Материалы «Сёку нихонги» использовались и цитировались средневековыми авторами. Однако обычно ссылка идет не непосредственно на «Сёку нихонги», а на «официальные национальные истории» (
Правительство сёгуната Токугава уделяло большое внимание копированию, сохранению и изданию старых рукописей. Большую роль в этом деле играл сам Токугава Иэясу (1542–1616). В 1612 г. ему была доставлена рукопись «Сёку нихонги», которая ранее находилась в знаменитом книгохранилище Канадзава Бумпо:. В этой рукописи отсутствовали первые 10 свитков. По распоряжению Иэясу эти недостающие 10 свитков были переписаны с другой рукописи и добавлены в этот список, который до сих пор считается одним из основных при любых современных изданиях «Сёку нихонги». После смерти Иэясу рукопись оказалась в княжестве Овари, где по инициативе Токугава в 1646 г. был составлен классифицированный по отдельным темам текст всех древних официальных хроник («Руйдзю: нихонги»). Поскольку в княжестве Мито был предпринят грандиозный проект по созданию «Истории великой Японии», требовалась огромная работа по приведению в порядок подготовительных материалов и источников. Известно, что Токугава Мицукуни (1628–1700), глава княжества Мито, сам проводил сверку текста «Сёку нихонги».
В период Токугава, когда политическая система древней Японии становится предметом научного изучения, «Сёку нихонги» попадает в поле зрения таких знаменитых ученых конфуцианского направления, как Огю: Со:рай (1666–1728) и Ито: То:гай (1670–1736). Ученые «национальной школы» (
В последующее время были предприняты значительные усилия по изучению «Сёку нихонги». Текст был издан ксилографическим способом, появлялись исследования и комментарии. После «обновления Мэйдзи» правительство, озабоченное конструированием национальной идеологии, придавало огромное внимание древним штудиям. Созданное при правительстве Историографическое управление (Сю:сикёку) активно занималось сбором и упорядочиванием источников. В 1887 г. при токийском Императорском университете было учреждено историческое отделение (
В отличие от «Кодзики» и «Нихон секи», которые считались столпами «национального духа», хроника «Сёку нихонги» счастливо избежала чрезмерной идеологизации — содержащийся в ней разнообразный, разнохарактерный и разноречивый материал давал для этого гораздо меньше оснований.
Особо значимым рубежом в исследованиях «Сёку нихонги» было издание критического текста хроники в серии «Кокуси тайкэй» («Большая серия национальной истории»), основанной экономистом, публицистом и политиком Тагути Укити, 1855–1906 (помимо «Кокуси тайкэй», он издавал также серию литературных и исторических памятников «Гунсё руйдзю:»). В 1895 г. в «Кокуси тайкэй» была издана и «Сёку нихонги». Сотрудничавший с Укити историк Куроита Кацуми (1874–1942) предпринял 66-томное обновленное и расширенное издание серии «Кокуси тайкэй» («Синтэй дзо:хо: кокуси тайкэй»). В этой серии в 1935 году появилось новое издание «Сёку нихонги», которое считалось образцовым на протяжении более полувека.