В 15.42 «Рома» получил первое попадание управляемой бомбой FC1400, в результате чего на нем возник пожар. Экипаж линкора попытался бороться с распространением огня, но все попытки справиться с возникшим на борту пожаром не дали результата. В 15.45 последовало второе попадание управляемой бомбой FC1400, из-за чего произошел взрыв носового артиллерийского погреба. Это и послужило причиной гибели флагмана итальянской эскадры западнее острова Асинара, западнее пролива Бонифачио в точке с координатами 42°10′ с. ш., 8°40′ з. д. На борту линкора погибли адмирал Бергамини, 66 офицеров из 71 и 1 188 унтер-офицеров и матросов из экипажа «Ромы» в 1 872 человека. Правда, данные о численности экипажа линкора, понесенных им потерях и количестве спасшихся в разных источниках несколько расходятся. Называются следующие цифры: погибли — 1 326 человек, спасено — 622 человека (из 1 948), а также погибли — 1 227 человек, спасено — 622 человека (из 1 849).
По мнению Брагадина, к моменту немецкой воздушной атаки корабли Бергамини еще следовали западнее острова Корсика, направляясь к Ла-Маддалене, и находились в районе острова Асинар. Англичане, в свою очередь, при описании этого эпизода не уточняли курс итальянской эскадры во время атаки немецкой авиации. По имеющимся в настоящее время достоверным сведениям, итальянцы были атакованы после поворота кораблей на запад, то есть при их удалении от пролива Бонифачио. По мнению Брагадина, только после немецкой атаки командование Реджиа Марина потребовало от союзников прикрыть свои корабли с воздуха, хотя само ранее не смогло этого сделать.
После того как итальянцы поняли, что союзники не собираются организовывать прикрытие истребительной авиацией сдающихся итальянских кораблей, им оставалось делать только одно — как можно скорее следовать к острову Мальта. Похоже, что потеря итальянцами своего новейшего линкора нисколько не расстроило и не взволновало союзное командование. Ведь для него главным было то обстоятельство, чтобы итальянские боевые корабли не попали бы в руки немцев.
Каковы были истинные мотивы принятия решения адмиралом Бергамини о курсе следования кораблей его эскадры и причине его изменения, мог бы пояснить только лично он сам, а также офицеры его штаба. Но все действующие лица этой трагедии погибли на борту «Ромы»…
Эсминцы «Да Ноли» и «Вивальди» после отмены захода в Чивитавеккио за королем и его свитой попытались проскочить через пролив Бонифачио между Корсикой и Сардинией, но попали под огонь немецкой береговой артиллерии. В результате они оба были потоплены: первый — артиллерией, а второй — попал на минное поле при уклонении от артобстрела и подорвался на мине.
Бестолковщина на итальянском флоте продолжалась и далее. По пути к мирной гавани столкнулись миноносцы «Пегасо» и «Импетуозо», поврежденные во время немецкого авианалета. В результате этого итальянцам пришлось их затопить.
Отряд итальянских кораблей в составе крейсера «Аттилио Реголо», эсминцев «Фузильере» и «Карабиньере», миноносца «Орси» после спасения уцелевших с затонувших кораблей (линкора и двух эсминцев) не рискнул прорываться далее к острову Мальта. Грубо нарушив условия перемирия, эти корабли направились в ближайший нейтральный испанский порт Маон на острове Минорка (Балеарские острова). Вполне естественно, что удивленные испанцы тут же интернировали прибывшие к ним итальянские корабли-дезертиры.
Тем временем контр-адмирал Зара, ставший командующим флотом после гибели адмирала Бергамини, все-таки довел остальные итальянские корабли до Мальты утром 10 сентября. Кроме остатков эскадры Бергамини в тот же день на Мальту пришел и вышеупомянутый отряд адмирала Биангери — 2 линкора, 2 крейсера и 1 эсминец. 13 сентября туда же прибыли и линкор «Джулио Чезаре», и один авиатранспорт, вышедшие из Триеста.
Менее крупные корабли и часть итальянских подводных лодок прибыли в другие базы союзников. Всего на Мальту прибыли 5 линкоров, 8 крейсеров, 7 эсминцев, 24 миноносца, 19 корветов, 32 торпедных катера, 1 авиатранспорт, 3 тральщика, другие вспомогательные корабли, а также вроде бы 40 подводных лодок. Последняя цифра, правда, вызывает некоторые сомнения.
Под контроль союзников перешло также 101 торговое судно (183 591 брт), а 168 судов (76 298 брт) были затоплены из-за опасности их захвата немцами.
Хотя многие итальянские боевые корабли, которые не могли двигаться, были затоплены или взорваны, ряд кораблей были все-таки захвачены немцами. В их руки попали тяжелые крейсеры «Больцано» и «Гориция» (они были в ремонте), старый крейсер «Таранто», 8 эсминцев, 22 миноносца, 9 корветов, 10 подводных лодок и около 250 мелких боевых кораблей. Правда, в ряде источников приводятся и несколько иные цифры захваченных кораблей.