В Японии есть особенность: каждые десять лет проводится референдум по всем членам Верховного суда, избиратели подтверждают их полномочия или высказываются против дальнейшей их деятельности. Референдум проводится по каждому члену персонально. Судьи Верховного суда народу известны, а если неизвестны, то человек голосует но общему своему отношению к суду, это оказалось самым эффективным способом контроля за Верховным судом. Верховный суд осуществляет свою работу в полном составе (кворум 9 членов) под председательством Главного судьи или в составе отделений (имеется 3 члена). Решения суда и особые мнения отдельных судей публикуются. Эта практика основана на англо-саксонской системе нрава, но не соблюдается нижестоящими судами. Верховный суд является судом последней инстанции. Верховный суд вправе решать вопрос о конституционности любого закона, указа, постановления или административного постановления. Такое решение может быть принято, если за него проголосовало не менее 8 членов. В случае признания закона неконституционным, копия решения посылается в парламент и в кабинет. Иск об антиконституционности закона должен быть подан в суд первой инстанции. Эго означает, что любой подданный Японии (юридическое или физическое лицо) могут обратиться в окружной суд с иском о признании того или иного закона неконституционным. Окружной суд рассматривает это дело и выносит предварительное решение, например, признает закон неконституционным, передает материалы дела в Верховный суд, решение которого является окончательным. Существует мнение, что Верховный суд консервативен и что за всю историю существования он удовлетворил всего несколько исков о признании закона неконституционным, но это объясняется прежде всего высокой квалификацией парламента и качеством законодательства Японии. Кроме того, как показывает история развития права, само существование в стране чрезмерного количества юридических актов, которые вводятся в действие под предлогом усиления законности, может иметь совершенно обратный эффект. Оно, в частности, затрудняет понимание населением права в целом и его отдельных отраслей, вместе с тем, чрезмерная усложненность правовой системы позволяет исполнителям на самых различных уровнях уклоняться от выполнения существующих законов. Кроме того, важно отметить, что Верховный суд обобщает судебную практику, издает обязательные для нижестоящих судов руководящие указания, устанавливает положение о прокуратуре при нем, о внутренней дисциплине и административном управлении судебными органами. Эти решения принимаются коллегией, состоящей из членов Верховного суда и высших судов Японии.
Для проведения расследования с целью подготовки дела к слушанию в назначенный день имеется 20 «исследовательских секретарей». Почти все они должны иметь опыт судейской работы в течение нескольких лет. В отличие от практики Соединенных Штатов, они не служат секретарями индивидуальных судей, а работают на суд в целом.
Исследовательские секретари имеются в высших и окружных судах. В окружных судах они проводят расследование только в отношении дел касающихся налогов и промышленной собственности. Исследовательские секретари, избранные из числа судей, приостанавливают свой судейский статус на весь срок нахождения в этом качестве. Помимо Верховного суда в Японии существуют Высшие и окружные суды, суды по семейным делам и дисциплинарные.
Высшие суды (всего 8, имеют 6 отделений) являются судами первой инстанции по делам о государственной измене и другим преступлениям против государства, а также апелляционной инстанцией по гражданским и уголовным делам, рассмотренным нижестоящими судами. Дела рассматриваются коллегией из 3 судей, коллегия из 5 судей рассматривает дела о некоторых государственных преступлениях.
Окружные суды (всего 50, имеют 242 отделения) рассматривают основную массу гражданских и уголовных дел, а также являются апелляционной инстанцией по решениям вынесенным дисциплинарными судами. Они расположены в каждой из 47 префектур. Дела рассматриваются чаще всего судьей единолично, либо коллегией из трех судей, если дело касается большой суммы иска или обвинения в преступлении, которое наказывается лишением свободы на срок более одного года.
Суды по семейным делам составляют специальную категорию низших судов, имеют такую же структуру как и окружные суды и действуют при окружных судах и их отделениях. Выполняют посреднические функции и выносят решения по делам связанным с семейным правом, спорами о наследстве, рассматривают мелкие уголовные преступления, совершенные несовершеннолетними (в возрасте до 20 лет).
Дисциплинарные суды (всего 575) рассматривают незначительные гражданские дела с ценою иска не свыше 900 тыс. иен и мелкие уголовные дела. Дела рассматриваются одним судьей, который не обязательно должен иметь юридическое образование.