В Канто и Джото свирепствовала Команда R, а Хоэнн является полем битвы двух соперничающих организаций: Команды Аква, которая властвует в Pokémon Sapphire, и Команды Магма, стоящей у руля в Pokémon Ruby. Обе намереваются разбудить древнего покемона, чтобы повысить свое влияние. Команда Аква планирует повысить уровень океана с помощью Кайогра, а Команда Магма – расширить земли с помощью Граудона. Первое столкновение с этими организациями происходит относительно рано, в Слейтпорт-Сити, где они захватывают океанографический музей, и позже в метеорологическом центре, где они пытаются украсть Кастформа – покемона, способного изменять форму в зависимости от погоды. На Дымоходной горе, вулкане Хоэнна, их темные замыслы наконец раскрываются: Команда Аква намеревается потушить вулкан, а Команда Магма – пробудить его. После поражения покемафия возвращается в свое секретное логово – пещеру недалеко от Лиликов-Сити.
Там обе команды разрабатывают новый план. Сначала они крадут подводную лодку с верфи Слейтпорт-Сити, а затем отправляются в Донную пещеру, чтобы разбудить Кайогра или Граудона. Увы, поднявшийся с левой ноги легендарный покемон впадает в неудержимую ярость и резко меняет погоду, подвергнув опасности весь архипелаг. Конечно же, разгребать последствия, как обычно, должен игрок. Чуть только древний покемон успокаивается или оказывается заперт в покеболе, мир возвращается на круги своя, и соперничающие команды осознают свои ошибки. Все хорошо, что хорошо кончается; но вскоре мы обнаруживаем, что идею использовать этих древних покемонов подала командам молодая представительница древнего племени Зинния, которая манипулировала ими, чтобы призвать Рэйквазу и уничтожить угрожающий Земле метеорит. Это объясняется в эпизоде Delta – новом сюжете, придуманном для версий Alpha Sapphire и Omega Ruby.
Вселенная
Регионы Канто и Джото находятся по соседству. Третье поколение же переносит нас на вулканический архипелаг Хоэнн. Этот более южный регион может похвастаться пышной растительностью и тропическим климатом. Игрок открывает для себя новые локации: пустыню, джунгли и даже морское дно. Природа играет в Хоэнне важную роль, и к ней приспособилось большинство городов: это Фортри-Сити, где жители живут в больших хижинах на верхушках деревьев, Лаваридж с его горячими источниками на склоне вулкана, плавучая деревня Пасифидлог и Сутополис-Сити, построенный в затопленном кратере. Связь с природой отражается и в названиях различных местностей, напоминающих цветы и растения (Олдэйл, Петалбург-Сити, Мовилл-Сити, Лиликов или Вердантурф).
Форма главного острова вдохновлена островом Кюсю на юго-западе Японского архипелага, где жили бабушка и дедушка Дзюнъити Масуды, арт-директора серии Pokémon. Более того, Хоэнн породили именно его детские воспоминания о роскошной природе, контрастировавшей с его жизнью в Токио. Игрок может устанавливать по всему архипелагу секретные базы на деревьях или на дне пещер – они вдохновлены хижинами, которые Масуда строил в соседних лесах. Есть и другие параллели между реальным регионом и локацией в видеоигре: на гористом Кюсю находится самый большой активный вулкан в Японии, гора Асо, а также космический центр, аналог которого можно найти в Хоэнне в городе Мосдип. Согласно мифам Хоэнна, архипелаг родился в результате древних баталий между легендарными покемонами Граудоном, формирующим континенты, и Кайогром, поднимающим уровень океанов. Невероятно мощные существа бились без конца и даже угрожали равновесию мира. Именно тогда на Землю спустился легендарный небесный покемон Рэйкваза, чтобы положить конец конфликту. Кайогр и Граудон мирно уснули и много веков скрывались от глаз в глубине пещер, пока их не разбудили Команда Аква и Команда Магма. Об этих событиях мы узнали в версиях Ruby и Sapphire. В ремейках Alpha Sapphire и Omega Ruby обнаруживается, что ход времени изменил нынешние формы Кайогра и Граудона, и они потеряли прежнюю мощь. Вернуть их истинную разрушительную природу может лишь сила особых камней, которая превратит их в первобытного Кайогра и первобытного Граудона.
Маувиль-Сити – центральный город главного острова региона Хоэнн. Его географическое положение стратегически важно: он находится на пересечении маршрутов 110, 111, 117 и 118. В Ruby и Sapphire там можно найти арену под руководством Ватсона, специализирующуюся на покемонах электрического типа, а также казино и магазин велосипедов. В этих версиях Ватсон рассказывает про амбициозные планы по реконструкции и развитию города, от которых ему пришлось отказаться. Однако время все поставило на свои места: в ремейках Alpha Sapphire и Omega Ruby Маувиль полностью преобразился и стал самым важным и современным городом в Хоэнне.