Некоторые княжеские династии не могли примириться с властью Москвы. Их представителям оставалось либо погибнуть, либо, оставив свои земли, эмигрировать. Но подавляющее большинство княжеских и боярских родов предпочли перейти на московскую службу. Более того, многие великие роды, сочтя службу на московского государя делом почетным и доходным, желая его защиты и покровительства, добровольно переходили под руку Москвы. Так в Москве появились целые фамилии Ярославских, Суздальских (Шуйских), Ростовских, Воротынских и других пришлых князей — как Рюриковичей, так и Гедиминовичей. Помимо титулованной знати к новой русской столице стекалась и нетитулованная: боярство, прежде всего тверское, ушедшее служить Москве за несколько лет до полного подчинения ею Твери…
Получив в свои руки столь значительный кадровый ресурс, великий князь московский Иван III должен был встроить его в уже существующую старую военно-политическую элиту Москвы. А она состояла большей частью из представителей Московского княжеского дома Рюриковичей-Калитичей, а также древних боярских родов. Прежде всего, удовлетворяя амбициозные запросы княжеской аристократии, Иван III, а затем и его сын Василий III должны были отдать часть ключевых постов титулованной знати. Следовательно, нетитулованную знать (боярские роды Москвы) ожидало прощание с той частью управленческого «пирога», которая отныне отымалась у них и переходила к новым «пользователям».
Схожие процессы начались и в вооруженных силах.
В первые лет двадцать правления Ивана III примерно 30–40 процентов крупных воинских операций совершается под командованием старинного московского боярства. Ситуация коренным образом изменяется примерно с середины 1480-х годов: с этого момента на протяжении полутора десятилетий московскими полевыми соединениями командует почти исключительно «княжье»; лишь в виде исключения старшим воеводой иногда, нечасто, назначается Я. З. Кошкин.
Думается, в середине 1480-х — второй половине 1490-х социальный слой старинного московского боярства, традиционных привилегированных «слуг государевых», должен был почувствовать серьезное кадровое ущемление как в Боярской думе, так и в войсках. Притом ущемление это не являлось случайным или временным, оно успело превратиться в целенаправленную политику.
Первая половина 1500 года как будто обозначила поворот в противоположную сторону. Незадолго до того подверглась опале крупная придворная «партия» княжат-Гедиминовичей из семейства Патрикеевых — с родней, брачными свойственниками и союзниками. А в первые месяцы боевой кампании 1500 года на места «командармов» в войсках, направленных «на литву», были поставлены Я. З. Кошкин (традиционно), Ю. З. Кошкин и новгородский наместник А. Ф. Челяднин. Фактически именно они приняли на себя роль ведущих полководцев новой большой московско-литовской войны на начальном ее этапе. Именно они добились впечатляющих успехов.
Этот административный поворот 1500 года вселил в представителей древних родов нетитулованной московской знати неоправданную надежду на возврат прежнего ее положения. И последовавшее вскоре назначение Ю. З. Кошкина на должность, которая предполагала, что он будет «сторожить» армию Д. В. Щени во главе слабейшего из полков, очевидно, привело к жестокому разочарованию. Последовала раздраженная реакция боярина. Однако это разочарование носило, скорее всего, характер обиды социальной (а не личной и не родовой), то есть обиды, проартикулированной одним крупным военным деятелем за весь слой старомосковского боярства. Как Ю. З. Кошкин, так и прочие представители названного слоя получили от великого князя ясный сигнал: никакого возврата не произойдет.
Стеснения, которым подверглось старинное боярство Москвы, стали чем-то наподобие «родовой травмы», полученной российской военно-политической элитой у истоков ее складывания. Превращение относительно небольшого Московского княжества в громадную Россию сделало такого рода шаги центральной власти неизбежными. Но они были крайне болезненными для самой надежной части знатных служильцев Москвы.
Конфликт, ярко отразившийся в диалоге Ю. З. Кошкина с Иваном III, впоследствии получил развитие: московское боярство продолжило отступать…
Для самого же Юрия Захарьича военные дела закончились: взятием Дорогобужа список его побед исчерпывается. Иван III, как видно, под впечатлением великой победы на Ведроши не винил воеводу за скандальный характер. Простил. Правда, больше на воеводские посты не назначал — до самой кончины боярина. Великий князь любил надежность и не желал рисковать в таких малопредсказуемых вещах, как боевые операции. Если «живая деталь» его военной машины позволила себе проявлять нервозность накануне решающей битвы, стоит ли дальше на нее полагаться? Убрать! Не опала: боярин служил честно и мог еще пригодиться в делах административных (по дипломатической линии, например, ему поручения еще давали). Итак, не опала, просто мысленная помета, поставленная напротив имени: «Этот — не для войны».