В Ruby и Sapphire по тропам гуляет и избегает битв не троица покемонов, как в Gold и Silver, а пара, которую фанаты часто называют «дуэтом Эона». Эти легендарные драконьи и психические покемоны напоминают гибриды птицы и самолета. Синий – самец по имени Латиос, а красный – самка Латиас. Хотя это первые легендарные покемоны с утвержденным полом, они не способны к размножению. Поэтому в игре их пол влияет лишь на использование некоторых техник, таких как «Привлечение». Эти покемоны обладают удивительной способностью летать, не взмахивая крыльями, что объясняет их талант «Левитация». Латиосу лучше дается атака, а Латиас больше полагается на защиту. Также они единственные могут пользоваться редким предметом «Росинка души», которая вдвое увеличивает специальную атаку и специальную защиту при экипировке. С ней Латиос становится покемоном с лучшей специальной атакой, превзойдя даже мегаэволюцию Мьюту и Рэйквазы. Эти покемоны появляются в разных версиях: Латиос путешествует по Хоэнну в Ruby, а Латиас появляется в Sapphire. Чтобы получить обоих, нужно разблокировать Южный остров с помощью билета Эона, полученного на мероприятии Nintendo.
В ремейках Omega Ruby и Alpha Sapphire прохождение Южного острова перестает быть опциональным и становится частью основного сюжета. Латиос или Латиас переносит туда игрока на раннем этапе игры, так как острову, в зависимости от версии, угрожает Команда Аква или Магма. После поимки второго дракона на острове игрок получает мегакамень для его мегаэволюции. Мега Латиос и Мега Латиас не просто похожи на частные самолеты, но и весьма практичны: с помощью флейты Эона игрок может призывать этих покемонов и путешествовать по Хоэнну на их спине в лучших традициях старых RPG. После мегаэволюции Латиос и Латиас приобретают один и тот же цвет: нежно-фиолетовую смесь синего и красного оттенков их первоначальных форм. Пусть их мегаэволюции и кажутся идентичными, у Мега Латиоса глаза красные, а у Мега Латиас – желтые.
Честь украсить обложки нового поколения выпала двум легендарным покемонам – Кайогру в версии Sapphire и Граудону в версии Ruby. Ремейки для 3DS развили их уже рассказанную прежде историю: первобытные формы Граудона и Кайогра схлестнулись в яростной битве, выводя природу из равновесия своей энергией. Красный, как рубин, Граудон – необычная помесь Годзиллы, бульдозера и континентального покемона земляного типа, наделенный силой расширять землю. Синий, как сапфир, и напоминающий кита Кайогр – океанический покемон водного типа, способный повышать уровень океанов. Казалось, что в этой жестокой борьбе не будет победителя, но Рэйкваза, небесный покемон драконьего и летающего типов, вмешался и положил конец конфликту. В результате древней войны между этими легендарными покемонами и родился архипелаг Хоэнн, символ единства суши и морей. В версиях Alpha Sapphire и Omega Ruby эти события изображены на фреске в Гранитной пещере, где герой впервые встречается со Стивеном Стоуном. Помимо множества доступных Кайогру и Граудону атак, об этом противостоянии напоминают их таланты – своими схватками они меняют погоду. Кайогр вызывает дождь с помощью «Измороси», а Граудон активирует солнце «Засухой». Команды Аква и Магма пробуждают их и тщетно пытаются обуздать их силы. Увы, эти древние покемоны, озлобленные и не поддающиеся приручению, несут лишь разрушение. В отличие от версий Gold и Silver, где можно было найти и Хо-оха и Лугию, Кайогр не появляется в версии Ruby, а Граудон – в Sapphire, но они все же появились вместе в дополнении Emerald.