Как и его отец, царь Михаил, Алексей Михайлович был очень осторожен, и это его качество особенно проявилось в защите русских границ от татарских набегов. При Михаиле Романове Москва упорно держалась за укрепления Засечной Черты. В 1638 году на ней были проведены крупные восстановительные работы под жестким контролем Разрядного Приказа. Новый царь также решил держать «этот русский забор» в исправности и готовности к боевым действиям. Здесь в 1659–1660 и в 1676–1679 годах. были проведены крупные реставрационные работы, которые значительно увеличили ее возможности в борьбе с кочевниками. По-прежнему запрещалась в этом краю рубка леса, и с нарушителей закона удерживались крупные штрафы. Только за пятнадцать лет (1671–1686) они составили 57 520 рублей. Положение на Засечной Черте изменилось много позднее, при Петре I. Великий Реформатор разрешил рубить леса в этом некогда «заповедном краю» на казенные нужды. (Сама же засечная стража была упразднена лишь при Екатерине II.) И теперь только сохранившиеся названия былых засек – Тульская, Щегловская, Липецкая, Корницкая – напоминают о «великой московской изгороди», защищавшей некогда центральную Русь от набегов алчных и опасных соседей.
При Алексее Михайловиче Засечная Черта уже не играла той роли, как сто лет назад. После крушения Казанского и Астраханского ханств русский народ устремился в широкие черноземные степи южной целины, распахивая и обустраивая их с крестьянской основательностью, ежечасно рискуя оказаться в полоне промышлявших здесь кочевников. Надо было защищать их, но московские власти, страшась былых татаро-монгольских нашествий, по-прежнему оборону страны строили по линии Рязань – Тула, мало заботясь о своих освоителях окраинных земель.
Сторожевая пограничная служба, растянутая по фронту и в глубину, с трудом обеспечивала разведку противника и сдерживала его натиск. Оборона центра становилась рыхлой, оторванной от авангарда и нуждалась в серьезной реконструкции. Ее законсервированное построение явно отставало от условий жизни, и Алексей Михайлович, не отказываясь от нее совсем, дал указание перенести основные усилия южнее, на линию города Белгорода. К концу его царствования здесь возникла новая укрепленная линия, которая изменила всю систему охраны и обороны южных границ. Теперь дозоры порубежников далеко углублялись в степные просторы, добывая для Разрядного Приказа сведения о противнике. Его набеги все чаще разбивались о бдительность пограничников, и «тишайший» царь был доволен их службой. Безраздельному господству азиатских кочевников в южнорусских степях приходил конец.
На долю Алексея Михайловича выпало очень непростое время царствования, когда Россия патриархальная, словно пробуждаясь от долгой спячки, начала осторожно, оглядываясь и озираясь, «прощупывать» окружающий мир, с удивлением обнаруживая, что кроме воинственных кочевников за пределами ее границ существуют и иные страны, более развитые в хозяйственном и культурном отношениях. Она осторожно проникала в этот мир, познавала его законы, училась извлекать выводы из сотрудничества с ним и защищать свои интересы. В пограничной политике это означало поворот от военно-оборонительных задач к экономическим, к умению выгодно торговать и хорошо охранять границы от проникновения контрабанды. Алексей Михайлович был одним из тех передовых людей своего времени, кто явственно ощутил эту новую струю, идущую с «латинского» Запада. Его преобразования коснулись в первую очередь таможенного дела. Здесь он рассчитывал получить дополнительные деньги, чтобы содержать армию и охранять государственные границы.
В 1653 году им был утвержден Торговый устав. Многочисленные российские торговые пошлины были заменены единой рублевой пошлиной в размере пяти процентов с рубля цены товара. Конкуренция англичан была уничтожена еще раньше: в 1649 году Алексей Михайлович, воспользовавшись тем, что англичане «всею землею своего короля Карлуса убили», приказал лишить их права беспошлинной торговли. Эту привилегию англичанам предоставил Иван Грозный, и они очень умело пользовались ею: через своих агентов, разъезжавших по всей стране, выгодно скупали все сырьевые продукты и отправляли их за границу.