно, что согласие сдать флот без боя прежнему противнику было для него легким. Но он действительно обладал здравым рассудком и был вполне лоялен по отношению к новому итальянскому правительству.
По имеющимся сведениям, вечером 8 сентября на совещании со своими командирами кораблей и эскадр Бергамини сообщил своим подчиненным о принятом им решении следовать на остров Мальта, выполняя вроде бы первый полученный им приказ.
В 03.00 9 сентября основные силы итальянского флота (3 линкора, 6 крейсеров и 8 эсминцев) под командованием адмирала Бергамини вышли из Специи и направились на юг вдоль западного побережья острова Корсика. В 04.13 он передал на корабли сигнал: