Во внутренней жизни новый самодержец стремился навести жесткий порядок. Его законы «сделали невольными крестьян и холопов», окончательно закрепостив их. Раньше крестьянин один раз в год – в Юрьев день – мог уйти от своего владельца и часто жил этой надеждой, но Годунов отобрал ее, чем восстановил против себя всю крестьянскую стихию. Это явилось одной из социальных предпосылок гражданской войны, развернувшейся в Смутное время.
На окраинах государства Борис Годунов проводил прежнюю линию укрепления охраны границы путем строительства сильных крепостей и размещения в них крупных гарнизонов войск. Сторожевая и станичная служба по-прежнему «денно и нощно» бороздила южные степи, стараясь выявить намерения татар. Она опиралась на крупные силы регулярных войск численностью до шестидесяти пяти тысяч человек, которые постоянно держал под ружьем новый правитель.
Годунов пытался подчинить своему влиянию и донских казаков, назначая для управления ими своих представителей. Казаки с гневом отвергли это покушение на их свободу. Он грозил им «за вооруженные нападения на азовцев» жестокой карой, так как хотел сохранить мирные отношения с турецким султаном. Казакам он запретил появляться в московских владениях, а пограничным жителям – вести с ними торговлю. Москва по его приказу прекратила поставлять на Дон «жалованье» – хлеб, порох и свинец. На Северском Донце Годунов начал строить крепость Царев-Борисов, направленную против казаков. Ответом казаков было нападение на Воронеж, где они произвели разрушения, а воеводу князя Долгорукова-Шабанского убили.
Силовая политика Годунова в отношении казаков привела к тому, что они становились во враждебное к нему отношение. В ней они видели не выражение интересов Московского государства, а происки «незаконного» царя, не имевшего права на престол. Эта ненависть казаков к Годунову в полной мере проявилась в годы Смутного времени, вовлекшего в свой водоворот не только население страны, но и казачьи войска. Идея восстановления справедливости, возвращения на московский престол человека, которому он принадлежит по праву родства с угасшей династией Рюриковичей, все больше овладевала казачьими массами.
Правление Бориса Годунова было неспокойным и сопровождалось многими бедствиями. 1601 год был крайне неблагоприятным для сельского хозяйства, и страну постиг страшный голод. Следующий год тоже оказался неурожайным. Люди пухли от голода и умирали тысячами. Только в Москве, по свидетельствам современников, погибло около полутора миллионов человек. Народ воспринимал это бедствие как Божию кару за убийство царевича Дмитрия и незаконное воцарение Бориса Годунова. Уже в это время стали появляться слухи о том, что царевич спасся и жив и готовится отобрать у Бориса престол. В 1604 году с царским поручением в Астрахань по Волге направился Семен Годунов. Донские казаки захватили его и отпустили в Москву с наказом: «Объяви Борису, что мы скоро будем к нему с царевичем Димитрием». Появились первые признаки Смутного времени, которым пока еще никто не придавал серьезного значения. Между тем время шло, слухи разрастались все шире, и во второй половине 1604 года Дмитрий действительно объявился на московской земле. Началась борьба Годунова с самозванцем, которая закончилась неожиданно быстро: 13 апреля 1605 года царь умер. Народ был приведен к присяге Федору Годунову, его матери и семье, однако царствовали они недолго и скоро были убиты боярами.
Русские города сдавались самозванцу без боя. 20 июня 1605 года он въехал в Москву, а 5 июля в Архангельском соборе состоялось его венчание на царство. Народ искренне поверил в «чудо» его спасения, и на московской земле постепенно восстановился мир и порядок.
Боярство, однако, было недовольно правлением Дмитрия и составило против него заговор. Во главе его стоял Василий Шуйский. В ночь на 17 мая 1606 года заговорщики подняли мятеж, убили Дмитрия и около двух тысяч поляков. Бояре и возбужденная толпа царем провозгласили Шуйского.
Весть об убийстве Дмитрия всколыхнула широкие народные массы, вызвала в их среде горячий протест. Годами копившаяся ненависть к боярству вылилась в открытое восстание. Смута на Руси разрасталась, охватив всю страну.
Народ, выступив против бояр, надеялся улучшить свое положение. Он хотел восстановить на престоле «законного» царя, который облегчил бы их безотрадную жизнь и выражал бы интересы не только боярства, но всего народа и государства. В это время на арену борьбы вышли Иван Болотников, Истома Пашков, Шаховский и другие. Восстание было неорганизованным и закончилось полным поражением «низов». Боярство торжествовало, одержав победу над народом, вышедшим из повиновения.