Учитывая это, Борис Годунов организовал по всем южным и юго-восточным границам строительство линий укрепленных городов, занятых многочисленными гарнизонами, от которых в степь высылались сторожи и станицы. В 1550 году были основаны Ливны, Елец, Воронеж; в 1593 году крепости выдвигаются еще дальше на юг: вводятся в строй действующих Оскол, Валуйки и Белгород. В 1587 году он начинает строительство Белгородской укрепленной пограничной линии, продолжавшееся девяносто лет. Сюда направляются служилые люди: городовые казаки, дети боярские, дворяне, «верстают» их землями и обязывают нести военно-пограничную службу. Воеводам, станичным атаманам и головам предписывается во всех случаях хозяйственной деятельности соблюдать меры безопасности против татарских набегов. От них требовалось, чтобы «служилые люди на сенокос ездили с пищалями и со всяким ружьем, и около сенокосу огорожей и людей с ружьем держали и были бы на сенокосе надвое: половина из них косили, а другая половина стояли для береження от татар с ружьем наготове, чтобы на них татары безвестно не пришли и не побили».
Годунов укрепил границу и на юго-востоке. По течению Волги строятся крепости: Уржум, Царево-Кокшайск, Царево-Сунгурск; они предназначались для отражения набегов черемисов. В нижнем течении реки основываются города Саратов, Переволока, Царицын. Вдоль Волги, по ее берегам, им организуется сторожевая и станичная служба. К ней, помимо городовых казаков, детей боярских и стрельцов, Борис привлекает и вольных казаков: волжских и яицких. Их дозоры прикрывают волжские берега от Нижнего Новгорода до Астрахани, оберегая границы московских владений от набегов ногайцев. За свою службу волжские и яицкие казаки получают от царя жалованье, однако они, в отличие от городских казаков, присягу на верность ему не принимают.
Разъезды служилых казаков от укрепленных городов все дальше проникают на юг, достигая территории вольных донских казаков. Один из «голов», ведающих пограничной службой, по приказу Годунова стоял непосредственно на Дону, в Вежах, выше Медведицы и Хопра. Он контролировал участок границы от Айдара до устья Балыклеи. Мещерские казаки обязывались «ездити вниз по Дону к Клесткам до Переволоки волжинской и ниже, где ходят ногайские люди в Крым и из Крыма в Ногай». Все дальше в степь уходят и рязанские станицы. При необходимости они высылались вниз по Дону до Кумшацка и до Раздоров Донецких.
Прибывая к вольным казакам, порубежники обменивались с ними своими наблюдениями о передвижениях татар и получали от них данные разведки. Это взаимодействие помогало казакам успешнее отражать набеги татар.
В 1591 году крымский хан Касим-Гирей собрал огромное войско в сто пятьдесят тысяч человек и стремительно ворвался в пределы московских владений. Его движение пограничники обнаружили, но заблаговременно собрать полки воеводы не успели. Борис Годунов лично готовил войска к сражению с татарами, а Москва готовилась к осаде. Из Донского монастыря была вынесена икона Донской Божией Матери, воодушевлявшая воинов на битву еще на Куликовом поле, а теперь призванная помочь жителям отстоять свой город. Когда Касим-Гирей появился под стенами Москвы, напряжение достигло предела, но случилось непредвиденное: басурманы в панике побежали. Как оказалось, донские казаки напали на второй эшелон татар, предназначенный для приема пленных и добычи, и разгромили его, освободив семь тысяч пленных и захватив пятнадцать тысяч коней. Хан Касим-Гирей вынужден был снять осаду Москвы и спешно уходить к Перекопу, чтобы защищать свои земли от казаков. Москва без жертв с ее стороны спаслась от разграбления и разрушения.
В середине царствования Федора Иоанновича случилось событие, оказавшее тяжелое воздействие на сознание народа и положившее начало истории Московского государства. 15 мая 1591 года в Угличе был зарезан царевич Дмитрий. Царь Федор не имел детей, и поэтому со смертью Дмитрия прекращалась прямая мужская ветвь династии Рюриковичей. Для русского народа, привыкшего, несмотря на все зигзаги истории, к правлению «законных», Божьим промыслом данных князей, это была тяжелая психологическая драма, наложившая свой отпечаток на все последующие события. Несмотря на все старания Бориса Годунова показать смерть царевича как «случайное самоубийство», народная молва упрямо не верила, обвиняла его в содеянном злодеянии и никогда не смогла простить.
В начале января 1598 года умер царь Федор Иоаннович. Народ присягнул царице Ирине, сестре Годунова, но она вскоре заявила о своем желании удалиться в монастырь. Никакие уговоры не помогли, и Земский собор, созванный для решения вопроса о престолонаследии, избрал на царство Бориса Годунова. Вожделенная мечта нового царя осуществилась, но она не принесла ему ни радости, ни счастья.