Приключение версий Black и White начинается в Нувеме, деревушке к юго-востоку от Юновы. Трое неразлучных друзей – Бьянка, Черен и герой (Гилберт или Хильда в зависимости от выбранного игроком пола) – получают в подарок от профессора Джунипер три покебола с разными покемонами. Троица решает отправиться за приключениями и пересечь Юнову, чтобы сразиться с лидерами спортзалов и бросить вызов Лиге. Ребята откроют для себя новые виды матчей покемонов, такие как тройные бои (в основном в версии White) и ротационные бои (в основном в Black), где с противниками по очереди сталкиваются три монстра. Черен больше всего на свете мечтает поймать самого могущественного покемона, а Бьянка понимает во время путешествия, что стать тренером покемонов – не ее судьба, так что помериться силами с Чемпионом Лиги Юновы удастся только герою. По пути трое друзей также открывают для себя другие развлечения, помимо битв покемонов, например известный концертный зал Нимбасы, где карманные монстры радуют публику, наряжаясь и танцуя.
По Юнове колесит странная группа – Команда Плазма, пытающаяся убедить тренеров расстаться со своими покемонами. Члены организации произносят речи о мире и дружбе, убеждая всех в жестокости сражений покемонов и осуждая рабство, которому тренеры повергают своих существ. Их цель – освободить покемонов и позволить им жить в дикой природе, не меняя их среды обитания и не нарушая их привычек. Пусть на первый взгляд эти мотивы и кажутся похвальными, их методы далеко не этичны. К примеру, приспешники Команды Плазма пытаются поймать Мунну, чтобы управлять спящими жителями Стриатон-Сити благодаря его сонной мгле. И это не считая агрессию и воровство покемонов, от которого пострадала Бьянка. Герой быстро понимает, что организация скрывает свои истинные намерения: как оказывается, она надеется найти легендарного покемона-дракона, о чем говорит кража ископаемого черепа из музея Накрена. В башне Драконьей спирали лидер Команды Плазма Эн наконец находит сокровенного покемона: Зекрома в версии White и Реширама в Black. Этот таинственный тренер, считающийся «королем» Команды Плазма, намеревается отделить мир людей от мира покемонов с помощью силы легендарного дракона. Однако настоящий секрет Команды Плазма раскрывается лишь после победы над Лигой покемонов и открытия огромного замка Эна: он был просто пешкой, которой манипулировал один из семи мудрецов организации Гетсис. Гетсису было мало кражи отпущенных тренерами покемонов и обращения их в рабство: на самом деле он желал избавиться от возможных средств сопротивления, чтобы взять под контроль Юнову. После победы героя ему удается сбежать, но других Мудрецов арестовывают, а Команда Плазма пытается покаяться в содеянном.
Два года спустя начинается новое приключение героя Нейта или героини Эхо, жителей города Аспертия на юго-западе Юновы. Бьянка, которая за это время стала помощницей профессора Джунипер, доверяет игровому персонажу его первого покемона. Друг детства героя Хью тоже решает отправиться в путешествие по Юнове и задать трепку ворам из Команды Плазма, которые стащили Пуррлойна у его младшей сестры. Да, на самом деле организация не исчезла: через два года после поражения Гетсиса одна часть команды посвятила себя добрым делам, следуя идеологии Эна, а другая продолжала творить злодеяния. За два года в Юнове многое изменилось, и в высокой траве даже появились новые покемоны. Вдобавок, некоторые лидеры спортзалов решили сменить род деятельности: три брата Кресс, Сайлан и Чили отдали предпочтение тренировкам, Ленора отказалась от прошлой карьеры в пользу археологических исследований в музее Накрина, а Брайсен полностью посвятил себя актерской игре на студии Покестар.
Как кажется поначалу, во главе Команды Плазма встал новый персонаж – ученый Колресс, исследующий силу покемонов. Один из древних мудрецов Зинзалин также командует отрядом и в частности нападает на Опелюсид-Сити с помощью Плазменного фрегата. Этот огромный летающий корабль использует силу легендарного покемона Кюрема, чтобы заморозить город. При столкновении с Командой Плазма герой раскрывает секрет: на самом деле за ниточки вновь дергает Гетсис, еще сильнее жаждущий власти и мести. Вскоре возвращается Эн, чтобы попытаться урезонить своего бывшего покровителя, ослепленного манией величия. Однако Гетсис не дает себя задобрить и использует ДНК-пресс – мощный артефакт, украденный у лидера спортзала по имени Дрейден. Этот древний объект активирует скрытые силы Кюрема и вызывает так называемое «слияние» Кюрема с Реширамом или Зекромом. Так, вобрав в себя того или иного легендарного дракона Эна в зависимости от версии, Кюрем принимает гораздо более могучую новую форму Белого или Черного Кюрема, и, чтобы спасти покемона Эна, герой должен с ним сразиться. После поражения Гетсиса новая Команда Плазма окончательно распадается, и герой может продолжить свой путь в Лигу покемонов и стать новым Чемпионом Юновы.
Вселенная