Зимой 1697/1698 г. он с двумя помощниками обследовал бассейн Тобола. Ему удалось нанести на чертеж весь Тобол от устья до вершины (более 1500 км), заснять его крупные притоки (длиною от 600 до 1000 км) Туру, Тавду, Исеть и ряд впадающих в них рек, включая Миасс и Пыжму. Нанес он на чертеж и обследованные им ранее р. Иртыш от места впадения в Обь до устья р. Тары (около 1000 км) и три его притока, в том числе р. Ишим почти до истоков (длина 2450 км) (40, с.82).
К 3марта 1697 г. С. У. Ремезов завершил составление на холсте 3 2 аршина «Чертежа земли всей безводной и малопроходной каменной степи» и выслал его в Москву в Сибирский приказ. А 18 сентября того же года был отправлен туда же чертеж Тобольского уезда, составленный им согласно постановлению Боярской думы.
Этот год был удачным для семьи Ремезовых. Сибирский приказ решил заменить в Тобольске деревянное строительство казенных зданий каменным, и С. У. Ремезов возглавил всю сметную работу и подготовку производства по изготовлению кирпичей. А 11 октября Леонтий Семенович Ремезов, который уже не один год помогал отцу в чертежных делах, был поверстан в сыны боярские, и ему установили «новичное» жалование. Семен Ульянович привлекал к чертежным работам также Семена-младшего (поверстанного в дети боярские в 1699 г.), а позднее и Ивана (в детях боярских с 1702 г.).
Первая и особенно вторая работы Ремезова произвели в Сибирском приказе хорошее впечатление. Как отметил сам Ремезов в «Чертежной книге Сибири», «по описке явился похвален паче иных протчих в полности мастерства чертежей» (49, с.7), о чем в Тобольск была прислана специальная грамота.
После этого Ремезов с детьми был вызван в Сибирский приказ, и там ему было поручено обобщить сведения со всех чертежей районов Сибири и составить общий чертеж всей Сибири размером 6 4 аршина. Как писал сам Ремезов, «И по вышеписанному приказу, вышеписанные чертежи Семен Ремезов, бывши на Москве с сыном Сенькою, снявши преводы (копии. — М.Ц.) с парчей со всех городовых чертежей 18, привезенных к Москве, и на вышеписанных полотнищах все вышеписанные сибирские городовые чертежи в меру убравши, по компасу, церкилным розмером, по приказу все вышеписанные урочища и ход всех сибирских городов и до Москвы путь вместил подобне сему образцу, бумажному чертежу, и написавши наготово, ноября 8 число 207 (1698. — М.Ц.) году подал в сибирском приказе (его главе. — М.Ц.) думному дьяку Андрею Андреевичу Виниюсу, и за работу милостию великого государя пожалован выходом и пять рублев денег» (49, с.9, 10).
Вероятно, С. У. Ремезов с сыновьями во время этого пребывания в Москве изготовили еще один или два общих чертежа Сибири. Так его чертеж на белой хлопчатобумажной ткани («китайке») сохранился и до начала XX в. висел в Екатерингофском дворце, а затем хранился в архиве Географического общества СССР и экспонировался в Государственном Эрмитаже. Сохранилась легенда о том, что Петр I, ради шутки, по этому чертежу проводил экзамены по географии (47, с.47).
В 1698 г. одновременно с изготовлением копий и общих чертежей С. У. Ремезов прошел обучение в Оружейной палате по каменному строению. Там ему даже была вручена «строения печатная книга фряжская в пример». А в Сибирском приказе он прошел практическое обучение в том, «как сваи бить и глину разминать, и на гору известь и камень, воду и иные припасы втаскивать» (47, с.49).
Грамотой 4 декабря 1698 г. С. У. Ремезов назначался руководителем всех архитектурно-строительных работ в Тобольске, и ему предписывалось «быть у всего каменного городового строения и всякие припасы ведать» (47, с.51).
В 1699 г. в Тобольске С. У. Ремезов начал работу над самым известным своим атласом «Чертежной книгой Сибири». В предисловии к атласу — «Писании до ласкового читателя» он отметил, что по распоряжению руководителя Сибирского приказа А.А. Виниуса «зачал работати сию книгу с 207 (1699. — М.Ц.) генваря с 30 со всяким прилежанием с детми» (49, с.3), а закончил 1 января 1701 г.
Сама «Чертежная книга Сибири» имела на титульном листе следующую надпись: «