Ремейки Alpha Sapphire и Omega Ruby ввели концепцию первобытных форм. Их принцип близок к мегаэволюции, но преображение начинается автоматически в начале боя. Если дать Кайогру синюю сферу, а Граудону – красную, они превратятся в первобытных Кайогра и Граудона. Эти покемоны огромны, могущественны и сияют изнутри золотым светом в знак наполняющей их природной древней энергии. К слову, первобытный Граудон приобретает огненный тип, что усиливает некоторые его атаки, такие как «Извержение». Он весит почти тонну и является самым тяжелым из существующих ныне покемонов. Их новые таланты, по сути, являются улучшениями обычных. Первобытный Кайогр наделен способностью «Первобытное море», которая будет обеспечивать постоянный проливной дождь, пока покемона не отзовут или нокаутируют. Этот ливень даже обнуляет атаки огненного типа, хотя они и так не помогли бы делу, учитывая, что первобытный Кайогр относится к водному типу. Талант первобытного Граудона «Выжженая земля» для него даже более выигрышен: усиливая жар солнца, он может испарять водные атаки, перед которыми этот колосс земляного и огненного типов вдвойне уязвим. Поэтому, по сути, у первобытного Граудона есть только одна слабость: земляной тип. Будучи воплощением первого моря, колыбели творения и зарождения жизни, первобытный Кайогр носит на своих плавниках символ альфы, первой буквы греческого алфавита. А первобытный Граудон, чьи сокрушительные атаки вроде «Землетрясения» и «Извержения» взывают к хаосу и концу света, помечен символом последней буквы того же алфавита – омеги.
По всей видимости, значимые для древнего конфликта между Кайогром и Граудоном мифы о Рэйквазе вызвали гораздо меньший резонанс в Хоэнне. Этот изумрудно-зеленый покемон драконьего и летающего типов похож на смесь свирепого дракона и змеи и, как предполагается, живет в озоновом слое, питаясь метеоритами. Его талант «Воздушный блок» позволяет ему отключить все погодные модификации на поле боя и, следовательно, нейтрализовать способности Граудона и Кайогра. Поэтому Рэйквазу можно считать лидером этих двух покемонов. Вместе они образуют трио, напоминающее чудовищ из древнееврейских мифов: Зиза (грифона-повелителя небес), Бегемота (огромного зверя, который принимает форму слона, буйвола, бегемота и крокодила) и Левиафана (морского существа, обычно изображаемого в виде кита или змеи). В версиях Ruby и Sapphire Рэйкваза живет на вершине Небесного столба – руин огромной заброшенной башни у побережья Пасифидлог-Тауна. Его можно поймать только после победы над Лигой – оно и к лучшему, учитывая, что при встрече у него будет 70-й уровень. Позднее Рэйкваза украсил обложку игры Pokémon Emerald, где сыграл более значимую роль. В рамках основного квеста игрок должен отправиться к Небесному столбу с Уоллесом, чемпионом арены Сутополис-Сити в Ruby и Sapphire и Мастером Лиги в Emerald. Они намереваются найти Рэйквазу и положить конец вражде между Граудоном и Кайогром.
В ремейках Alpha Sapphire и Omega Ruby этот легендарный покемон приобретает особую важность с добавлением новой сюжетной арки, эпизода Delta. После разгрома Лиги игрок отправляется по следам Зинии, потомка племени Метеоров: она просочилась в ряды команд, чтобы убедить их разбудить Граудона и Кайогра и вернуть Рэйквазу. Увы, ей пришлось изменить свои планы, когда игроку успешно удалось успокоить древнего покемона. Прибыв вместе к Небесному столбу, Зинния с героем встречают обновленного Мега Рэйквазу. Этот покемон – единственный, кто может мегаэволюционировать без мегакамня благодаря одному из своих внутренних органов, как нам расскажет ученый из корпорации Девон. Предполагается, что эта сверхмощная эволюция позволяет ему каждый раз разнимать Граудона и Кайогра. Если судить по показателям, Мега Рэйкваза является самым сильным покемоном наряду с двумя мегаэволюциями Мьюту. Также у него появляется новый, невероятно полезный талант «Дельта-поток», который предотвращает изменения погоды и защищает покемонов летающего типа, включая его самого, от самых губительных для них атак.