На основе правительственного постановления и приказа НКВД № 81 от 26 июня 1941 года произошла в последующем перестройка всей организационной структуры войск. Для руководства деятельностью вновь созданных войск по охране тыла действующей армии были созданы новые управления. Это была существенная реорганизация, включавшая в себя структурные изменения войск, отработку новых форм служебной и иной деятельности. Началом перестройки явилось назначение руководства вновь созданных органов. Начальниками войск и начальниками отделов политпропаганды охраны тыла фронтов были назначены: Северного фронта — начальник погранвойск НКВД Ленинградского округа генерал-лейтенант Г. А. Степанов, начальник отдела политпропаганды этого округа бригадный комиссар С. И. Гусаров; Северо-Западного фронта — начальник погранвойск НКВД Прибалтийского округа генерал-майор К. И. Ракутин, начальник отдела политпропаганды этого же округа бригадный комиссар Н. Н. Потехин; Западного фронта — начальник погранвойск НКВД СССР генерал-лейтенант Г. Г. Соколов, помощник начальника УПП по комсомолу старший батальонный комиссар В. Ф. Шевченко; Юго-Западного фронта — начальник погранвойск НКВД Украинского округа генерал-майор В. А. Хоменко, начальник отдела политпропаганды этого же округа полковой комиссар М. И. Тельный; Южного фронта — начальник погранвойск НКВД Молдавского округа генерал-майор Н. П. Никольский, начальник отдела политпропаганды этого же округа бригадный комиссар А. А. Клюев. Начальником охраны войскового тыла Особой группы войск Красной Армии, действовавшей в Крыму, был назначен заместитель начальника войск НКВД по охране особо важных сооружений и особо важных предприятий промышленности генерал-майор И. С. Любый, зам. по политчасти полковой комиссар Б. А. Родионов[106]
. Вслед за назначением руководства управлений войск охраны тылов фронтов приказом НКВД № 001155 от 26.08.41 года[107] были уточнены в связи с происшедшими изменениями штаты центрального аппарата и утверждено руководство ГУПВ и Политуправления войск НКВД. Начальником Второго управления (он же зам. начальника Главного управления) был назначен генерал-майор Н. И. Яценко. В связи с убытием на фронт генерал-лейтенанта Соколова Г. Г., являвшегося начальником ГУПВ, генерал Яценко выполнял обязанности начальника ГУПВ НКВД СССР. Начальником Оперативного отдела (он же зам. начальника Первого управления) утверждается генерал-майор Г. А. Петров. Начальником отдела оргкомплектования стал комбриг М. Н. Шинкарев. Начальником отдела связи выдвигается полковник П. Ф. Угловский. Начальником отдела по учету (он же замначальника войск по кадрам) становится генерал-майор Д. И. Бадейнов. Начальником санитарного отдела был бригадный врач П. И. Малиновский, а начальником ветеринарного отдела — дивветврач В. Ф. Капустин. Начальником отдела службы тыла утверждается полковник Я. Г. Брагин.Начальником Политуправления войск НКВД назначается дивизионный комиссар П. Н. Мироненко, его заместителями — бригадные комиссары Я. Е. Масловский и П. М. Простолупов. Начальником оргинструкторского отдела утверждается полковой комиссар М. А. Эйсмонт, а начальником 2-го отдела — бригадный комиссар Е. И. Борисоглебский. Начальником отдела кадров остается бригадный комиссар А. И. Корнышев, начальником 5-го отдела — бригадный комиссар Н. А. Егоров. Ответственным редактором журнала «Пограничник» утверждается бригадный комиссар С. М. Пресман. Помощником начальника Политуправления по комсомолу становится старший политрук В. П. Болдырев, а секретарем партийной комиссии — полковой комиссар А. А. Иконников.
В указанной структуре, как видно, нет штаба, который бы руководил общей организацией деятельности ГУПВ. Думается, такое организационное построение, не свойственное войсковой структуре, нельзя считать правильным. К особенностям надо отнести и то, что ГУПВ выполнял в этот период главным образом функции управления оперативными войсками, а также то, что начальника Главного управления погранвойск не было. На эту должность только в декабре 1941 года был назначен с должности начальника войск Приморского пограничного округа генерал-майор Н. П. Стаханов.