Глава НКВД Генрих Ягода без энтузиазма отнесся к этому плану. Он и так считал, что слишком далеко зашли с каменевско-зиновьевскими процессами 1935 года, организованными Аграновым. Ягода знал, что с 1932 года секретно-политический отдел НКВД вел наблюдение за Каменевым, Зиновьевым и другими заметными оппозиционерами. Использовалось все: агентура, прослушивание телефонных разговоров, перлюстрация писем. И за несколько месяцев до убийства Кирова в ЦК ВКП(б) ушла записка за подписью начальника отдела Молчанова, в которой оглушительно для Сталина звучал вывод: данных о существовании подпольных организаций под началом Каменева и Зиновьева не существует. Но после зловещих сталинских слов «ищите убийцу Кирова среди зиновьевцев!» получалось, что чекисты прошляпили подпольную террористическую организацию. Но Агранов тогда спас ситуацию. И «убийц» Кирова «нашел», и организовал процессы над теми, кто направлял их руку. И вот новая задача — добить каменевцев и зиновьевцев под лозунгом разгрома объединенного террористического центра.
Ох, как не хотелось Ягоде заниматься этим. Настроение Ягоды передалось и тем, кому было приказано заниматься дальнейшей разработкой сталинских идей. Среди последних был подчиненный Агранова — начальник секретно-политического отдела НКВД Молчанов. О нем тогдашний секретарь ЦК партии Николай Ежов, курировавший органы безопасности, сказал: «Молчанов все время старался свернуть это дело...» Сталин чувствовал разлад в НКВД и скоро понял, что Молчанова поддерживает Ягода. НКВД впервые, пусть робко, но воспротивилось указаниям генсека.
И здесь по указанию Сталина в дела НКВД вмешивается секретарь ЦК партии Николай Ежов. Теперь трещина в чекистском руководстве превращается в разлом. На стороне Ежова заместитель наркома Агранов, начальник Управления НКВД по Московской области С. Реденс и начальник ленинградского управления НКВД Л. Заковский. А Ягоду поддерживают заместитель наркома Г. Прокофьев, начальник секретно-политического отдела Молчанов, начальник особого отдела М. Гай.
И тогда как опытный политический игрок Сталин решил действовать через Агранова, что в определенной мере свидетельствует об их давних отношениях.
«Ежов вызвал меня к себе на дачу, — потом вспоминал Агранов. — Надо сказать, что это свидание носило конспиративный характер. Ежов передал указание Сталина на ошибки, допускаемые следствием по делу троцкистского центра, и поручил принять меры, чтобы вскрыть троцкистский центр, выявить явно невскрытую террористическую банду и личную роль Троцкого в этом деле. Ежов поставил вопрос таким образом, что либо он сам созовет оперативное совещание, либо мне вмешаться в это дело. Указания Ежова были конкретными, дали правильную исходную нить к раскрытию дела».
Агранова, возглавившего следствие, как бомбу заложили под Ягоду. Страшный сигнал для наркома — не доверяют. Но Агранов на коне! Ему еще по душе эти «властные» игры. Следственная группа сразу почувствовала его твердую руку. Он заставил Молчанова, начальника секретно-политического отдела, и Миронова, начальника экономического отдела, работать всерьез и творчески. Идея, которую они выстрадали ночными бдениями, стала стержнем сценария, а потом и судебного процесса: вернуть для дальнейшей разработки из тюрем, лагерей и ссылок 200-300 бывших оппозиционеров-троцкистов; выбить из них необходимые показания согласно сценарию, а использовать для этого первоначальные «показания» четырех «свидетелей» — И. Рейнгольда, Е. Дрейцера, Р. Пикеля, В. Ольберга. Последний, по мнению Молчанова, был интересен тем, что недавно вернулся из-за границы, знаком с сыном Троцкого — Седовым. Рейнгольд — бывший начальник Главхлопкопрома, известный в стране хозяйственник, в свое время разделял взгляды оппозиции. Близко знал многих известных людей Пикель, бывший заведующий секретариатом Зиновьева, участник гражданской войны, последнее время он работал в театре.
Но первые допросы «свидетелей-оппозиционеров» мало что дали. Они отрицали все, что предъявляли им следователи, отрицали причастность к террору, требовали признать их невиновность. А Ольберг выступил с заявлением: «Я хочу назвать имена лиц, которые смогут подтвердить мою невиновность в инкриминируемом мне обвинении».