В средней части Балтийского моря действия подводных лодок продолжалось до двадцатых чисел января. Но вместо борьбы с судами противника лодкам пришлось противостоять штормам и льду, толстой коркой покрывавшему надстройку и орудия.
«Щ-323» 15 января в штормовую погоду и при морозе в 25 градусов настолько обледенела, что шла с постоянным креном в 10° на правый борт. Околка льда не производилась из-за большой волны, угрожавшей смыть с палубы первого же смельчака. Под тяжестью льда оборвались антенны. Якорное устройство замерзло и не действовало, горизонтальный руль вышел из строя.
В тот же день, 15 января, на позиции № 8 штормовала подводная лодка «Щ-309», а рядом с нею на позиции № 6 – «Щ-320». На обеих лодках льдом оборвало антенны, орудия и барбеты обледенели и представляли собою бесформенные глыбы льда. На «Щ-309» краснофлотцы, посланные для околки льда, дважды смывались волной за борт, и их с трудом поднимали на концах. «Щ-309» вернулась в Таллин 17 января, а через три дня лодка «Щ-320» уже не смогла пробиться в Финский залив, так как на своем пути встретила тяжелые льды. Ей было приказано идти в Лиепаю, куда лодка и прибыла 23 января.
Легкие силы продолжали блокаду Финляндии во второй половине декабря и первой половине января. Эсминцы «Грозящий», «Гордый», «Гневный», «Стерегущий» и «Сметливый», лидеры «Минск» и «Ленинград» несли дозор на линии маяков Богшер и Осмуссар. Корабли плавали в чрезвычайно суровых погодных условиях. В середине января лидер «Ленинград» вышел для несения дозорной службы в северной части Балтийского моря в районе маяка Богшер. Сила ветра достигала 9 баллов, мороз доходил до –20°С. При возвращении в базу лидер должен был преодолевать лед толщиной 30 см. Корпус «Ленинграда» оказался деформированным на длине 70 м. Отдельные вмятины корпуса достигали в высоту 2 м и ширину 6 м, а стрелка прогиба доходила до полуметра. От сильного сдавливания корпуса корабля льдами во многих местах разошлись швы наружной обшивки. Лидер был поставлен в ремонт, который закончился только 31 мая 1941 г.
С середины января выходы в море стали сильно затруднительными из-за усиления ледового покрова в Балтийском море. Поэтому 18 января начальник штаба флота приказал командиру ОЛС: «Запретить выход кораблей из Лиепаи до улучшения ледовой обстановки».
Последним кораблем ОЛС, вышедшим в море, был лидер «Минск», который 20 января был направлен на поиск исчезнувшей подводной лодки «С-2». Во время похода корабль подвергся сильному обмерзанию (с толщиной льда до полуметра). Носовые орудия и торпедные аппараты, стеллажи глубинных бомб и дымаппаратура покрывшись льдом, вообще не могли быть использованы. Механизмы, находившиеся на верхней палубе, без очистки их ото льда также работать не могли. По итогам похода командир корабля сделал вывод: «Считаю, что лидер в таких тяжелых условиях выполнять задачи кораблей своего класса не может».
После возвращения «Минска» 23 января в Лиепаю все выходы в море были прекращены – боевая деятельность ОЛС на этом завершилась.
Подводные лодки продолжали действовать только в двух районах, а именно: между островами Эланд и Готланд и в водах, примыкавших к Аландскому архипелагу. В эти районы 30 января вышли подводные лодки «С-4» и «С-5». Лодки пробыли в своих районах по нескольку дней и были отозваны в базы. Невиданное распространение льда сделало продолжение похода невозможным. Почти весь обратный путь они совершили во льдах, которые в начале февраля распространились на 80 миль к западу от Лиепаи. Лодки пробивались около двух суток самостоятельно, часто застревали и в конце концов были затерты льдами. На помощь им была выслана канонерская лодка «Красное Знамя», которая и привела их 6 февраля в Лиепаю.
От сжатия и ударов о льдины на «С-4» разошлась обшивка в носовой части с обоих бортов, легкий корпус в нескольких местах сгофрировался, а на «С-5» деформировало верхнюю палубу и продавило легкий корпус. Кроме того, льдом были повреждены балластные цистерны, погнуты шпангоуты легкого корпуса, форштевень и оба гребных винта, якорь заклинило, волнорезы были выведены из строя. Выходы подводных лодок в море были отменены.
Итак, в начале февраля 1940 г. выходы советских кораблей в море, скованное толстым льдом, окончательно прекратились. Во время «зимней» войны советские надводные корабли не имели боевых столкновений с кораблями противника. Финские береговые батареи стреляли из рук вон плохо, не добившись ни одного попадания в наши корабли. Вместо противника тяжелые повреждения нашим кораблям нанесла зимняя Балтика.
Большинство надводных кораблей и подводных лодок, участвовавших в «зимней войне», требовали ремонта, некоторые довольно длительного.
Вторым театром действий Балтийского флота во время «зимней войны» было Ладожское озеро. В зимний период ледяной покров у побережья достаточно прочен. Центральная часть озера обычно замерзает лишь в суровые зимы и на короткий период. Максимальная толщина льда бывает в марте и достигает 60 см. Зима 1939–1940 гг. была исключительно суровой.